非编码RNA的数据库构建及其癌症基因组研究

发布时间：2024-02-24 19:27

　　非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一类不具有蛋白质编码潜能的RNA转录本,其包括长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA)和核仁小RNA(small nucleolar RNA,snoRNA)等。lncRNA是长度大于200个核苷酸的非编码RNA,主要参与转录后调控、蛋白质复合物的形成、细胞信号传导和蛋白质的变构调节等。RNA编辑是一类广泛存在的转录后修饰机制,对RNA中特定的碱基进行编辑修饰。mRNA中RNA编辑的出现可能会导致错义密码子的改变和可变剪接变化,而lncRNA中RNA编辑的出现则会导致其二级结构改变和调控功能的缺失或获得。snoRNA是一类长度在60³00个核苷酸的保守的非编码RNA,定位于核仁或者Cajal body中,主要参与rRNA转录修饰过程。研究表明snoRNA与癌症的发生发展非常相关,但是snoRNA在癌症中的表达情况和临床相关性尚未得到系统研究。本研究中,首先系统的分析了人类、小鼠、果蝇和恒河猴中lncRNA的A->I的编辑位点及其可...

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图1.1lncRNA功能（图片来源Hu，EMBOreports，2012）

图1.1lncRNA功能（图片来源Hu，EMBOreports，2012）Figure1.1lncRNAfunction(FromHu,EMBOreports,2012)（1）lncRNA能够参与基因的表达调控。在真核生物中，RNA的转录有严格的调....

图1.2编辑酶识别编辑的核苷酸（图片来源Keegan,2001,NatureReviewsGenetics）

华中科技大学博士学位论文较短的ApoB48蛋白，从而导致一个转录本的不同编辑产生两种蛋面，RNA编辑主要是以A->I的方式出现。而且主要出现在双链R酶ADAR是主要参与A->I编辑的酶[29]，如图1.2，参与到A->I的这种编辑....

图1.3三种snoRNA类型

华中科技大学博士学位论文一些。除此之外，这种茎环结构有助于C/Dbox家族的snoRNA的细胞核定位和snoRNA的正确合成[37]。C/Dbox家族的snoRNA通常与四个在进化保守的蛋白质结合形成，RNA蛋白质复合体snoRNP....

图2.1简化的lncRNA二级结构能量改变流程图

华中科技大学博士学位论文lncRNA的156,502个编辑位点位点的最小自由能。其中，鉴定了123,950（79.2%）编辑位点的影响lncRNA二级结构的最小自由能。51,489（32.9%）编辑位点的最小自由能的变化超过2kcal/mol，....

本文编号：3909508