基于基因组重测序的人蛔虫和猪蛔虫种群进化研究

发布时间：2024-09-17 16:11

　　人蛔虫和猪蛔虫是主要寄生于人和猪小肠中的寄生线虫,易引起蛔虫病,严重危害人类健康,同时也对养猪业造成巨大损失。为此,许多国家十分重视人、畜蛔虫病的防控。关于人蛔虫和猪蛔虫形态学、生理生化、细胞免疫和分子生物学等方面的比较分析,表明这两种宿主的蛔虫有相似的形态和遗传结构,且偶有交叉感染的现象,这些结果使得人蛔虫和猪蛔虫的分类学问题一直存在争议,也是研究热点。以往大多数的分子系统学和分子遗传学研究是基于线粒体或微卫星等分子标记,在基因组水平未见报道。本研究首次基于全基因组测序,分析了人蛔虫和猪蛔虫种群差异和遗传分化特征以及蛔虫的线粒体全基因组系统发育,开发了猪蛔虫基因组微卫星分子标记,为进一步开展人蛔虫和猪蛔虫种群遗传、分子流行病学和分类鉴定等提供基础。本研究主要结果如下:1.通过HiseqXten测序平台对人蛔虫和猪蛔虫种群进行全基因组重测序,质控后共获得134.085Gb高质量数据,分别检测到6525078个和4260867个SNP。群体进化树、主成分及群体结构三种分析均显示,人蛔虫种群和猪蛔虫种群表现出明显的遗传分化,且连锁不平衡分析发现人蛔虫种群比猪蛔虫种群更原始。2.选择性消除分析...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1.1猪蛔虫生活史Fig1.1LifecycleofA.suum

图1.1猪蛔虫生活史Fig1.1LifecycleofA.suum（http://cal.vet.upenn.edu/projects/merial/Ascarids/Asc₁5a.html）一期幼虫；B：第二期幼虫；C：第三期幼虫；D：第四....

图2.1人蛔虫和猪蛔虫DNA样本电泳结果

2.1.3.6种群历史动态分析基于人蛔虫种群和猪蛔虫种群的高质量的SNP标记，通过SNP间的连锁不平衡对有效群体的大小进行估算，以PSMC方法计算种群不同历史时期有效群体的大小。2.2结果2.2.1测序数据统计本研究基于HiseqXten平台对人蛔虫种群和猪....

图2.2人蛔虫和猪蛔虫碱基错误率分布图

图2.2人蛔虫和猪蛔虫碱基错误率分布图Fig.2.2DistributionofsequencingerrorrateforA.lumbricoidesandA.suum2.2.3测序质量分布情况本研究中测序数据的质量主要分布在Q20以上（图2....

图2.3人蛔虫和猪蛔虫测序质量分布图

图2.2人蛔虫和猪蛔虫碱基错误率分布图Fig.2.2DistributionofsequencingerrorrateforA.lumbricoidesandA.suum2.2.3测序质量分布情况本研究中测序数据的质量主要分布在Q20以上（图2....

本文编号：4005707