蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响

发布时间：2017-09-30 23:12

  本文关键词：蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响

  更多相关文章： 蛋白质数据库 蛋白质组学 数据库检索

【摘要】：在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定。使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险;使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白。如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题。本研究以人类蛋白质组为例,采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据,比较了常用的IPI数据库、UniProt数据库和Swiss-Prot数据库的检索结果。结果表明,3个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣,但总体来讲差异很小;每个数据库可鉴定到的、特有的多肽数不超过总数的5%,蛋白数的差异为1%～5%。说明3个数据库都覆盖了常见的人类蛋白序列,完整性很高。因此,推荐采用通过人工注释、在不断更新中的Swiss-Prot数据库作为检索对象。当研究目的为鉴定或定量未收录在Swiss-Prot数据库中的蛋白序列(如一些特殊的蛋白异构体或突变体)时,可将目的序列加入该数据库进行检索,或考虑使用其他完整性更高的数据库。
【作者单位】： 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院;
【关键词】： 蛋白质数据库 蛋白质组学 数据库检索
【基金】：国家自然科学基金青年基金项目(31200614)
【分类号】：R341
【正文快照】： 引言在蛋白质组学研究中,数据库检索算法是鉴定蛋白质的常用方法。由于该算法只能鉴定到收录在蛋白质数据库中的蛋白序列,所以数据库的选择对实验结果有着重要影响[1]。在目前的人类蛋白质组研究中,常用的蛋白质数据库包括IPI数据库[2]、UniProt数据库和Swiss-Prot数据库[3]等

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 刘银坤;;什么是蛋白质组学的基本技术流程?[J];中华检验医学杂志;2006年04期

2 钟伯雄;五龄家蚕若干组织器官蛋白质数据库构建[J];遗传学报;2001年03期

3 朱丽萍,周果宏;布鲁克海文蛋白质数据库结构分析[J];首都医科大学学报;2001年01期

4 姜怀春;李宏;;医学结构基因组学在研制新药中的作用[J];重庆工商大学学报(自然科学版);2011年05期

5 ;食事资讯[J];饮食科学;2003年01期

6 王明会;李骜;王娴;冯焕清;;Markov链模型在蛋白质可溶性预测中的应用[J];生物医学工程学杂志;2006年05期

7 范有明;高钰琪;黄缄;陈健;蔡明春;;低压低氧延迟预适应小鼠海马差异表达蛋白的分离及鉴定研究[J];中国应用生理学杂志;2006年02期

8 张宇;贺丹;王丽;;丝状真菌蛋白质组学研究[J];中国免疫学杂志;2010年03期

9 黄矛;;当前生物学、医学前沿热门课题(2000.9～2001.8)[J];书摘;2002年07期

10 周游;王清明;;B细胞表位的计算机预测[J];生命的化学;2008年06期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 刘珍;谢锦云;梁宋平;;IMPD:整合的膜蛋白质数据库[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年

2 贺权源;曹晶;刘湘华;李淼新;柳亦松;谢锦云;梁宋平;;差异表达蛋白质数据库DEPD[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年

3 杨兵;巩燕;应万涛;张养军;蔡耘;钱小红;;人肝脏蛋白质表达谱数据可靠性的初步评价[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年

4 张谦;王家祥;董瑞;杨少波;杨福全;余捷凯;郑树;;小儿肾母细胞瘤血清蛋白质标记物的筛选及鉴定研究[A];中华医学会第八次全国小儿外科学术会论文集[C];2010年

5 蒙根;李卫华;王鸿丽;谷苗;刘锋;王杰;魏开华;;MALDI-TOF-TOF鉴定IPG IEF分离的蛋白质[A];2004年全国有机质谱学术交流会论文集[C];2004年

6 魏继福;杨立明;何韶衡;;EST文库用于过敏原的鉴定[A];中华医学会2010年全国变态反应学术会议暨中欧变态反应高峰论坛参会指南/论文汇编[C];2010年

7 王新;卢瑗瑗;杨静华;时永全;兰梅;翟惠虹;樊代明;;胃癌多药耐药细胞SGC7901/VCR与亲本细胞SGC7901的比较蛋白质组学研究[A];中华医学会第七次全国消化病学术会议论文汇编（下册）[C];2007年

8 李维;余梅贵;府伟灵;阎文瑛;旭日;;HLA-B27等位基因三维结构差异判断标准和数据库的建立[A];中国输血协会第四届输血大会论文集[C];2006年

9 曾慧兰;葛峰;卢心鹏;韩新爱;钟启;朱海扬;郁志;卢育洪;张学利;何庆瑜;;三氧化二砷作用U266细胞后差异蛋白表达及功能分析[A];第12届全国实验血液学会议论文摘要[C];2009年

10 饶子和;;后基因组时代与生物大分子三维结构[A];面向21世纪的科技进步与社会经济发展（下册）[C];1999年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 潘文;提高基础及应用研究水平[N];中国医药报;2011年

2 记者毛磊;全球三大蛋白质数据库将合而为一[N];科技日报;2002年

3 吴语 编译;我旅美学者找到非典病毒入侵细胞“门户”[N];大众科技报;2003年

4 黄爱群;全球三大蛋白质数据库将合并[N];医药经济报;2002年

5 Wang Johson译;重量级药物研究道路荆棘[N];中国高新技术产业导报;2002年

6 ;春去花不落风静月长明[N];科技日报;2003年

7 李大庆 实习生 李绍富;农作物育种向虚拟分子设计迈步[N];科技日报;2004年

8 吴延华;真假阿胶有了试金石[N];中国贸易报;2005年

9 王俊鸣;美绘制出三维蛋白质组形状图[N];科技日报;2003年

10 毛磊;找到“门户”ACE2[N];医药经济报;2003年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 李宁;基于串联质谱数据的肽序列鉴定、翻译后修饰鉴定和蛋白质装配的质量控制研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2011年

2 叶海燕;日本三角涡虫（Dugesia japonica）线粒体蛋白质组、转录组研究[D];陕西师范大学;2012年

3 冯薇;现代生物技术的知识产权保护及企业的相关策略研究[D];电子科技大学;2011年

4 王石;吸烟相关剂量镉致大鼠肝脏损伤的蛋白质组学研究[D];吉林大学;2010年

5 于涛;蛋白质的结构特征及氯通道蛋白质的离子输运特性研究[D];武汉大学;2009年

6 杨磊;应用分泌蛋白质组技术研究肝细胞癌患者血液蛋白标志物[D];北京协和医学院;2013年

7 段志贵;大腹园蛛粗毒的理化性质及毒素组学研究[D];湖南师范大学;2012年

8 柳亦松;几种重要的细胞分泌蛋白质组研究[D];湖南师范大学;2010年

9 赵志辉;鸡下丘脑组织和猪脂肪组织表达序列标签的研究与分析[D];中国人民解放军军需大学;2001年

10 赵勇;生物质谱在蝎毒素蛋白质组学中的应用及其蛋白质翻译后修饰检测研究[D];武汉大学;2011年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 徐杰;生物信息学在家蚕中用应用及Ras相关CTP结合蛋白C(BmRGPC的表达研究)[D];浙江理工大学;2010年

2 孙成宇;多标签设置下的蛋白质亚细胞定位研究[D];南京师范大学;2013年

3 王冠男;玉米促丝裂原活化蛋白激酶家族基因的电子克隆及生物信息学分析[D];东北师范大学;2010年

4 马寿勇;序列上下文与其蛋白质二级结构的关系[D];陕西科技大学;2012年

5 傅晓菲;植物双定位蛋白质序列的特征分析[D];福建农林大学;2013年

6 战丽萍;高活性乙醇/乙醛脱氢酶菌株的选育和酶激活剂的理性设计[D];西南大学;2013年

7 王芳;涡虫再生相关差异蛋白质组的研究[D];郑州大学;2010年

8 邓辉;肠道亚健康人群结肠粘膜蛋白质组学研究[D];中南大学;2011年

9 李彬;BCG活化小鼠巨噬细胞膜蛋白NP-2的基因克隆、表达和多克隆抗体的制备[D];吉林大学;2010年

10 栗婷;落叶松体细胞胚全长cDNA文库构建及转录组研究[D];中国林业科学研究院;2011年

，

本文编号：950952