阿尔茨海默病小鼠海马组织差异表达miRNA-687的生物信息学分析

发布时间：2021-05-24 12:05

　　目的应用生物信息学方法探讨阿尔茨海默病（AD）小鼠海马组织差异表达的microRNA,为阐明其发病机制提供新线索。方法从美国国立生物技术信息中心（NCBI）公共数据平台GEO下载基因芯片数据集GSE48028,使用在线分析工具GEO2R筛选出正常小鼠与AD小鼠海马组织差异表达的microRNA,利用TargetScan靶基因预测工具和miRDB在线靶基因预测网站预测miRNA-687的靶基因,并进行富集分析（GO）和通路分析（KEGG）,利用STRING在线分析网站和Cytoscape软件进行靶基因调控蛋白的互作网络分析并计算网络节点,找出关键靶基因。结果筛选出12个差异表达的microRNA,其中8个下调,4个上调。以miRNA-687为靶点,预测得到其交集靶基因172个。GO发现大多集中在投射神经元等区域,主要参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、凋亡过程等生物学过程。KEGG发现其参与了PI3K-Akt信号通路等多条信号通路。STRING在线分析网站和Cytoscape软件分析显示Pten、Met等8个靶基因在蛋白质互作网络中起关键作用,是受miRNA-687调节的关键基因。结... 

【文章来源】：中国老年学杂志. 2020,40(21)北大核心

【文章页数】：4 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 microRNA筛选及数据处理
    1.3 靶基因预测
    1.4 富集分析(GO)和通路分析(KEGG)
    1.5 靶基因相互作用网络分析
2 结 果
    2.1 筛选出差异表达的microRNA
    2.2 miRNA-687的靶基因预测
    2.3 miRNA-687靶基因的GO和KEGG
    2.4 miRNA-687靶基因相互作用网络分析
3 讨 论



本文编号：3204164