基于高通量测序的中国地鼠颊囊鳞癌转录组差异表达研究

发布时间：2017-10-20 13:44

  本文关键词：基于高通量测序的中国地鼠颊囊鳞癌转录组差异表达研究

  更多相关文章： 口腔鳞状细胞癌 高通量转录组测序 差异表达基因 基因本体论 KEGG通路

【摘要】：目的:利用高通量转录组测序技术(RNA-seq)和实时荧光定量PCR技术(RT-q PCR),筛选中国地鼠口腔颊囊黏膜鳞癌组织(OSCC)和正常组织的差异表达基因,从转录组层面和基因表达角度探索口腔鳞癌发生发展的内在机制,探讨候选基因在肿瘤的侵袭转移中的分子机制和临床意义。方法:利用DMBA(9,10-Dimethyl-1,2-Benzanthracene,二甲基苯并蒽)涂抹法建立中国地鼠颊囊黏膜鳞癌的实验动物模型;通过高通量RNA-seq技术构建中国地鼠口腔鳞癌组织和正常组织的差异表达基因谱,并采用GO富集分析和KEGG通路富集分析对筛选出的差异表达基因进行功能分析;收集中国地鼠口腔鳞癌组织和正常组织,利用RT-q PCR验证候选基因CXCL1、CXCL2、CXCL3、CCL7、MMP9的m RNA表达水平。结果:研究结果表明,模型组中国地鼠颊囊黏膜经历了上皮单纯增生、上皮异常增生、原位癌、鳞状细胞癌等阶段。肿瘤组织(Cancer组)和正常组织(Normal组)经转录组差异表达分析(|log2Ratio|≥1和Corrected P-value0.05),共确定了194个差异显著基因,其中66个基因明显下调,128个基因明显上调。差异表达基因的GO和KEGG功能注释分析共确定了与OSCC密切相关的120条生物学过程和8条信号通路,主要富集的GO生物过程有细胞趋化、细胞迁移、细胞运动和细胞定位等,在OSCC中明显激活的信号通路主要有肿瘤坏死因子信号通路、趋化因子信号通路、细胞因子间相互作用、细胞外基质受体相互作用。候选基因CXCL1、CXCL2、CXCL3、CCL7、MMP9 m RNA表达水平在OSCC中显著上调,利用RT-q PCR得到了验证。结论:本研究首次利用高通量转录组测序技术对中国地鼠OSCC组织和正常组织进行了全面的生物信息学分析,发现从正常到OSCC的发生发展过程中共有194个基因的表达出现异常,从而导致肿瘤坏死因子信号通路、趋化因子信号通路、细胞因子间相互作用、细胞外基质受体相互作用等8个关键信号通路的活化,其中差异表达基因CXCL1、CXCL2、CXCL3、CCL7、MMP9在肿瘤坏死因子信号通路、趋化因子信号通路中显著富集,可能成为OSCC诊断和治疗的靶基因,但其在OSCC发生发展中的机制仍需进一步研究。
【关键词】：口腔鳞状细胞癌 高通量转录组测序 差异表达基因 基因本体论 KEGG通路
【学位授予单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R739.8
【目录】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-10
• 常用缩写词中英文对照表10-11
• 前言11-14
• 第一部分 DMBA诱导中国地鼠口腔颊囊黏膜鳞癌动物模型的建立14-24
• 1 材料与方法14-17
• 1.1 材料14-15
• 1.2 方法15-17
• 2 结果17-21
• 2.1 肉眼观察17-18
• 2.2 光镜观察18-21
• 3 讨论21-23
• 4 结论23-24
• 第二部分 基于高通量转录组技术的中国地鼠口腔颊囊黏膜鳞癌差异表达基因的初步筛选24-44
• 1 材料与方法24-31
• 1.1 材料24-25
• 1.2 方法25-31
• 2 结果31-40
• 2.1 mRNA转录组文库的构建31
• 2.2 RNA-seq数据处理31-33
• 2.3 差异表达分析33-35
• 2.4 差异表达GO分析35-38
• 2.5 差异表达KEGG分析38-40
• 3 讨论40-43
• 4 结论43-44
• 第三部分 候选基因在口腔颊囊黏膜鳞癌的RT-qPCR验证44-56
• 1 材料与方法44-49
• 1.1 材料44-45
• 1.2 实验方法45-49
• 2 结果49-53
• 3 讨论53-55
• 4 结论55-56
• 参考文献56-65
• 综述65-78
• 参考文献72-78
• 致谢78-79
• 在学期间承担/参与的科研课题与研究成果79-80
• 个人简历80

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