RACK1为核心的口腔鳞状细胞癌差异基因的荧光定量RT-PCR表达验证及相互关系分析

发布时间：2018-11-07 20:09

【摘要】：目的:通过对实验组前期口腔鳞癌组织与癌旁正常对照组织基因芯片检测数据和前期蛋白组学实验筛选的52种差异蛋白进行综合分析,筛选出差异基因,通过荧光定量RT-PCR实验去验证这些差异基因在口腔鳞癌组织和癌旁正常对照组织中的表达。方法:(1)在前期实验组经典蛋白组学实验筛选出的52种差异蛋白中,我们综合口腔鳞癌的表达谱芯片检测结果,选择变化趋势相同且差异相对较大的基因。(2)收集广东省口腔医院等手术切除的口腔鳞癌及癌旁正常组织各32份,通过荧光定量RT-PCR进行较大样本的验证并分析这些差异基因的相互作用关系。结果:经过荧光定量RT-PCR验证后,GNB2L1、ARHGDIB、STMN1、LGALS7、EIF5A、TAGLN表达上调,差异具有统计学意义(P0.001);S100A7、S100A8、S100A9、ANXA1、ANXA2、ANXA5、CSTB、CRYAB、SERPINB3表达下调,差异具有统计学意义(P0.001)。在STRING构建的作用网络中RACK1蛋白与其他差异基因发生关系最多。结论:荧光定量RT-PCR验证差异基因的变化趋势与基因表达谱芯片数据结果具有很好的一致性。RACK1蛋白是口腔鳞癌的一个关键节点蛋白。
[Abstract]:Objective: to analyze the microarray data of oral squamous cell carcinoma (OSCC) and adjacent normal control group and 52 differentially expressed proteins screened by Prophase Proteomics experiment, and to screen out the differentially expressed genes. The expression of these differentially expressed genes in oral squamous cell carcinoma (OSCC) and adjacent normal control tissue was examined by fluorescence quantitative RT-PCR assay. Methods: (1) among the 52 differentially expressed proteins in the experimental group, we synthesized the expression microarray of oral squamous cell carcinoma (OSCC). (2) 32 cases of oral squamous cell carcinoma (OSCC) and 32 samples of adjacent normal tissues were collected from Guangdong Provincial Stomatological Hospital. Fluorescence quantitative RT-PCR was used to verify the large samples and to analyze the interaction of these differentially expressed genes. Results: the expression of GNB2L1,ARHGDIB,STMN1,LGALS7,EIF5A,TAGLN was up-regulated by fluorescence quantitative RT-PCR (P0. 001). The expression of S100A7, S100A8, S100A9, ANXA1, ANXA2 and ANXA5 was down-regulated, and the difference was statistically significant (P0.001). The RACK1 protein has the most relationship with other differentially expressed genes in the action network constructed by STRING. Conclusion: fluorescence quantitative RT-PCR verifies that the variation trend of differentially expressed genes is in good agreement with the results of gene expression microarray data. RACK1 protein is a key node protein in oral squamous cell carcinoma.
【作者单位】： 南方医科大学附属广东省口腔医院;四川大学华西公共卫生学院健康与社会行为学系;广东省深圳牙科医疗中心;
【基金】：广东省医学科学研究基金资助项目(编号:A2011092) 国家自然科学基金资助项目(编号:81271159/H1405)
【分类号】：R739.8

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