淫羊藿苷诱导人牙周膜干细胞成骨分化的长链非编码RNA表达谱分析

发布时间：2017-04-17 11:16

  本文关键词：淫羊藿苷诱导人牙周膜干细胞成骨分化的长链非编码RNA表达谱分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的:长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是核苷酸序列大于200nt,不编码蛋白的新型RNA分子。有学者认为,lncRNA在调控细胞生长发育的过程中发挥着重要的作用,尤其对于干细胞增值和分化的调节。通过分析lnc RNA在淫羊藿苷(Icariin,ICA)诱导人牙周膜干细胞(Human periodontal ligament stem cells,hPDLSCs)成骨分化前后的差异性表达,筛选出与成骨分化密切相关的lncRNA,初步探讨其功能和意义,为PDLSCs成骨分化的功能和机制研究奠定了基础。方法:(1)采用lncRNA表达谱芯片检测ICA诱导hPDLSCs成骨分化前后的表达差异,筛选出差异表达2倍以上,P0.05的mRNAs和lncRNAs;(2)生物信息学方法分析差异表达分子,预测成骨相关lncRNA的靶基因;(3)qRT-PCR验证lnc RNA表达谱芯片结果,检测差异基因的表达水平;(4)结合生物信息学分析,qRT-PCR结果以及查阅相关文献,初步筛选成骨相关lncRNA。结果:(1)采用lncRNA芯片,筛选出差异表达水平2倍以上,P0.05的lnc RNAs共48个,mRNAs共117个;(2)通过生物信息学分析,得到差异基因功能富集情况,每个信号通路上差异表达基因富集程度以及差异mRNAs和lnc RNAs的共表达网络;(3)qRT-PCR验证了6个分子的表达水平,其趋势与芯片结果基本一致;(4)最终选择lncRNA-p16340和lncRNA-p21662作为成骨相关目标分子,为机制研究奠定基础。结论:通过lnc RNA表达谱芯片的检测和筛选,qRT-PCR的验证,发现成骨分化相关分子—lncRNA-p16340和lnc RNA-p21662,它们随着成骨诱导时间的增加,其表达逐渐成上升趋势,提示可能与成骨分化的调控密切相关。
【关键词】：长链非编码RNA 基因芯片 牙周膜干细胞 成骨分化
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R781.4
【目录】：

• 中文摘要3-4
• Astract4-6
• 缩略词表6-10
• 第一章 引言10-20
• 1.1 牙周病的概述10
• 1.2 牙周膜干细胞（PDLSCs）的分化10-11
• 1.3 淫羊藿苷（ICA）的促成骨作用11-12
• 1.4 长链非编码RNA（lncRNA）的简介12-20
• 1.4.1 lnc RNA的功能12-14
• 1.4.2 lnc RNA在基因组中的调节14-15
• 1.4.3 lnc RNA对生长发育的调控15-16
• 1.4.4 lnc RNA对细胞多能性和分化的调控16-17
• 1.4.5 lnc RNA对表观遗传的影响17-20
• 第二章 研究内容和技术路线20-23
• 2.1 研究内容20
• 2.1.1 ICA诱导hPDLSCs成骨分化20
• 2.1.2 lnc RNA芯片检测ICA诱导hPDLSCs成骨分化的差异表达20
• 2.1.3 定量分析成骨分化差异表达的mRNAs和lncRNAs20
• 2.1.4 筛选成骨相关lncRNA20
• 2.2 论文研究目的和意义20-21
• 2.3 论文研究方案及技术路线21-23
• 2.3.1 研究方案21-22
• 2.3.2 技术路线22-23
• 第三章 实验器材和方法23-33
• 3.1 实验器材23-24
• 3.1.1 主要原料与试剂23
• 3.1.2 主要仪器与设备23-24
• 3.2 实验方法24-33
• 3.2.1 hPDLSCs的分离、培养和鉴定24
• 3.2.2 最佳浓度ICA诱导液的配制24-25
• 3.2.3 茜素红染色观察钙结节的形成25
• 3.2.4 qRT-PCR检测成骨相关基因表达25-26
• 3.2.5 lnc RNA表达谱芯片测定差异表达基因26-30
• 3.2.6 生物信息学分析芯片数据30-31
• 3.2.7 引物设计与合成31-32
• 3.2.8 qRT-PCR验证芯片结果32-33
• 第四章 实验结果与分析33-41
• 4.1 hPDLSCs的分离、培养和鉴定33-34
• 4.2 hPDLSCs成骨能力分析34-35
• 4.3 lnc RNA芯片检测结果35-36
• 4.4 成骨相关lncRNA的靶基因36-39
• 4.4.1 靶基因预测结果36
• 4.4.2 靶基因Gene Ontology分析(GO分析)36-37
• 4.4.3 靶基因Pathway分析37
• 4.4.4 靶基因lncRNA-mRNA共表达网络分析37-39
• 4.5 qRT-PCR的结果分析39-40
• 4.6 成骨相关lncRNA的筛选40-41
• 第五章 讨论41-43
• 第六章 结论43-44
• 参考文献44-52
• 在学期间的研究成果52-53
• 致谢53

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 秦子顺;殷丽华;王开娟;刘琪;程文晓;高鹏;孙可墨;钟梅;余占海;;淫羊藿苷促进人牙周膜干细胞增殖及骨向分化的作用[J];华西口腔医学杂志;2015年04期

2 高鹏;程文晓;王开娟;孙可墨;钟梅;秦子顺;殷丽华;余占海;;人参皂苷Rg1促进人牙周膜干细胞增殖及骨向分化[J];中国生物化学与分子生物学报;2015年01期

3 殷丽华;刘琪;余占海;秦子顺;;牙周膜干细胞的生物学特性及其作为种子细胞在牙周组织工程中应用的研究进展[J];吉林大学学报(医学版);2013年02期

  本文关键词：淫羊藿苷诱导人牙周膜干细胞成骨分化的长链非编码RNA表达谱分析，，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：313102