基于生物信息学分析的口腔鳞状细胞癌微小RNA预后模型

发布时间：2021-06-20 18:49

　　目的通过生物信息学筛选并建立与口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者预后相关的微小RNA（miRNA）预后模型,以期对OSCC患者进行精准的分组,提高治疗的针对性。方法通过癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载OSCC患者的miRNA、mRNA表达谱和临床数据。采用单因素和多因素Cox风险回归分析筛选和建立miRNA预后模型。受试者工作特征曲线（ROC）和曲线下面积（AUC）检验预后模型的性能。预测6-miRNAs靶基因,与差异mRNA取交集后行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。构建蛋白互作网络（PPI）筛选中枢基因。结果通过单因素和多因素Cox回归分析得到基于6个miRNA的预后风险模型。train组、test组和所有样品组中预测5年生存率的ROC曲线下AUC值分别为0.757、0.673、0.724。单因素和多因素Cox回归分析显示,6-miRNAs预后模型可以作为一个独立的预后因素（P<0.001）。靶基因构建PPI网络中前10个中枢基因为CCNB1、EGF、KIF23、MCM10、ITGAV、MELK、PLK4、ADCY2、CENPF、TRI... 

【文章来源】：华西口腔医学杂志. 2020,38(06)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

生存曲线

对348个靶基因进行GO注释。与生物学过程（bio-logical process,BP）、细胞组分（cellular component,CC）和分子功能（molecular function,MF）相关的前15个注释结果绘成图。富集结果中BP主要包括跨突触信号调节、化学突触传递调节和突触组织，CC主要包括突触膜、突触前膜和谷氨酸能突触，MF主要包括细胞外基质结构组成、DNA结合转录激活活性和特异性RNA聚合酶Ⅱ、生长因子活性。KEGG通路富集集中在致心律失常性右室心肌病（arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy,ARVC）和细胞黏附分子（cell adhesion molecule,CAM）上（P<0.05,q<0.05）。图3 高低风险组患者生存状态

高低风险组患者生存状态

【参考文献】：
期刊论文
[1]Linc00460通过下调miR-654-3p在食管癌中发挥促癌作用[J]. 杨振威,赵倩,庄坤,韩坤,和水祥,刘亚萍.  西安交通大学学报(医学版). 2019(06)
[2]The recurrence and survival of oral squamous cell carcinoma: a report of 275 cases[J]. Bo Wang,Shu Zhang,Kai Yue,Xu-Dong Wang.  Chinese Journal of Cancer. 2013(11)

博士论文
[1]microRNA-379-5p在膀胱癌中的表达、功能及其相关机制的研究[D]. 吴德尧.南京医科大学 2017



本文编号：3239737