7-9岁患龋儿童龈上菌斑及唾液微生物群落研究
发布时间：2021-09-23 09:09
背景龋病是微生物发酵游离糖产生的酸性副产物对牙齿硬组织造成局部破坏的结果,其相关微生物一直是研究热点。唾液和龈上菌斑是口腔微生物研究的常用样本。但唾液能否代替龈上菌斑来研究龋病相关微生物具有争议性。横断面调查和队列研究都表明患有乳牙龋是第一恒磨牙患龋的危险因素。但是,在第一恒磨牙尚未患龋时,其菌斑微生物群落是否会受乳牙患龋状态的影响,有关这方面的研究甚少。高通量测序技术为微生物研究提供了强有力的支持。新一代测序平台具有短读长的缺点,这对微生物群落的分析具有一定的影响。第三代测序平台如PacBio Sequel弥补了该不足,它能读取全长的16S rRNA基因序列,在鉴定微生物方面具有更精确的“分辨率”,能更好地分析微生物。目的1.评估唾液样本能否代替龈上菌斑样本来研究龋病相关微生物;2.比较7—9岁患龋儿童和健康儿童的微生物群落差异;3.比较7—9岁不同患龋状态儿童的健康第一恒磨牙龈上菌斑微生物群落差异。方法样本取自30名7—9岁儿童的龈上菌斑和非刺激性唾液。15名儿童乳磨牙有龋（龋病组/Caries组/C组）,15名儿童无龋（健康组Healthy/H组）,所有儿童的第一恒磨牙均无龋。从...
【文章来源】：南方医科大学广东省
【文章页数】：121 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２?ＯＴＵ分布情况??每个圆圈内的数字表示每个组或每个亚组内的ＯＴＵ数目，重叠部分的数字表示两个组或两??个亚组之间共有的ＯＴＵ数目
?７—９岁患龋儿童龈上菌斑及唾液微生物群落研究???２．５测序深度和样本量大小的评估??稀疏曲线的平缓程度反映了测序深度对于微生物群落多样性的影响大校??稀疏曲线如果呈现出平缓的形状，说明当前的测序深度已足以反映微生物群落??多样性；稀疏曲线若呈现出相对陡峭的形状，表明增加测序深度还可以检测到??相对大量的新ＯＴＵ。在图３Ａ和３Ｂ中，稀疏曲线呈现出一个平缓的形状，表明??６个亚组的测序深度足以反映该群落样本所包含的微生物丰富度和均匀度。??５００．?．?．?．?１￣??■?ＣＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??■■?ＣＰ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??■■?ＣＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??４〇〇?■?．?（＝１?ＨＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??＾?■?ｈｆｆｓｕｆｔｇｆｏｕｐ??〇?Ｔ?＾?■?ＨＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｊ：＾？：??１００?Ｉ??°〇?５００?１０００?１５００?２０００??Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?Ｐｅｒ?Ｓａｍｐｌｅ??Ａ??＾?ＣＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｇ?＾?ＣＰｓｕｂｇｉｏｕｐ??ＨＩ?ＣＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??一卞?口?ＨＤ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｌ?ｉｌ＇??ｆ！??ｔｃ??２??〇〇?５００?１０００?１５００?２０００??Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?Ｐｅｒ?Ｓａｍｐｌｅ??Ｂ??图３?６个亚组的稀疏曲线图??横坐标代表每个样本中随机抽取的序列总数，纵坐标代表在相应测序深度下观测到的ＯＴＵ??数目。（Ａ）?Ｃｈａｏ?１?指数；（Ｂ）?Ｓｈａｎｎｏｎ?指数??Ｆｉｇｕｒｅ?３．?Ｒａｒｅｆａｃｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅｓ?ｆｏｒ?ｓｉｘ?ｓｕｂｇｒｏｕｐｓ
?項士学位论文???使用物种累积曲线评估本研究的样本量大小是否足够。在图４中，横坐标??代表样本量，纵坐标代表被检测的ＯＴＵ数目，曲线中的蓝色阴影表示置信区间，??黄色长方形的上下线条表示四分位数。从图中，我们可以看出，随着样本量的??增大，蓝色阴影的面积和黄色长方形的高度先增加，后逐渐减校样本量为９０??个的时候，蓝色阴影的面积和黄色长方形的高度几乎重叠在一起，说明上下四??分位数十分接近，置信区间很窄。表明本研宄收集的９０个样本已经足够反映样??本总体的群落丰富度。稀疏曲线和物种累积曲线的结果说明本研究中的样本量??大小和测序深度均足以进行下一步分析。??４＞?Ｉ??Ｉ??〇?－?｜??￣￣Ｉ?Ｉ?Ｉ?１?Ｉ?Ｉ?１??０?２０?４０?６０?８０?９０??ｎｕｍｂｅｒ?ｏｌ?ｓａｍｐｌｅｓ??图４物种累积曲线图??Ｆｉｇｕｒｅ?４．?Ｓｐｅｃｉｅｓ?ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅ?ｆｏｒ?ａｌｌ?ｓａｍｐｌｅｓ．??２．６?ａｌｐｈａ多样性分析??基于ＯＴＵ?ｔａｂｌｅ，计算每个样本的ａｌｐｈａ多样性指数，包括Ｓｉｍｐｓｏｎ、Ｃｈａｏｌ、??ＡＣＥ?和?Ｓｈａｎｎｏｎ?指数（表?９－１１）?〇??２７??
【参考文献】：
期刊论文
[1]Saliva in the diagnosis of diseases[J]. Chen-Zi Zhang,Xing-Qun Cheng,Ji-Yao Li,Ping Zhang,Ping Yi,Xin Xu,Xue-Dong Zhou. International Journal of Oral Science. 2016(03)
[2]唐山市7～9岁儿童第一恒磨牙患龋状况及相关性研究[J]. 于雪,王琳,李洁,董青. 华西口腔医学杂志. 2015(01)
[3]Oral Microbiology:Past,Present and Future[J]. Xue-song He,Wen-yuan Shi~* School of Dentistry,the University of California,Los Angeles,USA. International Journal of Oral Science. 2009(02)
[4]第一恒磨牙龋预测相关因素的纵向研究[J]. 刘颖熠,高学军,岳林,郑春艳,王文辉. 中华口腔医学杂志. 2004(04)
本文编号：3405439
【文章来源】：南方医科大学广东省
【文章页数】：121 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２?ＯＴＵ分布情况??每个圆圈内的数字表示每个组或每个亚组内的ＯＴＵ数目，重叠部分的数字表示两个组或两??个亚组之间共有的ＯＴＵ数目
?７—９岁患龋儿童龈上菌斑及唾液微生物群落研究???２．５测序深度和样本量大小的评估??稀疏曲线的平缓程度反映了测序深度对于微生物群落多样性的影响大校??稀疏曲线如果呈现出平缓的形状，说明当前的测序深度已足以反映微生物群落??多样性；稀疏曲线若呈现出相对陡峭的形状，表明增加测序深度还可以检测到??相对大量的新ＯＴＵ。在图３Ａ和３Ｂ中，稀疏曲线呈现出一个平缓的形状，表明??６个亚组的测序深度足以反映该群落样本所包含的微生物丰富度和均匀度。??５００．?．?．?．?１￣??■?ＣＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??■■?ＣＰ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??■■?ＣＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??４〇〇?■?．?（＝１?ＨＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??＾?■?ｈｆｆｓｕｆｔｇｆｏｕｐ??〇?Ｔ?＾?■?ＨＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｊ：＾？：??１００?Ｉ??°〇?５００?１０００?１５００?２０００??Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?Ｐｅｒ?Ｓａｍｐｌｅ??Ａ??＾?ＣＯ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｇ?＾?ＣＰｓｕｂｇｉｏｕｐ??ＨＩ?ＣＳ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??一卞?口?ＨＤ?ｓｕｂｇｒｏｕｐ??ｌ?ｉｌ＇??ｆ！??ｔｃ??２??〇〇?５００?１０００?１５００?２０００??Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?Ｐｅｒ?Ｓａｍｐｌｅ??Ｂ??图３?６个亚组的稀疏曲线图??横坐标代表每个样本中随机抽取的序列总数，纵坐标代表在相应测序深度下观测到的ＯＴＵ??数目。（Ａ）?Ｃｈａｏ?１?指数；（Ｂ）?Ｓｈａｎｎｏｎ?指数??Ｆｉｇｕｒｅ?３．?Ｒａｒｅｆａｃｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅｓ?ｆｏｒ?ｓｉｘ?ｓｕｂｇｒｏｕｐｓ
?項士学位论文???使用物种累积曲线评估本研究的样本量大小是否足够。在图４中，横坐标??代表样本量，纵坐标代表被检测的ＯＴＵ数目，曲线中的蓝色阴影表示置信区间，??黄色长方形的上下线条表示四分位数。从图中，我们可以看出，随着样本量的??增大，蓝色阴影的面积和黄色长方形的高度先增加，后逐渐减校样本量为９０??个的时候，蓝色阴影的面积和黄色长方形的高度几乎重叠在一起，说明上下四??分位数十分接近，置信区间很窄。表明本研宄收集的９０个样本已经足够反映样??本总体的群落丰富度。稀疏曲线和物种累积曲线的结果说明本研究中的样本量??大小和测序深度均足以进行下一步分析。??４＞?Ｉ??Ｉ??〇?－?｜??￣￣Ｉ?Ｉ?Ｉ?１?Ｉ?Ｉ?１??０?２０?４０?６０?８０?９０??ｎｕｍｂｅｒ?ｏｌ?ｓａｍｐｌｅｓ??图４物种累积曲线图??Ｆｉｇｕｒｅ?４．?Ｓｐｅｃｉｅｓ?ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅ?ｆｏｒ?ａｌｌ?ｓａｍｐｌｅｓ．??２．６?ａｌｐｈａ多样性分析??基于ＯＴＵ?ｔａｂｌｅ，计算每个样本的ａｌｐｈａ多样性指数，包括Ｓｉｍｐｓｏｎ、Ｃｈａｏｌ、??ＡＣＥ?和?Ｓｈａｎｎｏｎ?指数（表?９－１１）?〇??２７??
【参考文献】：
期刊论文
[1]Saliva in the diagnosis of diseases[J]. Chen-Zi Zhang,Xing-Qun Cheng,Ji-Yao Li,Ping Zhang,Ping Yi,Xin Xu,Xue-Dong Zhou. International Journal of Oral Science. 2016(03)
[2]唐山市7～9岁儿童第一恒磨牙患龋状况及相关性研究[J]. 于雪,王琳,李洁,董青. 华西口腔医学杂志. 2015(01)
[3]Oral Microbiology:Past,Present and Future[J]. Xue-song He,Wen-yuan Shi~* School of Dentistry,the University of California,Los Angeles,USA. International Journal of Oral Science. 2009(02)
[4]第一恒磨牙龋预测相关因素的纵向研究[J]. 刘颖熠,高学军,岳林,郑春艳,王文辉. 中华口腔医学杂志. 2004(04)
本文编号：3405439
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