氯离子通道蛋白ericf1/ericf2与变形链球菌及耐氟菌株耐氟性增强关系的研究
发布时间：2021-10-24 01:02
实验目的:通过对变形链球菌（UA-159）及变形链球菌耐氟菌株（UA-159FR）进行转录组测序和基因功能分析,揭示其生物学信息及调控机理,揭示氯离子通道蛋白ericf1/ericf2在不同条件下的氟抗性,以预期该蛋白转录调控机制做出合理推测。从而探究变形链球菌耐氟菌株耐氟相关基因的耐氟机制。实验方法:本实验通过对变形链球菌及耐氟菌株的培养,采用高通量IlluminaHiseqTM2500测序技术对变形链球菌及耐氟菌株进行转录组测序,发现全部基因表达差异。针对变形链球菌及耐氟菌株ericf1/ericf2蛋白相应编码基因的表达差异,用荧光定量聚合酶链反应（q-PCR）法检测两菌株中ericf1/ericf2的编码基因mRNA转录水平的表达差异。实验结果:变形链球菌耐氟菌株相对其亲代的DEGs（differential-expressed genes）分别有上调差异基因765个和下调差异基因829个。通过KEGG富集通路与BLAST比对,被KEGG pathway条目所富集的代谢通路61个,其中差异基因共1594个。其中与变形链球菌耐氟菌株参与编码氯离子转运蛋白的ericf1/ericf...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：50 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
测序错误率分布图
14FPKMFR_1FR_2FR_3UA_1UA_2UA_30~1139(6.76%)147(7.15%)150(7.30%)79(3.84%)78(3.80%)77(3.75%)1~373(3.55%)52(2.53%)58(2.82%)3(0.15%)7(0.34%)5(0.24%)3~15257(12.51%)226(11.00%)253(12.31%)15(0.73%)26(1.27%)27(1.31%)15~60531(25.84%)528(25.69%)536(26.08%)45(2.19%)51(2.48%)63(3.07%)>601055(51.34%)1102(53.63%)1058(51.48%)1913(93.09%)1893(92.12%)1883(91.63%)2.3.2基因表达水平对比变形链球菌亲代株及耐氟菌株的基因表达水平将以FPKM分布图以及violin图进行比较。为确保数据的可靠性，我们将每种类样品重复3次，最终采用FPKM数据的平均值来表达。如图：图2.2FPKM分布图以及violin图的基因表达水平比对图Figure2.2FPKMdistributiondiagramandtheviolindiagramgeneexpressionlevelcomparisondiagram2.3.3RNA-seq的整体质量评估为确保RNA-seq测序结果的准确性，生物学重复是实验所必须的。主要有两个用途:一个是证明本实验的实验结果是具有可重复的，提高实验数据的可信度。二是为了确保实验组和对照组中差异基因分析转绿组得到更可靠的结果。表2.5不同表达水平区间的基因数量统计表Table2.5Statisticsofthenumberofgenesindifferentexpressionlevels
15为确定样品选择的合理性，和检测试验的可靠性，我们将各组样品基因表达水平相关性作为指标。如样品间表达越接近，则相关系数越接近于1。各组间相关性如下图所示：图2.3RNA-Seq相关性检查Figure2.3RNA-Seqcorrelationcheck2.3.4差异基因的表达筛选我们将实验组及对照组有显著表达差异的基因用点集的方式来描述，以变形链球菌亲代作为实验组，变形链球菌耐氟株为对照组，其中红色表示对应的基因表达量上调，绿色表示对应的基因表达量下调。我们直观的通过火山图可以推断差异基因的整体分布情况。
【参考文献】：
期刊论文
[1]变形链球菌耐氟菌株eriCF基因差异性表达及其意义[J]. 曲添,张红,张志民,杜奥博,邵思奇,杨瑶瑶,刘璐. 吉林大学学报(医学版). 2019(03)
[2]SNP检测方法的研究进展[J]. 许家磊,王宇,后猛,李强. 分子植物育种. 2015(02)
[3]基于茶树EST-SNP的CAPS标记开发[J]. 张成才,王丽鸳,韦康,成浩. 分子植物育种. 2013(06)
[4]单核苷酸多态性检测方法研究进展[J]. 唐一通,肖娜,李智山,范晓航,余燕敏,姚劲松. 现代生物医学进展. 2013(27)
[5]变形链球菌耐氟菌株的体外诱导[J]. 赵洪岩,张志民,朱来宽,李荟. 中国实验诊断学. 2010(07)
[6]大口黑鲈MyoD基因结构和单核苷酸多态性位点的筛选[J]. 于凌云,白俊杰,叶星,李胜杰,李小慧. 水产学报. 2009(01)
本文编号：3454267
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：50 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
测序错误率分布图
14FPKMFR_1FR_2FR_3UA_1UA_2UA_30~1139(6.76%)147(7.15%)150(7.30%)79(3.84%)78(3.80%)77(3.75%)1~373(3.55%)52(2.53%)58(2.82%)3(0.15%)7(0.34%)5(0.24%)3~15257(12.51%)226(11.00%)253(12.31%)15(0.73%)26(1.27%)27(1.31%)15~60531(25.84%)528(25.69%)536(26.08%)45(2.19%)51(2.48%)63(3.07%)>601055(51.34%)1102(53.63%)1058(51.48%)1913(93.09%)1893(92.12%)1883(91.63%)2.3.2基因表达水平对比变形链球菌亲代株及耐氟菌株的基因表达水平将以FPKM分布图以及violin图进行比较。为确保数据的可靠性，我们将每种类样品重复3次，最终采用FPKM数据的平均值来表达。如图：图2.2FPKM分布图以及violin图的基因表达水平比对图Figure2.2FPKMdistributiondiagramandtheviolindiagramgeneexpressionlevelcomparisondiagram2.3.3RNA-seq的整体质量评估为确保RNA-seq测序结果的准确性，生物学重复是实验所必须的。主要有两个用途:一个是证明本实验的实验结果是具有可重复的，提高实验数据的可信度。二是为了确保实验组和对照组中差异基因分析转绿组得到更可靠的结果。表2.5不同表达水平区间的基因数量统计表Table2.5Statisticsofthenumberofgenesindifferentexpressionlevels
15为确定样品选择的合理性，和检测试验的可靠性，我们将各组样品基因表达水平相关性作为指标。如样品间表达越接近，则相关系数越接近于1。各组间相关性如下图所示：图2.3RNA-Seq相关性检查Figure2.3RNA-Seqcorrelationcheck2.3.4差异基因的表达筛选我们将实验组及对照组有显著表达差异的基因用点集的方式来描述，以变形链球菌亲代作为实验组，变形链球菌耐氟株为对照组，其中红色表示对应的基因表达量上调，绿色表示对应的基因表达量下调。我们直观的通过火山图可以推断差异基因的整体分布情况。
【参考文献】：
期刊论文
[1]变形链球菌耐氟菌株eriCF基因差异性表达及其意义[J]. 曲添,张红,张志民,杜奥博,邵思奇,杨瑶瑶,刘璐. 吉林大学学报(医学版). 2019(03)
[2]SNP检测方法的研究进展[J]. 许家磊,王宇,后猛,李强. 分子植物育种. 2015(02)
[3]基于茶树EST-SNP的CAPS标记开发[J]. 张成才,王丽鸳,韦康,成浩. 分子植物育种. 2013(06)
[4]单核苷酸多态性检测方法研究进展[J]. 唐一通,肖娜,李智山,范晓航,余燕敏,姚劲松. 现代生物医学进展. 2013(27)
[5]变形链球菌耐氟菌株的体外诱导[J]. 赵洪岩,张志民,朱来宽,李荟. 中国实验诊断学. 2010(07)
[6]大口黑鲈MyoD基因结构和单核苷酸多态性位点的筛选[J]. 于凌云,白俊杰,叶星,李胜杰,李小慧. 水产学报. 2009(01)
本文编号：3454267
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