脉冲场凝胶电泳技术在巴尔通体的建立及在流行病学中的应用

发布时间：2018-02-04 22:35

  本文关键词： PFGE 巴尔通体 流行病　出处：《中国疾病预防控制中心》2008年硕士论文　论文类型：学位论文

【摘要】： 脉冲场凝胶电泳是1984年由Schwartz和Canter发明的,后经一系列的发展,最终成为了现在分子生物学中的一项关键技术。 脉冲场凝胶电泳在细菌的研究中已普遍应用,特别是在疾病的爆发流行中,已显示出其强大的应用价值。它不但可以单独用于追踪传染源,而且可以辅助现场流行病学调查,为其提供菌群之间相互关系的证据,现已成为疾病爆发中追踪溯源必不可少的工具。最近,研究发现巴尔通体的各个种与所致疾病有很强的相关性,即不同种可以导致不同的疾病,而各种内不同基因型菌株所致疾病是否有特异性,目前国内外还没有相关的研究。此外,对于巴尔通体在不同宿主动物中的感染情况,国外多为简单的阳性率的报道,不能准确的反映各宿主动物感染各种巴尔通体的真实情况。在这种情况下,急需一种分型能力强、简便、可靠、可以分辨种间种内的分子生物学技术,以用于巴尔通体疾病的预防控制。 本研究通过对菌株浓度的选择,限制性内切酶的选择,参数的优化,传代比较实验四个实验过程,建立了巴尔通体的PFGE方法。其参数分别为:菌液浓度≥4.5(比浊仪读数),限制性内切酶首选Smal,电泳参数为参数三(EP-C)。此外,我们在巴尔通体的传代比较实验中发现,汉赛巴尔通体经两次传代有20%的概率发生同条带的丢失,而伊利莎白巴尔通体未发现变异。 随后,我们通过Bionumerics数据库软件对52株巴尔通体进行了聚类分析(这些菌株分别来自于山东,北京,河南地区),发现PFGE可以用于巴尔通体的种间鉴别诊断。此外,通过对巴尔通体宿主猫和犬的流行病学分析,发现猫与犬感染的巴尔通体DNA分型差别大,相似度低于60%,推测可能为巴尔通体的不同种。 最后,我们通过对部分实验菌株进行gltA基因扩增,测序,并对其进行同源性分析和进化树分析,发现分离自犬和猫的巴尔通体各自聚为一类,且彼此分离没有交叉。此外,通过NCBI的BLAST比对,所测的来自于猫的实验菌株全部为汉赛巴尔通体,而来自于犬的实验菌株全为文氏巴尔通体伯格霍夫亚种(B.vinsonii subsp.berhoffii)。所有这些结果与PFGE分类结果一致。 综上所述,通过本研究我们建立了巴尔通体的PFGE方法,通过对其进行聚类分析发现PFGE可以用于巴尔通体的种间分类,且宿主猫,犬中感染的巴尔通体是不同种的巴尔通体。此外三地区宿主猫中,感染的巴尔通体(除M9HN)均为汉赛巴尔通体,且三地区的菌株的优势DNA型均不同。
[Abstract]:In 1984, pulsed field gel electrophoresis was invented by Schwartz and Canter. After a series of developments, it has become a key technology in molecular biology. Pulse field gel electrophoresis has been widely used in the study of bacteria, especially in the outbreak of disease, has shown its strong application value, it can not only be used to track the source of infection. And it can assist in the field epidemiological investigation and provide evidence of the relationship between the flora. It has become an essential tool for tracing the source of the disease outbreak. Recently. The study found that each species of Bartonella has a strong correlation with the resulting disease, that is, different species can lead to different diseases, and the disease caused by different genotypes of various strains is specific. At present, there is no related research at home and abroad. In addition, the infection of Bartonella in different host animals is mostly reported in foreign countries. It can not accurately reflect the real situation of the host animals infected with various Bartonella. In this case, the need for a strong typing ability, simple, reliable, can distinguish between species of molecular biology technology. For the prevention and control of Bartonella disease. Through the selection of strain concentration, the selection of restriction endonuclease, the optimization of parameters, the passage comparison experiment four experimental processes. The PFGE method of Baltonella was established. The parameters were as follows: the concentration of bacterial liquid 鈮，

本文编号：1491339