利用系统进化树对H7N9大数据预测传播模型的评估

发布时间：2018-03-07 06:12

  本文选题：HN型禽流感　切入点：系统进化树　出处：《中国生物工程杂志》2014年11期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：活禽贸易和H7N9禽流感病毒传播之间存在关联,应用大数据技术分析活禽交易网络数据,可进行疫情溯源并预测未来传播趋势。从流感研究数据库中获取了截止至2013年分离得到的H7N9毒株的血凝素基因核酸序列,构建系统进化树推断2013年上半年疫情中H7N9在各省及城市间的传播情况,并与大数据推断结果进行对比分析。结果表明,系统进化树推断结果更为准确,但大数据分析能够提供更多地区的信息且具有更好的时效性,同时推断的传播模型准确度较高,在H7N9疫情的应对中具有较高的应用价值。
[Abstract]:There is a link between live poultry trade and the spread of H7N9 avian influenza virus. Big data technology is used to analyze live poultry trade network data. The hemagglutinin gene nucleic acid sequence of H7N9 strain isolated as of 2013 was obtained from the influenza research database. A phylogenetic tree was constructed to infer the transmission of H7N9 between provinces and cities in the first half of 2013, and the results were compared with those of big data. The results showed that the phylogenetic tree was more accurate. However, big data analysis can provide more information and has better timeliness, at the same time, the accuracy of the inferred transmission model is higher, and it has a higher application value in the response to H7N9 epidemic situation.
【作者单位】： 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室;感染性疾病诊治协同创新中心;北京市计算中心;北京市理化分析测试中心;
【基金】：国家“863”计划(2014AA021505) 国家自然科学基金(81201322,81301402)资助项目
【分类号】：R181

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本文编号：1578259