PCR基因指纹图微生物源追踪方法研究与应用

发布时间：2017-01-02 10:28

  本文关键词：我国部分地区沙门氏菌的分子分型及流行特征分析，由笔耕文化传播整理发布。

《南京医科大学》 2009年

Rep-PCR基因指纹图微生物源追踪方法研究与应用

李伟伟  

【摘要】：水源性病原体危害人类健康,而粪便污染是造成水中病原体污染的最主要原因,确定粪便污染来源对于健康危害评估及对污染水体的整改和管理至关重要。传统的监测方法只能对水体做出卫生学评价,而无法查找水体中污染物的来源。Rep-PCR基因指纹图微生物源追踪技术则可以通过不同来源指示菌的源特征性基因指纹图,结合统计学分析来查找水体中粪便污染来源。 目的 本研究旨在建立桂五水库地区已知源特征性rep-PCR基因指纹库,并用正确归类率等统计学方法对其进行评价,检测桂五水库水样标本,追踪其为期一年的粪便污染来源。 方法 春、夏、秋和冬四季分别采集桂五水库周边村落已知来源的人和动物(家禽、家畜和野生动物)新鲜粪便标本,分离并确认指示菌大肠杆菌,以BOXA1R为引物进行PCR扩增。用Bionumerics 4.0软件对rep-PCR基因指纹图进行判别分析和多元方差分析并计算正确归类率,以评价该方法对不同种属来源指示菌的区分效果。按月采集水样标本,膜过滤法分离指示菌,进行rep-PCR扩增,将水样中指示菌rep-PCR基因指纹图与已知源特征性rep-PCR基因指纹库进行 统计学比对,判断桂五水库中粪便污染来源。 结果 1.从650份已知源粪便标本中分离2705株指示菌,筛选并建立已知源特征性rep-PCR基因指纹库。 2.将已知源库分为10类、5类、3类和2类统计分析,各种属平均正确归类率分别为:68.13%、74.76%、82.36%和86.03%。判别分析和多元方差分析结果显示rep-PCR基因指纹图能将已知源不同来源指示菌区分开。 3. 84份未知源水样分离到534株指示菌,rep-PCR实验得到502条特征指纹图,指其中477条(95.02%)指纹图可判别污染来源。判别分析结果显示:桂五水库中粪便污染来源种类多,人、鸡、牛、羊、猪、鸭、鹅、野生动物、狗和鸽各占27.88%、15.51 %、11.53%、9.22%、8.39%、8.18%、6.01%、5.66%、 4.19%和3.35%,其中人、鸡和牛3类共占54.92%。 结论 筛选并建立的已知源特征性rep-PCR基因指纹库具有宿主特异性,能较好地区分水体中指示菌的不同来源;水体标本监测显示桂五水库粪便污染来源种类多,其中人、鸡和牛相对较多,提示应对桂五水库地区加强人、家禽和家畜动物粪便的无害化管理。

【关键词】：
【学位授予单位】：南京医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2009
【分类号】：R123
【目录】：

下载全文 更多同类文献

CAJ全文下载

(如何获取全文？ 欢迎：购买知网充值卡、在线充值、在线咨询)

CAJViewer阅读器支持CAJ、PDF文件格式

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 刘仁元,刘吉元,廖端芳;大肠杆菌REP序列的进化机理及其对调控、转座机制的证明 Ⅰ、对转座机制问题的论证[J];南华大学学报(医学版);2002年03期

2 林萍;胡晓抒;;细菌源追踪—微生物选择[J];江苏卫生保健;2007年04期

3 王洪亮;仵均祥;成为宁;李怡萍;王丙丽;侯娟娟;;用重复序列引物PCR分析不同滞育状态麦红吸浆虫DNA多态性[J];昆虫分类学报;2007年01期

4 周俊英;付有荣;郭清莲;齐小保;;生鲜肉中肠炎沙门菌分子生物学特征分析[J];中国公共卫生;2007年10期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 段云;吴仁海;罗礼智;武予清;蒋月丽;苗进;巩中军;;麦红吸浆虫唾腺EST-SSRs的信息分析及分子标记筛选[J];昆虫学报;2011年10期

2 黄春;张万江;;转座子及其相关技术的研究[J];世界华人消化杂志;2006年17期

3 刘雯静;邱少富;王勇;王中强;陈琛;李婧;张伶;杜昕颖;汪舟佳;薛文仲;黄留玉;宋宏彬;刘雪林;;肠炎沙门菌临床分离株耐药性与耐药基因分析[J];中国公共卫生;2010年12期

4 姚慧靖;何剑锋;高克勇;叶金奶;杨学斌;;外环境水中肠道病原菌的调查[J];中国卫生检验杂志;2009年09期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 成卫宁;麦红吸浆虫滞育的生理生化机制研究[D];西北农林科技大学;2008年

中国硕士学位论文全文数据库 前1条

1 刘雯静;我国部分地区沙门氏菌的分子分型及流行特征分析[D];中国人民解放军军事医学科学院;2011年

【二级参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 王小平,薛芳森,华爱,游兰韶;食料因子对昆虫滞育及滞育后发育的影响[J];江西农业大学学报;2004年01期

2 贺春贵,袁锋;中国西部麦红吸浆虫种群遗传结构的RAPD分析(双翅目:瘿蚊科)[J];昆虫分类学报;2001年02期

3 胡木林,张克斌;麦红吸浆虫滞育习性研究[J];昆虫知识;1995年01期

4 陈巨莲,倪汉祥;小麦吸浆虫的研究进展[J];昆虫知识;1998年04期

5 仵均祥,李长青,李怡萍,成卫宁;小麦吸浆虫滞育研究进展[J];昆虫知识;2004年06期

6 龚鹏,张孝羲,杨效文,陈晓峰;棉蚜DNA多态性RAPD PCR分析(英文)[J];Entomologia Sinica;2000年01期

7 潘志明,焦新安,刘文博,高崧,倪振亚,张扬,刘学贤,张如宽,刘秀梵;鸡白痢沙门氏菌耐药性的监测研究[J];畜牧兽医学报;2002年04期

8 李建栋,陈义忠,楚心唯,吴敏,吴爱军,陈清;饮服从业人员沙门菌耐药性及质粒特征分析[J];中国公共卫生;2005年02期

9 张振开,黄运能,郭炳才,邓曼玲,袁荣枝,王七生;副伤寒沙门氏菌耐药性与菌株质粒的监测[J];中国抗生素杂志;2004年10期

10 冉陆;食源性致病菌及食源性疾病的监测动态[J];中国食品卫生杂志;2001年04期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 贺虹;中国麦红吸浆虫地理种群遗传变异及基因流研究[D];西北农林科技大学;2004年

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 侯雪芹;梁秀川;姚新梅;;一起感染性腹泻暴发[J];预防医学情报杂志;2006年01期

2 李伟伟;顾玲;叶珣;陈晓东;丁震;周璐;董晨;张琪;于洋;汪华;;rep-PCR基因指纹图微生物源追踪方法建立的研究[J];现代预防医学;2009年17期

3 程亮;曹宾霞;王耀兵;梁斌;;不同物种源的150株肠球菌抗生素抗性分析[J];沈阳师范大学学报(自然科学版);2011年01期

4 王振平 ,谭金萍 ,周玲 ,向多才 ,向开国;粪便污染饮水的简易检查法实验报告[J];环境与健康杂志;1985年04期

5 李伟伟;陈晓东;顾玲;丁震;汪华;;应用rep-PCR微生物源方法追踪夏秋季桂五水库粪便污染来源[J];江苏预防医学;2010年03期

6 辛宁;;2％的粪便污染98％的水 抽水马桶“末日”不远[J];健康大视野;1997年04期

7 杨滴;王耀兵;李冬梅;宫强;苏洁;;粪便中大肠埃希菌的分离鉴定[J];微生物学杂志;2007年03期

8 申金雁;殷国荣;李佩珍;;旅客列车直排粪便污染的危害及控制对策[J];国际医学寄生虫病杂志;2006年02期

9 林萍;胡晓抒;;细菌源追踪—微生物选择[J];江苏卫生保健;2007年04期

10 罗维(纟金);;对粪便污染指标菌——大肠菌群的认识[J];解放军预防医学杂志;1984年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 申金雁;殷国荣;李佩珍;;旅客列车直排粪便污染的危害及控制对策[A];全国人畜共患病学术研讨会论文集[C];2006年

2 王耀兵;苏洁;杨玉敏;蒋翰鹏;;粪便污染源识别技术及其在禽畜养殖污染监测中的应用[A];全国畜禽和水产养殖污染监测与控制治理技术交流研讨会论文集[C];2008年

3 吴秋珏;张剑峰;田金可;王恬;;畜禽舍粪便污染及生物技术在治理中的应用[A];畜牧业环境、生态、安全生产与管理——2010年家畜环境与生态学术研讨会论文集[C];2010年

4 邹昌明;;铁路旅客列车粪便污染治理探索与建议[A];中国铁道学会环境保护委员会2005年年会论文集[C];2005年

5 李军;韩晓日;魏凤兰;;畜禽养殖业污染防治技术的研究进展[A];节能环保 和谐发展——2007中国科协年会论文集（三）[C];2007年

6 樊悦;;小儿手足口病的家庭护理指导[A];全国儿科护理学术交流暨专题讲座会议论文汇编[C];2006年

7 魏雪峰;陈卫华;;肝破裂术中自体血液回输23例应用体会[A];中国输血协会第四届输血大会论文集[C];2006年

8 付显东;李华;许慧玲;;犬细小病毒病的诊治[A];河南省畜牧兽医学会第七届理事会第二次会议暨2008年学术研讨会论文集[C];2008年

9 林海云;车建美;刘波;郑雪芳;肖荣凤;;基于BOX-PCR和REP-PCR技术的青枯雷尔氏菌多态性分析[A];第三届全国微生物资源学术暨国家微生物资源平台运行服务研讨会会议论文摘要集[C];2011年

10 李宗逊;陆轶峰;;滇池流域畜禽规模养殖粪便污染现状调查[A];云南省作物学会2000—2003年优秀论文选集[C];2004年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 特约记者 葛仲洪;[N];眉山日报;2007年

2 杨亚非 李德旺 王孟;[N];中国环境报;2008年

3 记者 陈果;[N];昆明日报;2007年

4 九三学社北京市委;[N];人民政协报;2001年

5 本报记者 师晓京;[N];农民日报;2001年

6 肖军;[N];中国畜牧兽医报;2007年

7 童国庆;[N];中国环境报;2010年

8 山西恒丰强动物药业有限公司技术部 袁鑫;[N];中国畜牧兽医报;2007年

9 王兴科 崔永华;[N];中国畜牧兽医报;2006年

10 屈祖平;[N];中国环境报;2006年

中国博士学位论文全文数据库 前3条

1 倪永清;中国不同环境中嗜酸浸矿细菌的分子系统学研究[D];兰州大学;2007年

2 段会勇;动物舍微生物气溶胶及其向周围环境的传播[D];山东农业大学;2008年

3 杜丽;香樟体胚发生途径的植株再生体系的建立以及农杆菌介导遗传转化的初步研究[D];华中农业大学;2005年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 李伟伟;Rep-PCR基因指纹图微生物源追踪方法研究与应用[D];南京医科大学;2009年

2 张淼;大肠杆菌rep-PCR指纹图谱分析在粪便污染源示踪上的应用[D];山东大学;2010年

3 李冬梅;近岸大肠杆菌多样性及其溯源研究[D];大连海事大学;2012年

4 宫强;大肠埃希氏杆菌16S—23S rRNA基因间隔区片断分析在粪便污染源示踪上的应用[D];大连海事大学;2005年

5 徐磊;柑橘溃疡病病原菌的分子鉴定与抗病资源的筛选[D];湖南农业大学;2008年

6 郎冬梅;四川稻瘟病菌群体的多样性和遗传结构研究[D];四川农业大学;2004年

7 王雪艳;粪甾醇作为海岸排污口监测指标的研究[D];大连海事大学;2007年

8 彭珺;荧光假单胞菌的分离、鉴定及遗传多样性研究[D];上海师范大学;2006年

9 刘刚;利用M-RAPD技术绘制不同病原微生物基因指纹图[D];四川大学;2004年

10 钟召兵;禽舍葡萄球菌气溶胶发生及传播的研究[D];山东农业大学;2008年

  本文关键词：我国部分地区沙门氏菌的分子分型及流行特征分析，由笔耕文化传播整理发布。

，

本文编号：231532