基于ChinaPca全基因组数据和基因表达量探讨LRP1与前列腺癌的关系

发布时间：2020-07-28 14:18

【摘要】：目的通过ChinaPca全基因组关联研究(GWAS)数据中验证、免疫组化实验及公共数据库分析,探讨低密度蛋白受体相关蛋白1基因(LRP1)基因对前列腺癌(PCa)的影响。方法基于前期26例广西壮族人群PCa组织全外显子测序结果,选择可能和PCa相关的LRP1基因,在ChinaPCa的GWAS数据中对9个LRP1的单核苷酸多态性(SNP)进行验证;分别取PCa、癌旁和前列腺炎组织各12、18和4例进行免疫组化实验;分析癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库的LRP1基因表达数据,对TCGA和(基因型组织表达)GTEx数据库的LRP1基因表达数据进行作图,在STRING网站构建蛋白与蛋白交互网络(PPI)图,并验证相关基因联系。统计分析采用SPSS及STATA软件。结果ChinaPCa GWAS数据验证结果显示LRP1的rs11172113和PCa可能存在关联(P=0.083),其中TC基因型和PCa风险关联显著(OR=1.27,95%CL,1.066-1.505,P=0.007)。免疫组化实验及TCGA数据库统计分析显示LRP1在PCa和癌旁组织的表达无统计学差异(分别为P=0.167,P=0.729),TCGA和GTEx数据库联合作图显示LRP1在癌组织表达量降低(P0.05),PPI网络研究结果显示LRP1与前列腺癌通路相关基因PLAT、PDGFB、PDGFRB有关联(P0.05)。结论LRP1基因的rs11172113和前列腺癌有关,LRP1基因在前列腺癌组织的低表达可能和前列腺癌有关。LRP1可能通过调节相关基因来调控前列腺癌相关通路。
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R737.25
【图文】：

腺炎,前列腺癌,前列腺炎,免疫组化染色

免疫组化结果显示其中在 4 例前列腺炎组织中有 2 例 LRP1 染色呈阴性（-）（图 2-1.b），1 例 LRP1 染色呈弱阳性（1+），1 例 LRP1 染色呈中等强度阳性（2+）；在 18 例前列腺正常组织中有 8 例 LRP1 染色呈阴性（-）（图 2-1.c），5 例 LRP1 染色呈弱阳性（1+），5 例 LRP1 染色呈中等强度阳性（2+）（图 2-1.d）；在 12 例前列腺癌组织中有 7 例 LRP1 染色呈阴性（-）（图 2-1.e），5 例 LRP1 染色呈弱阳性（1+）（图 2-1.f）。癌组织与癌旁正常组织的 LRP1 表达量无统计学差异（P=0.133）；前列腺炎与癌旁正常组织的LRP1 表达量无统计学差异（P=1.000）。组织病理类型与 LRP1 染色分级统计如表 2-2 所示。

散点图,前列腺癌,前列腺,腺癌

基于 ChinaPca 全基因组数据和基因表达量探讨 LRP1 与前列腺癌的关系 Black 7 12.151±0.521Asian 2 12.587±1.040*P ＜0.05 为差异有统计学意义；a.前列腺组织分组、年龄组、前列腺癌 TNM 分期组的统计学方法采用两独立样本 t 检b.格里森评分分组、人种分组的统计学方法采用单因素 ANOVA 分析。

正常组织,箱形,前列腺癌,网站

.在 GEPIA 网站中绘制在 TCGA 前列腺癌 vs TCGA 正常组织的箱形图。e 2-3.Box plot of LRP1 Gene Expression in TCGA Prostate Cancal Tissue Drawn on GEPIA Website.The red box plot represen prostate cancer.The gray box plot represents the expression levGEX normal tissue.The expression level of LRP1 in cancer tisss（P＜0.05）.LRP1 基因的网络互作分析结果本研究通过STRING网站构建的LRP1基因的

【相似文献】