基于RNA-seq的前列腺癌1ncRNA相关的分析研究

发布时间：2017-05-07 15:09

  本文关键词：基于RNA-seq的前列腺癌1ncRNA相关的分析研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：前列腺癌是男性生殖系统最常见的恶性肿瘤之一,其发病率随着年龄的增长而增长。虽然我国的发病率相对于欧美甚至其他亚洲地区发病率还比较低,但近年来一直呈上升趋势。且前列腺癌的发病率和死亡率仅次于肺癌,位居癌症死亡的第二位。因此,开展前列腺癌的相关深入研究对于男性的生命及健康具有重要的意义。本研究以两组由NCBI数据库公布的正常前列腺及前列腺癌组织的转录组测序(RNA sequencing, RNA-seq)数据为样本,应用生物信息学方法对其进行转录本的重建和长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)的预测,然后再对预测所得的结果进行相关的一些分析。首先使用基因引导法对样本的转录组进行重建。将原始序列用TopHat映射到人类参考基因组,其回贴成功率约为76.9%。然后使用Cufflinks套装对读段进行装配、整合、注释以及分类,共得到157926个转录本。其次对转录组重建的结果进行lncRNA的预测。以lncRNA的基本定义(转录本长度大于200nt以及开放阅读框小于300nt)为第一次的过滤条件,得到6941个lncRNA的候选转录本；然后利用非编码识别软件PhyloCSF做第二次过滤,得到1776个转录本；最后使用蛋白质数据库Pfam过滤,最终得到1080个预测lncRNA。针对预测得到的结果,本研究再利用Cuffdiff和WGCNA分别对其进行差异表达分析和基因共表达网络分析,得到5个上调、7个下调的差异表达基因、3个差异表达的lncRNA以及2个与前列腺癌具有显著相关性的基因模块。根据该结果我们发现并猜测差异表达的lncRNA RP11-267A15.1与前列腺癌相关,且很可能产生抑制作用。另外,本研究还对包括预测lncRNA在内的所有mRNA进行了差异表达分析,得到1715个上调、1162个下调差异表达基因；然后对以上差异表达结果进行基因功能注释分析以及通路分析,根据结果我们猜测,这些差异基因可能与单多细胞生物进程、系统开发、细胞分化等基因功能的改变有关。最后通过R语言程序对以上所有定量结果进行可视化,挑选出有意义的结果及其他信息。本研究应用生物信息学方法对正常前列腺组织以及前列腺癌组织的RNA-seq数据进行lncRNA的预测以及相关的分析,并对预测lncRNA中的差异表达基因、基因共表达网络分析得到的基因模块以及mRNA中差异表达基因的基因功能注释、代谢通路结果进行了详细的阐述,为前列腺癌的研究提供了有力的数据基础,以期为进一步确定前列腺癌的特异性基因提供了新的理论基础。
【关键词】：长链非编码RNA 转录组测序 前列腺癌
【学位授予单位】：重庆医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R737.25
【目录】：

• 英汉缩略语名词对照6-7
• 摘要7-9
• ABSTRACT9-12
• 1 前言12-20
• 1.1 前列腺癌的研究进展12-13
• 1.1.1 前列腺癌的概述12
• 1.1.2 前列腺癌的分子遗传学12-13
• 1.1.3 前列腺癌中关于lncRNA的研究13
• 1.2 lncRNA的简介13-14
• 1.2.1 lncRNA的概述13-14
• 1.2.2 lncRNA与恶性肿瘤14
• 1.3 转录组测序技术及其应用14-19
• 1.3.1 第一代测序技术15
• 1.3.2 第二代测序技术15-16
• 1.3.3 第三代测序技术16-17
• 1.3.4 转录组学与转录组测序17-19
• 1.4 本研究的目的和意义19-20
• 2 材料与方法20-25
• 2.1 研究材料20
• 2.2 研究方法20-25
• 2.2.1 转录组重建21-22
• 2.2.2 预测lncRNA22-23
• 2.2.3 差异表达基因筛选23
• 2.2.4 基因共表达网络分析23-24
• 2.2.5 mRNA相关的一些分析24-25
• 3 结果25-36
• 3.1 转录组重建结果25
• 3.2 lncRNA预测结果25-27
• 3.3 基因差异表达分析结果27-30
• 3.4 基因共表达网络分析结果30-33
• 3.5 mRNA的分析结果33-36
• 4 讨论36-38
• 全文结论38-39
• 参考文献39-43
• 文献综述43-50
• 参考文献47-50
• 致谢50-51
• 攻读硕士学位期间的研究成果51

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 赵霞;陈灿煌;倪青山;王竞;胡福泉;谭银玲;;通过RNA-seq初步考察铜绿假单胞菌噬菌体PaP3对宿主转录组的全局性调控[J];免疫学杂志;2013年04期

中国重要会议论文全文数据库 前3条

1 赵西西;王成成;陈国华;林剑青;贺竹梅;;RNA-Seq揭示黄曲霉胞内氧化还原反应与黄曲霉毒素合成的关系[A];中国遗传学会第九次全国会员代表大会暨学术研讨会论文摘要汇编（2009-2013）[C];2013年

2 张玉刚;祝军;梁美霞;戴洪义;;利用RNA-Seq分析柱型和普通型苹果转录水平差异[A];中国园艺学会2011年学术年会论文摘要集[C];2011年

3 于安民;杨锦芬;;基于RNA-seq的阳春砂果实可溶性糖及萜类代谢的基因表达谱分析[A];生态文明建设中的植物学：现在与未来——中国植物学会第十五届会员代表大会暨八十周年学术年会论文集——第4分会场：资源植物学[C];2013年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 李雪艳;基于RNA-Seq的兰州百合鳞茎淀粉-蔗糖代谢关键酶SuSy和INV基因的挖掘[D];沈阳农业大学;2015年

2 梁书利;基于RNA-Seq技术的毕赤酵母转录组学研究及其表达元件的挖掘[D];华南理工大学;2012年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 田巍;使用多种模拟和真实数据对常用的RNA-seq比对软件的测试与综合比较[D];华南理工大学;2015年

2 胡呈呈;基于RNA-seq的前列腺癌1ncRNA相关的分析研究[D];重庆医科大学;2015年

3 石文芳;基于RNA-seq测序的梅花转录组分析[D];北京林业大学;2012年

4 毛笈华;利用RNA-seq技术挖掘胡萝卜抽薹开花相关基因[D];中国农业科学院;2013年

5 苏山春;基于RNA-seq技术对鼠疫耶尔森氏菌小RNA的筛选与鉴定[D];四川农业大学;2013年

6 于安民;基于RNA-Seq的阳春砂果实发育过程中糖和萜类代谢的研究[D];广州中医药大学;2014年

7 张莉华;基于RNA-Seq技术的尼古丁影响下大鼠大脑中的基因表达研究[D];天津医科大学;2014年

8 赵晓俊;对羟基苯甲酸乙酯对雄果蝇的生殖毒性及其基于RNA-seq的DGE分析[D];陕西师范大学;2014年

9 张清瑞;基于RNA-Seq的DHAV-1感染雏鸭的组织转录组分析[D];华中农业大学;2013年

10 李娜;基于RNA-Seq技术筛选的功能性融合转录本TSNAX-DISC1与子宫内膜癌发生发展的关联研究[D];苏州大学;2014年

  本文关键词：基于RNA-seq的前列腺癌1ncRNA相关的分析研究，由笔耕文化传播整理发布。

，

本文编号：350074