膀胱肿瘤的加权共表达网络分析及肿瘤分期关键基因的鉴定

发布时间：2023-03-23 20:06

　　目的:探讨膀胱癌的发病机制,找到与膀胱癌预后和分期相关的关键基因。方法:从GEO数据集下载基因芯片GSE31684,再由Brb-Arraytools进行处理,过滤得到13222个表达基因,将这些基因和临床的症状用“WGCNA”R包进行分析,找到与膀胱肿瘤分期相关性最强的模块,构建共表达网络,并用分子复合物检测技术(MCODE)对关键基因进行了检测,最后用TCGA数据库进行验证。结果:通过分析,获得10个基因表达模块,在Pearson的相关性检验中,蓝色模块与肿瘤分期(cor=0.49),分级(cor=0.29))和盆腔淋巴结转移相关(cor=0.25)),将该模块选出作进一步研究。鉴定出16个关键基因:CDH11、COL3A1、COL6A3、COL5A1、AEBP1、COL1A2、NTM、COL11A1、THBS2、COL8A1、COL1A1、BGN、MMP2、PXDN、THY1和TGFB1I1。这些基因与细胞外胶原纤维组织形成和血管发育等过程有关,经TCGA数据库验证,THY1、AEBP1、CDH11、COL1A1、COL1A2、C0L11A1、MMP2、PXDN、BGN、COL5A...

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

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中文摘要
Abstract
1. 前言
2. 材料和方法
    2.1 数据下载和加工处理
    2.2 WGCNA分析
    2.3 关键模块的选择和基因功能注释
    2.4 关键基因预测和共表达网络的构建
    2.5 TCGA数据下载和生存分析
    2.6 使用Cmap数据库发现潜在的药物
3. 结果
    3.1 WCGNA分析和模块显著性计算
    3.2 共表达网络构建和关键基因的鉴定
    3.3 关键基因生存分析
    3.4 关键基因在TCGA数据库中不同膀胱肿瘤分期的表达
    3.5 人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas)与关键基因的蛋白表达水平分布
    3.6 通过Connectivity map发现潜在的药物
4 讨论
5. 结论
参考文献
硕士期间所做实验内容部分 经睾丸输出小管注射慢病毒对Wistar大鼠生殖系统的影响
    参考文献
附录1: 致谢
附录2. Sepresa网站使用方法
附录3: 硕士期间发表的学术论文
学位论文评開及答辩情况表



本文编号：3768662