云南省HIV-1患者中human pegiviruses（HPgVs）分子流行病学研究

发布时间：2018-07-12 15:44

本文选题：Human + pegivirus-1(HPgV-1)　；参考：《昆明理工大学》2017年硕士论文

【摘要】：Humanpegiviruses(HPgVs)属于黄病毒科pegivirus属,单股正链RNA病毒。目前,pegivirus属中可以感染人类的病毒有两种,分别为HPgV-1和HPgV-2。其中,HPgV-1曾被称为庚型肝炎病毒(Hepatitis G Virus,HGV)或 GB Virus C(GBV-C)。HPgV-1 的感染不会引起人类的肝损伤,但与HIV-1合并感染会延缓艾滋病患者的疾病进程,并且不同基因型的HPgV-1对艾滋病的疾病影响存在明显差异。最近,通过高通量测序技术发现了HPgV-2,该病毒主要在艾滋病合并丙肝(HCV)的患者中流行。云南省是我国艾滋病流行的高发区之一,云南地区HIV-1感染者中HPgVs的流行及其对艾滋病病程的影响如何,相关研究较少。基于此,本论文就云南地区HIV-1感染者中HPgV-1和HPgV-2的分子流行病学进行了研究。首先,我们针对云南省16个地州的1062例艾滋病患者,包括静脉吸毒人群(injecting drug users,IDUs)460例,异性性传播人群602例,进行了 HPgV-1 RNA的检测。结果发现HPgV-1 RNA 感染率为 23.4%(248/1062),其中 HPgV-1 在 IDUs 中的感染率(28.5%,131/460)显著高于异性传播人群(19.4%,117/602)(P0.05)。我们进一步通过E2区同源关系进化树分析发现,云南地区HIV-1感染者中HPgV-1 7型为主要基因型占55.7%(118/212),其次为 3 型 34.9%(74/212),4 型 4.7%(10/212),2 型 3.3%(7/212)和未知基因型 1.4%(3/212)。从传播方式来看,7型主要流行于IDUs中(73.3%,85/116),而3型则主要流行于异性性接触人群中(54.2%,52/96)。此外,我们对主要流行的3型和7型HPgV-1患者的临床指标进行了统计分析,结果发现合并感染7型HPgV-1的艾滋病患者具有较低的HIV-1病毒载量(log = 3.87 ± 0.59 vs.4.01 ± 0.64,p = 0.038)和较高的CD4+细胞数量(cells/uL = 338±176 vs.285 ± 180,p = 0.025),表明7型HPgV-1具有较好地延缓HIV-1疾病进程的作用。其次,基于HPgV-1 4型、6型和7型具有相同的地域分布特征,为了进一步研究这三种基因型的进化和起源关系,我们成功获得了 13条4型和7型HPgV-1全长序列。经Split network、同源进化树、遗传距离、核苷酸同源性以及PCOORD分析,结果表明4、6和7型具有相同的进化和起源,属于同一种基因型,因此,我们暂时将这三种基因型统一命名为HPgV-1基因4型。此外,通过PHI和Bootscanning重组分析,我们发现并确认了两例HPgV-1全长重组株。最后,我们对547例HIV感染者,包括HIV-1单感染260例,HIV-1/HCV双重感染192例和HIV-1/HCV/HPgV-1三重感染95例,进行了 HPgV-2 RNA的检测。结果发现,HPgV-2的感染率为0.91%(5/547),其中在以上三种人群中的感染率分别为0.00%(0/260)、0.52%(1/192)和4.21%(4/95)。另外,我们成功扩增并获得4条HPgV-2全长基因组序列,并经全长序列比对分析发现,HPgV-2核苷酸序列保守性(92.0%,0.058)分别高于 HPgV-1(87.5%,0.140)和 HCV(66.54%,0.423)。临床数据统计发现,HPgV-2 的感染对艾滋病患者的肝功指标ALT和AST无影响。综上所述,本论文阐明了云南地区艾滋病人群中HPgV-1的感染率和基因型分布特征,发现7型HPgV-1可能具有较好地延缓HIV-1疾病进程的作用,提出了新的HPgV-1分型的标准。此外,我们还阐明了 HPgV-2主要在HIV-1/HCV感染人群中流行,描述了 HPgV-2全长基因序列特征。该结果将为进一步深入开展HPgVs的多样性对艾滋病病程的影响机制研究提供了重要科学依据。
[Abstract]:Human pegiviruses ( HPgVs ) belong to the genus pegivirus of the family Flaviviridae , single strand positive strand RNA virus . At present , the infection rate of HPgV - 1 in IDUs is 55.7 % ( 118 / 212 ) , the infection rate of HPgV - 1 in IDUs is 55.7 % ( 118 / 212 ) , and the infection rate of HPgV - 1 in IDUs is 34.9 % ( 74 / 212 ) , type 4 4.7 % ( 10 / 212 ) , type 2 3.3 % ( 7 / 212 ) and unknown genotype 1.4 % ( 3 / 212 ) . Type 3 was mainly prevalent in heterosexual contact population ( 54.2 % , 52 / 96 ) . The results showed that the infection rate of HPgV - 1 was 0.91 % ( 0 / 260 ) , 0.52 % ( 1 / 192 ) and 4.21 % ( 4 / 95 ) respectively . In conclusion , the infection rate and genotype distribution of HPgV - 1 in HIV - 1 / HCV infected population were discussed . The results showed that HPgV - 1 might have a better effect on HIV - 1 disease progression , and the characteristics of HPgV - 2 gene sequence were described .
【学位授予单位】：昆明理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：R512.91

【参考文献】