宏基因二代测序在自身免疫性疾病合并重症肺炎患者诊断中的应用

发布时间：2020-11-01 10:56

　　 背景:自身免疫性疾病是临床实践中的严重挑战之一。而这类人群较健康人群更易感染,但自身免疫浸润导致的间质性肺炎有时很难与自身免疫疾病合并重症肺炎区分开来,并且在这类人群中,抗生素的使用相对较强,可能导致病原菌的检出率较低,这项回顾性研究旨在研究与传统检测方法相比,支气管肺泡灌洗液(BALF)的宏基因组二代测序技术(mNGS)是否可用于鉴定自身免疫疾病合并重症肺炎患者中的致病病原体。方法:本研究为单中心回顾性研究,纳入对象为2017年4月至2019年2月浙江大学医学院附属第二医院滨江院区综合重症监护室住院的自身免疫病合并重症肺炎的成人患者。并接受纤维支气管镜检查获得BALF样本以帮助发现致病病原体。将BALF标本分成两个相等的部分,一份用于传统检测方法。另一份外送测序公司行mNGS测序。结果:共纳入17名患者(7名男性;平均年龄55岁)的18份肺泡灌洗液样本,共15份标本(83.3%)为mNGS阳性。6个标本(33.3%)是传统检测方法阳性。6个传统检测方法阳性样本也是mNGS阳性,其中5个一致被mNGS鉴定为异常值,只有1例标本的mNGS和传统检测方法结果矛盾。几乎所有的病毒和肺孢子虫都只在mNGS中获得。使用传统检测方法中检测到6种细菌,1种病毒和1种真菌,mNGS检测到11种细菌,1种衣原体,4种真菌和6种病毒。与传统检测方法相比,mNGS在检测病原体方面显示出显着更高的阳性率(33.3%对83.3%,p=0.006),其中mNGS在病毒和真菌的检出方面阳性率显著升高,病毒(5.6%vs 38.9%,p=0.041),真菌(11.1%vs 50.0%,p=0.027)。但在细菌的检出方面则无显著差异(27.8%vs50.0%,p=0.305)。结论:对于自身免疫性疾病合并重症肺炎的患者来说,mNGS鉴定肺泡灌洗液中特殊病原体如衣原体以及真菌和病毒方面具有独特的优势。
【学位单位】：浙江大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R593.2;R563.1
【部分图文】：

法与ｍＮＧＳ结果矛盾，其中传统检测方法检出金黄色葡萄球菌以及患者咽拭子的??甲型流感核酸阳性，而ｍＮＧＳ仅鉴定出金黄色葡萄球菌，而未能鉴定出甲型流感??病毒，可能与病毒的衣壳较难裂解相关（图１）。??表２所有患者的ｍＮＧＳ和传统检测方法结果??ｉＳ？?传统检测方法?ｍＮＧＳ?序列数??华大－１?白色念珠菌?耶氏肺孢子虫￣￣４?Ｓ??华大－２?阴性?肺炎克雷伯菌?５?低??华大－３?白色念珠菌?ＥＢ病毒?８７９?高??大肠埃希菌?巨细胞病毒?９?低??耶氏肺孢子虫?１６３５?高??白色念珠菌?３２３?中??光滑念珠菌?１８?低??华大－４?阴性?流感嗜血杆菌?２９?低??ＥＢ病毒?８０?低??耶氏肺孢子虫?９５?低??华大－５?肺炎克雷伯菌?肺炎克雷伯菌?１３?低??鲍曼不动杆菌?５７?低??铜绿假单胞菌?１３?低??ＨＳＶ１?１２３０６?高??华大－６?阴性?ＶＺＶ?１１０９２?高??８??
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本文编号：2865437