维生素D受体基因单核苷酸多态性与系统性硬皮病的相关性研究

发布时间：2020-11-10 22:56

　　 目的:本研究主要是探讨维生素D受体(Vitamin D Receptor,VDR)基因单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)与中国汉族人群系统性硬皮病(Systemic Sclerosis,SSc)发病和临床症状之间的关联。方法:采用病例对照研究方法,收集2013年10月至2018年10月期间来自于安徽医科大学第一附属医院和中国科学技术大学第一附属医院(安徽省立医院)风湿免疫科的门诊和住院部新诊断的符合1980年美国风湿病学会SSc诊断标准的SSc患者。同时按照频数匹配的原则,收集来自于安徽医科大学第一附属医院健康体检中心的100名无关联的健康志愿者作为对照组;根据HapMap数据库和NCBI基因数据库选取了VDR基因的8个SNP位点rs731236[TaqI]、rs2228570[FokI]、rs7975232[ApaI]、rs1544410[BsmI]和rs11574010[Cdx2]、rs739837[BglI]、rs757343[Tru 9I]以及rs11168267,采用经过改进的多重连接酶检测技术(iMLDR)对这些位点进行基因分型;并分析各位点的基因型和等位基因频率在病例组和对照组中的分布是否存在差异,同时构建4种(包括显性、隐性、超显性和纯合子模型)遗传模型来对以上的SNP位点在病例与对照组之间的分布情况进行比较;另外,对这些位点也进行了连锁不平衡(LD)检测和单倍型分析;最后,分析它们与SSc患者临床特征和实验室指标之间的关系。结果:SSc患者的平均年龄48.63±12.55岁,病程为0.5~10年。其中男性12例,占12.0%,女性88例,占88.0%;纳入100例健康对照者,平均年龄为47.47±10.41岁,其中男性19例,占91.0%,女性81例,占81.0%。两组人群的年龄和性别之间差异均无统计学意义(P均大于0.05)。在对照组中进行的HWE遗传平衡检验结果显示在以上8个位点中均符合遗传平衡定律(P0.05)。对VDR基因进行的基因型分析结果显示,ApaI(rs7975232)位点的CA基因型频率和BglI(rs739837)位点的GT基因型频率在实验组和对照组中的分布均存在着统计学差异(前者为χ~2=6.624,P=0.010;后者为χ~2=5.132,P=0.023),但是经Bonferroni法校正后两者均不具有统计学意义(P0.00625)。但在其他位点上,却未发现它们的基因型分布在病例组和对照组中存在差异(P均大于0.05)。遗传模型分析结果显示ApaI的显性模型(χ2=4.191,P=0.041,OR[95%CI]=1.799[1.025,3.156])和超显性模型(χ2=8.414,P=0.004,OR[95%CI]=2.339[1.317,4.154])以及BglI(rs739837)的显性模型(χ~2=4.191,P=0.041,OR[95%CI]=0.556[0.317,0.975])在病例组与对照组之间均存在统计学差异,然而经过Bonferroni法校正后,差异不再具有统计学意义(P均大于0.00625)。同样,Tru9I的超显性模型(χ~2=4.543,P=0.033,OR[95%CI]=0.523(0.288,0.949))在两组人群中也存在着差异,但是经过Bonferroni法校正后,差异也不再具有统计学意义(P大于0.00625)。而BglI的超显性模型(χ~2=8.414,P=0.004,OR[95%CI]=0.427[0.241,0.759])在这两组人群中却存在着差异,并且经过Bonferroni法校正后,两者之间的差异仍然存在(P=0.0040.00625)。连锁不平衡分析显示rs739837和rs7975232(r~2=1.0,D'=1.0),rs757343和rs11168267(r~2=0.926,D'=0.969)之间存在高度LD,但是对它们构建的几种单倍型分析却未发现存在统计学差异(P0.05)。临床特征关联分析显示这8个位点的基因型频率及等位基因频率在SSc患者合并临床特征组和SSc未合并临床特征组间的分布均不存在统计学意义(P值均大于0.05)。结论:1、VDR基因的ApaI(rs7975232)和BglI(rs739837)位点的超显性模型可能与SSc的易感性存在关联,而另外6个位点的基因多态性可能与中国汉族SSc的发病之间不存在统计学关联。2、VDR基因的这8个位点多态性与SSc患者临床表现之间可能并不存在关联。
【学位单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R593.25
【部分图文】：

安徽医科大学硕士学位论文 基因分型.1实验原理imLDR 技术是一种经过改进的新型多重 SNP 分型技术，它是上海天昊生物在基于传统的连接酶反应基础上，经过完善和修饰后产生的一种具有较高准和分型率的一种实验技术，目前已被广泛应用到很多种基因的分型中。如图示。与传统的 PCR 分型技术相比，该分型技术大大提高了基因分型的准确性型率，准确性已经超过 98%，明显提高了实验的成功率。

HapMap 数据库中的中国汉族北京人群的结果基本类似（如图 2）；而且我们又随机从病例组和对照组中各随机抽取了一例标本进行了电泳，结果也显示本次实验的分型结果较可靠（如图 3 和图 4）。在对照组中进行的 HWE 遗传平衡检验结果显示在以上 8个位点中均符合遗传平衡定律（P > 0.05）。

图 3 病例 T14 电泳峰型图Figure 3 The electrophoresis peak pattern of number T14 case图 4 对照 C65 电泳峰型图Figure 4 The electrophoresis peak pattern of number C65 conrol3.3 VDR 基因各位点多态性与 SSc 患者遗传易感性分析
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本文编号：2878424