肠道菌群与高脂血症相关性研究
发布时间：2021-07-04 05:55
研究目的收集2015年1月-10月中央民族大学校医院慢性病体检人员的临床生化检测信息和粪便生物样本,采用二代测序技术检测粪便样本中肠道菌群ASV（arnplicon sequence variant）的丰度,通过倾向性评分匹配法控制性别、年龄、高血压、糖尿病等混杂因素的影响,筛选出高脂血症与非高脂血症人群的差异ASV,再利用WGCNA及概率图模型（贝叶斯网络）模拟差异ASV与高脂血症的因果作用关系,为核心菌群预防与治疗高脂血症提供科学依据。研究方法菌群测序与结构分析提取各粪便样本肠道菌群总DNA,根据细菌V3-V4区设计引物（上游引物为5’-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3’,下游引物为5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’）,扩增16S rRNA基因,在illumina Hiseq2500平台上进行高通量测序,生成FASTQ格式的下机数据。运用R软件DADA2包过滤,去重复,嵌合体识别和合并双端读取,完成物种注释;用R软件vegan包分析a多样性、β多样性,初步探索两组样品间的菌群结构差异。差异筛选与富集分析为了控制混杂因素对实验结果的影响,运用R软件Matc...
【文章来源】：中央民族大学北京市 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１?Ｍ０１、Ｍ０２正反向序列质量图??１３??
１．２序列过滤、裁剪及了解错误率??如图２－１所示：正反向质量读取都很好，所以正反向都从２４０截断（ｔｒｕｎｃｌｅａｎ＝ｃ?（２４０，??２４０），过滤时，除去低于２质量的序列，２即为过滤最低质量的阈值。过滤序列后，利用??ＤＡＤＡ２算法建立参数误差模型（ｅｒｒ），每个扩增子数据集都有不同的错误率。该ｌｅａｍＥｎｗｓ??方法通过交替估计错误率和样本组成的推断来从数据中学习该错误模型，直到它们收敛于??共同一致的解决方案。正反向错误率图显示了每个可能转换（Ａ—Ｃ，?Ａ—Ｇ，?．．．）的错误率。??图中点表示观察的得到的错误率。黑线表示机器学习算法收敛后的估计误差率。红线表示??在Ｑ－ｓｃｏｒｅ的名义定义下预期的错误率。估计的误差率（黑线）与观察到的错误率（点）拟??合程度高，并且误差率随着预期的质量而下降，这代表检测的序列正确。根据Ｍ０１的正反??向错误率估计图（图２－２）显示：我们检测的序列是正确的，具有高度的可靠性。??Ａ?ｎ??ｎ?，?Ｂ?
２样本人群肠道微生物结构特征??２．１高脂血症组人群肠道微生物结构特征??图２－３显示了?８７份高脂血症粪便样品门水平上的物种相对丰度，共有２３个门（表２－１），??含量最高的四个细菌门是?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ?（４６．７％）、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅ?（４４．２％）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ?（８．０％）??和?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?（０．３％）。??高脂血症粪便样品属水平上共有３６８个属，表２－２显示了高脂血症人群粪便样品共有??１８个相对丰度大于１．０％细菌属，并给出了相对丰度比例。图２－４显示了高脂血症人群粪??便样品属水平上的大于１．０％物种相对丰度，其中含量最高的四个菌属依次为??（３３．３２％）、／Ｖｅｖｏｔｅ／／ａ＿９?（７．６８％）、妨７．ｗｗ?（６．７４％）、Ｆａｅｃａ／沾ａｃ如＊／ｍ?（５．７７％）。??属于拟杆菌门且相对丰度大于１．０％的细菌属有５ａｄｍ；／ｆｉｆｅｉ＇（３３．３２％）、Ｐｒｅｖ（＾／／ｆｉｆ＿９（７．６８°／〇）；??属于放线菌门且相对丰度大于１．０％的细菌属为（６．７４％）；属于厚壁菌门且??相对丰度大于?１．０％?的细菌属有?ｉｆｌｃ／ｗ〇５７？／ｒａ（３．６４％）、／４ｇａ＾？ｏ６ａｃ／ｅｒ（３．４６％）、ｉ？／ａＭ／／ａ（?１．９３％）、??Ｌａｃｈｎｏｃｈａｔｒｉｄｉｕｍ?｛３３９％）等。??１５??
【参考文献】：
期刊论文
[1]饲养方式对苏尼特羊肉挥发性风味成分和脂肪酸组成的影响[J]. 李文博,罗玉龙,刘畅,窦露,赵丽华,苏琳,靳烨. 食品科学. 2019(24)
[2]利用WGCNA进行玉米花期基因共表达模块鉴定[J]. 杨宇昕,桑志勤,许诚,代文双,邹枨. 作物学报. 2019(02)
[3]肠道细菌微生态研究进展[J]. 项春生,李兰娟. 中国基础科学. 2017(02)
[4]中国成人血脂异常防治指南（2016年修订版）[J]. 诸骏仁,高润霖,赵水平,陆国平,赵冬,李建军. 中国循环杂志. 2016(10)
[5]乳酸杆菌与双歧杆菌对高脂血症治疗的相关性研究[J]. 闫志辉,崔立红,王晓辉,贺星,李超,弓三东,罗哲,季梦辰. 解放军医学院学报. 2015(10)
[6]中国儿童青少年血脂异常流行现状Meta分析[J]. 丁文清,董虹孛,米杰. 中华流行病学杂志. 2015 (01)
[7]中西医治疗高脂血症临床研究进展[J]. 余林德,陈占利. 亚太传统医药. 2014(22)
[8]肠道菌群及其生理功能探析[J]. 刘蓉. 致富时代. 2014(03)
[9]肠道短链脂肪酸产生机制及生理功能的研究进展[J]. 刘松珍,张雁,张名位,孙远明,魏振承. 广东农业科学. 2013(11)
[10]高脂血症、高脂饮食与肠道菌群的关系[J]. 李超,崔立红. 世界华人消化杂志. 2013(14)
博士论文
[1]社区高脂饮食人群的肠道菌群分析和干预研究[D]. 钱雷敏.南京医科大学 2018
[2]菌群及巨噬细胞脂质分解在血脂调节中的作用与机制[D]. 钟春燕.第三军医大学 2016
[3]广西巴马长寿老人肠道菌群及其与膳食纤维多糖饮食关联性研究[D]. 王芳.广西大学 2015
[4]人体肠道菌群结构与宿主代谢的相关性研究[D]. 李旻.上海交通大学 2009
硕士论文
[1]基于临床病例的2型糖尿病与肠道核心菌群相关性分析[D]. 林涵.中央民族大学 2017
本文编号：3264177
【文章来源】：中央民族大学北京市 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图２－１?Ｍ０１、Ｍ０２正反向序列质量图??１３??
１．２序列过滤、裁剪及了解错误率??如图２－１所示：正反向质量读取都很好，所以正反向都从２４０截断（ｔｒｕｎｃｌｅａｎ＝ｃ?（２４０，??２４０），过滤时，除去低于２质量的序列，２即为过滤最低质量的阈值。过滤序列后，利用??ＤＡＤＡ２算法建立参数误差模型（ｅｒｒ），每个扩增子数据集都有不同的错误率。该ｌｅａｍＥｎｗｓ??方法通过交替估计错误率和样本组成的推断来从数据中学习该错误模型，直到它们收敛于??共同一致的解决方案。正反向错误率图显示了每个可能转换（Ａ—Ｃ，?Ａ—Ｇ，?．．．）的错误率。??图中点表示观察的得到的错误率。黑线表示机器学习算法收敛后的估计误差率。红线表示??在Ｑ－ｓｃｏｒｅ的名义定义下预期的错误率。估计的误差率（黑线）与观察到的错误率（点）拟??合程度高，并且误差率随着预期的质量而下降，这代表检测的序列正确。根据Ｍ０１的正反??向错误率估计图（图２－２）显示：我们检测的序列是正确的，具有高度的可靠性。??Ａ?ｎ??ｎ?，?Ｂ?
２样本人群肠道微生物结构特征??２．１高脂血症组人群肠道微生物结构特征??图２－３显示了?８７份高脂血症粪便样品门水平上的物种相对丰度，共有２３个门（表２－１），??含量最高的四个细菌门是?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ?（４６．７％）、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅ?（４４．２％）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ?（８．０％）??和?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?（０．３％）。??高脂血症粪便样品属水平上共有３６８个属，表２－２显示了高脂血症人群粪便样品共有??１８个相对丰度大于１．０％细菌属，并给出了相对丰度比例。图２－４显示了高脂血症人群粪??便样品属水平上的大于１．０％物种相对丰度，其中含量最高的四个菌属依次为??（３３．３２％）、／Ｖｅｖｏｔｅ／／ａ＿９?（７．６８％）、妨７．ｗｗ?（６．７４％）、Ｆａｅｃａ／沾ａｃ如＊／ｍ?（５．７７％）。??属于拟杆菌门且相对丰度大于１．０％的细菌属有５ａｄｍ；／ｆｉｆｅｉ＇（３３．３２％）、Ｐｒｅｖ（＾／／ｆｉｆ＿９（７．６８°／〇）；??属于放线菌门且相对丰度大于１．０％的细菌属为（６．７４％）；属于厚壁菌门且??相对丰度大于?１．０％?的细菌属有?ｉｆｌｃ／ｗ〇５７？／ｒａ（３．６４％）、／４ｇａ＾？ｏ６ａｃ／ｅｒ（３．４６％）、ｉ？／ａＭ／／ａ（?１．９３％）、??Ｌａｃｈｎｏｃｈａｔｒｉｄｉｕｍ?｛３３９％）等。??１５??
【参考文献】：
期刊论文
[1]饲养方式对苏尼特羊肉挥发性风味成分和脂肪酸组成的影响[J]. 李文博,罗玉龙,刘畅,窦露,赵丽华,苏琳,靳烨. 食品科学. 2019(24)
[2]利用WGCNA进行玉米花期基因共表达模块鉴定[J]. 杨宇昕,桑志勤,许诚,代文双,邹枨. 作物学报. 2019(02)
[3]肠道细菌微生态研究进展[J]. 项春生,李兰娟. 中国基础科学. 2017(02)
[4]中国成人血脂异常防治指南（2016年修订版）[J]. 诸骏仁,高润霖,赵水平,陆国平,赵冬,李建军. 中国循环杂志. 2016(10)
[5]乳酸杆菌与双歧杆菌对高脂血症治疗的相关性研究[J]. 闫志辉,崔立红,王晓辉,贺星,李超,弓三东,罗哲,季梦辰. 解放军医学院学报. 2015(10)
[6]中国儿童青少年血脂异常流行现状Meta分析[J]. 丁文清,董虹孛,米杰. 中华流行病学杂志. 2015 (01)
[7]中西医治疗高脂血症临床研究进展[J]. 余林德,陈占利. 亚太传统医药. 2014(22)
[8]肠道菌群及其生理功能探析[J]. 刘蓉. 致富时代. 2014(03)
[9]肠道短链脂肪酸产生机制及生理功能的研究进展[J]. 刘松珍,张雁,张名位,孙远明,魏振承. 广东农业科学. 2013(11)
[10]高脂血症、高脂饮食与肠道菌群的关系[J]. 李超,崔立红. 世界华人消化杂志. 2013(14)
博士论文
[1]社区高脂饮食人群的肠道菌群分析和干预研究[D]. 钱雷敏.南京医科大学 2018
[2]菌群及巨噬细胞脂质分解在血脂调节中的作用与机制[D]. 钟春燕.第三军医大学 2016
[3]广西巴马长寿老人肠道菌群及其与膳食纤维多糖饮食关联性研究[D]. 王芳.广西大学 2015
[4]人体肠道菌群结构与宿主代谢的相关性研究[D]. 李旻.上海交通大学 2009
硕士论文
[1]基于临床病例的2型糖尿病与肠道核心菌群相关性分析[D]. 林涵.中央民族大学 2017
本文编号：3264177
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