猕猴miRNA的鉴定及其在SIV感染个体B细胞中的表达谱分析

发布时间：2022-10-03 21:43

　　在HIV感染早期,随着病毒的大量复制,不仅辅助性T细胞数据急剧下降,而且B细胞也出现数量下降和功能损伤。有研究指出,艾滋病毒感染早期B细胞的状态可影响感染后期机体的免疫应答,可见,研究感染早期B细胞的免疫活动对理解机体的免疫保护机制很重要。但目前有关HIV感染早期B细胞的损伤机制并不十分清楚。miRNA是调控细胞生命活动的新层次,因此,从miRNA角度分析有助于为理解B细胞功能受损机制提供线索。考虑到HIV感染早期患者的病例数量极少,使用模型动物为研究提供了便利。SIV感染的猕猴模型具有与HIV-1患者类似的临床表型,是目前研究艾滋病发病机制及其疫苗和药物药效评价的最佳动物模型。鉴于目前有关猕猴miRNA的特征以及有关猕猴miRNA调控SIV复制的研究并不多见,本研究首先运用同源搜索和RNA测序相结合的方法,分析猕猴基因组中保守miRNA的种类和基因分布特征,并对猕猴miRNA与人miRNA进行比较,探索miRNA基因的进化规律。本研究在猕猴中共鉴定了1558条保守miRNA基因,其中1413条在食蟹猴和恒河猴基因组中均保守存在。有1083条和1150条人类miRNA前体序列分别在食蟹... 

【文章页数】：90 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略词表
第一章 绪论
    1.1 艾滋病的现状与治疗瓶颈
    1.2 免疫系统与艾滋病
    1.3 miRNA与艾滋病
    1.4 艾滋病实验动物模型
        1.4.1 SIV感染猕猴实验动物模型
        1.4.2 猕猴miRNA的研究进展
    1.5 本研究的目的与意义
第二章 猕猴miRNA的鉴定与分析
    2.1 引言
    2.2 实验材料与设备
        2.2.1 实验样本
        2.2.2 实验试剂与耗材
        2.2.3 实验仪器设备
    2.3 实验方法
        2.3.1 猕猴外周血的采集
        2.3.2 猕猴RNA的提取
        2.3.3 猕猴小RNA文库的构建
        2.3.4 原始数据处理与比对分析
        2.3.5 猕猴miRNA基因的同源搜索
        2.3.6 猕猴miRNA基因定位分析
        2.3.7 猕猴miRNA相对表达量与进化年龄相关性分析
        2.3.8 miRNA靶基因分析
        2.3.9 统计学分析
    2.4 结果与讨论
        2.4.1 小RNA测序数据的分类注释
        2.4.2 食蟹猴外周血miRNA表达谱分析
        2.4.3 猕猴miRNA基因的同源搜索
        2.4.4 猕猴miRNA基因定位分析
        2.4.5 猕猴miRNA相对表达量与进化年龄的相关性分析
    2.5 本章小结
第三章 SIV感染恒河猴B细胞mi RNA表达谱分析
    3.1 引言
    3.2 实验材料与设备
        3.2.1 实验动物
        3.2.2 实验试剂与耗材
        3.2.3 实验仪器设备
    3.3 实验方法
        3.3.1 SIV感染的中国恒河猴PBMC的采集
        3.3.2 SIV感染的中国恒河猴B细胞分选
        3.3.3 流式细胞术检测B细胞
        3.3.4 SIV感染的中国恒河猴B细胞RNA的提取
        3.3.5 SIV感染的中国恒河猴小RNA文库的构建
        3.3.6 原始数据处理与比对分析
        3.3.7 SIV感染的中国恒河猴B细胞差异表达mi RNA的筛选
        3.3.8 差异表达miRNA靶基因预测与分析
        3.3.9 统计学分析
    3.4 结果与讨论
        3.4.1 SIV感染恒河猴血液指标分析
        3.4.2 B细胞小RNA测序数据的分类注释
        3.4.3 SIV感染后B细胞miRNA表达谱分析
        3.4.4 差异表达miRNA靶基因分析
        3.4.5 差异表达miRNA功能预测
    3.5 本章小结
结论与展望
参考文献
附录
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
附件


【参考文献】：
期刊论文
[1]抗人类免疫缺陷病毒1型广谱中和抗体的研究进展[J]. 张子凌,刘明斌,徐建青,张晓燕.  微生物与感染. 2019(04)
[2]恒河猴增龄过程中miR-16-5p及靶基因在外周血白细胞中的表达变化[J]. 胡婧雯,李艳艳,刘伟,焦丽,杨晶,杨云,和占龙,彭小忠,鲁帅尧.  基础医学与临床. 2019(07)
[3]中老年猕猴单个核细胞miRNA表达差异及其靶基因预测[J]. 朱向情,王强,蔡学敏,李自安,庞荣清,潘兴华.  西南国防医药. 2019(06)
[4]2018年第3季度全国艾滋病性病疫情[J]. NCAIDS,NCSTD,China CDC;.  中国艾滋病性病. 2018(11)
[5]Primate-specific Long Non-coding RNAs and MicroRNAs[J]. Hassaan Mehboob Awan,Abdullah Shah,Farooq Rashid,Ge Shan.  Genomics,Proteomics ＆ Bioinformatics. 2017(03)
[6]HIV感染相关性弥漫大B细胞淋巴瘤患者组织中miRNA表达谱的初步研究[J]. 张琰琰,高波,段月勋,邓刚,杨倩,王霖,吴彭春,张林,孙晶晶,潘云.  中华血液学杂志. 2015 (04)
[7]microRNA在人类免疫缺陷病毒感染中的作用[J]. 王羽欧,桑伟伟,张红胜.  生物技术通讯. 2011(01)
[8]SIVmac感染食蟹猴、恒河猴的外周血血象观察[J]. 佟巍,丛喆,蒋红,吴小闲.  实验动物科学与管理. 2002(04)
[9]获得性免疫缺陷综合征（AIDS）的研究现状[J]. 张希东,宋宝辰,王道河,林会儒.  沂水医专学报. 1983(02)

博士论文
[1]HIV感染者/艾滋病患者microRNAs表达谱分析及其影响HIV感染的机制研究[D]. 杨宗兴.浙江大学 2015
[2]MiR-568抑制人CD4+T淋巴细胞活化的机制研究[D]. 李伟.第四军医大学 2013
[3]HIV感染者外周血γδT细胞表型及功能分析及HIV相关γδT细胞特异性MicroRNAs的筛选[D]. 李珍.北京协和医学院 2012
[4]SIVmac239感染中国恒河猴的研究[D]. 陈颂.北京协和医学院 2008

硕士论文
[1]HIV-1慢性感染者B淋巴细胞表型和功能损伤的研究[D]. 闫静静.复旦大学 2013
[2]HIV-1感染者血浆microRNA分布变化研究[D]. 王宇歌.北京协和医学院 2012



本文编号：3684871