应用蛋白—蛋白相互作用和网络生物学方法研究Ⅱ型糖尿病形成机制

发布时间：2017-06-03 17:04

  本文关键词：应用蛋白—蛋白相互作用和网络生物学方法研究Ⅱ型糖尿病形成机制，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：糖尿病是一种复杂的、多因素影响的以慢性高血糖为特征的代谢异常类疾病,是由于胰岛素分泌量不足或者组织胰岛素抵抗导致的,在西方糖尿病患者中Ⅱ型糖尿病的比例超过了90%。因此本论文采用两种不同的方法对Ⅱ型糖尿病的形成机制进行了比较系统的研究。 第一章,介绍了研究背景和文章中用到的相关网站和工具。 第二章,我们在基因组水平上利用蛋白一蛋白相互作用筛选出了与Ⅱ型糖尿病有联系新的潜在靶标。首先,我们把网上的数据库进行整合得到了一个目前最大最全面的人类蛋白一蛋白数据集。然后从比较毒理基因组学数据库(CTD)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)中搜索研究比较清楚的靶标作为诱饵,在蛋白一蛋白相互作用数据集中寻找潜在的与Ⅱ型糖尿病相关的蛋白质。得到的扩展蛋白进一步与微阵列基因表达量数据处理后的结果进行比对、整合,最后根据网络拓扑理论得到了与4个组织有关的9个新的潜在靶标。 第三章,我们构建了一个综合性的Ⅱ型糖尿病通路图。我们通过文献挖掘和通路整合,利用CellDesigner构建了一个XML格式的综合通路,并且以葡萄糖传输和胰岛素调节在各个器官或组织之间的相互关联为依据完善和加强了各个通路之间的联系。 第四章,对全文进行了总结。
【关键词】：蛋白-蛋白相互作用 综合通路图 Ⅱ型糖尿病 网络生物学
【学位授予单位】：华东理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R587.1
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-9
• 第1章 绪论9-25
• 1.1 系统生物学的研究进展9-13
• 1.1.1 系统生物学的研究内容10-11
• 1.1.2 系统生物学的研究方法11-12
• 1.1.3 计算系统生物学12-13
• 1.2 网络生物学的研究进展13-16
• 1.3 复杂疾病16-19
• 1.4 功能组学和相互作用组学19-21
• 1.4.1 代谢物组学19-20
• 1.4.2 蛋白质组学和相互作用组学20-21
• 1.5 糖尿病的研究现状21-22
• 1.6 计算机辅助药物设计22-23
• 1.7 论文总体安排23-25
• 第2章 蛋白-蛋白相互作用在Ⅱ型糖尿病靶标发现中的应用25-38
• 2.1 引言25-26
• 2.2 实验方法26-31
• 2.2.1 蛋白-蛋白相互作用对(PPIs)数据集26-27
• 2.2.2 靶标基因(Target genes)27-30
• 2.2.3 参考基因(Reference genes)30
• 2.2.4 扩展基因(Extended genes)30-31
• 2.2.5 基因与蛋白的标准化31
• 2.3 实验结果31-36
• 2.3.1 脂肪组织中新的潜在靶标33
• 2.3.2 心血管系统中新的潜在靶标33-34
• 2.3.3 肾上腺中新的潜在靶标34
• 2.3.4 免疫组织中新的潜在靶标34-36
• 2.4 讨论36-37
• 2.5 本章小结37-38
• 第3章 Ⅱ型糖尿病综合通路的构建38-50
• 3.1 引言38-43
• 3.1.1 葡萄糖的运输38-39
• 3.1.2 胰岛素抗性的分子机理和细胞机理39-40
• 3.1.3 计算工具40-42
• 3.1.4 网络模型42-43
• 3.2 实验方法43-44
• 3.2.1 文献挖掘43-44
• 3.2.2 综合通路图的构建44
• 3.3 实验结果44-47
• 3.3.1 肝脏中的通路图45
• 3.3.2 骨骼肌细胞中的通路图45-46
• 3.3.3 胰岛β细胞中的通路图46
• 3.3.4 脂肪组织和肠道细胞中的通路图46
• 3.3.5 通路的联系和综合通路图46-47
• 3.4 讨论47-49
• 3.5 本章小结49-50
• 第4章 全文总结50-51
• 参考文献51-60
• 研究生期间发表的论文60-61
• 致谢61

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 唐惠儒;王玉兰;;代谢组学:一个迅速发展的新兴学科(英文)[J];生物化学与生物物理进展;2006年05期

2 Noemí Eiró;Francisco J Vizoso;;Inflammation and cancer[J];World Journal of Gastrointestinal Surgery;2012年03期

3 Pieter-Jan Verhulst;Inge Depoortere;;Ghrelin's second life:From appetite stimulator to glucose regulator[J];World Journal of Gastroenterology;2012年25期

  本文关键词：应用蛋白—蛋白相互作用和网络生物学方法研究Ⅱ型糖尿病形成机制，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：418697