福建地区水痘—带状疱疹病毒临床分离株基因型分析
发布时间:2019-09-21 06:38
【摘要】:【目的】 从福建地区水痘和带状疱疹患者中分离水痘-带状疱疹病毒(VZV),鉴别其野毒株或疫苗株属性,并分析野毒株的基因型。 【方法】 1、将病人的水疱液直接接种于单层人胚肺纤维母细胞系MRC-5细胞,传代1~3次。待病毒感染细胞出现特征性细胞病变(CPE)后,制备细胞悬液涂片并以VZV即刻早期蛋白62(IE62)单克隆抗体做免疫组化染色以鉴定VZV临床分离株。 2、提取VZV基因组DNA,以高保真PCR扩增ORF21、ORF22和ORF62基因片段。分别以限制性内切酶Sma、BssH II和Nae I酶切ORF62的PCR产物,并与VZV野毒株(pOka)和疫苗株(vOka)ORF62PCR产物的酶切图谱比较以鉴别VZV临床分离株为野毒株或疫苗株。 3、将ORF21和ORF22的PCR产物测序后与日本参考株vOka以及基因库中Dumas、11.8、DR、CA123等参考株比对以确定福建地区VZV野毒株的基因型。 【结果】 1、从69例水痘和带状疱疹病人中成功分离44株VZV临床分离株,分离阳性率63.8%。 2、44株VZV临床分离株ORF62的PCR产物均不被Sma、BssH II或Nae I酶切,酶切图谱为Sma-BssH II-Nae I-,与野毒株pOka一致。 3、44株VZV临床分离株ORF21中33725和33728,ORF22中37902、38055、38081和38177等6个单核苷酸多态性(SNPs)位点的碱基序列与日本参考株vOka一致。 【结论】 1、福建地区44株VZV临床分离株均为野毒株。 2、福建地区44株VZV野毒株基因型与日本、朝鲜、蒙古和中国其它地区临床分离株相同,均为J型,对应于国际通用基因分型方案中进化枝2。
【图文】:
水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus, VZV)又称人类疱疹病毒 3 型(HHV-3),由 Weller 等于 1952 年通过细胞培养获得[ 1 ],是水痘和带状疱疹的病原体,属人类疱疹病毒 α 亚科。VZV 颗粒呈砖形,直径 150 ~ 200nm,有立体对称的衣壳,外包以类脂和蛋白质组成的球状囊膜,在细胞核内繁殖。VZV 即刻早期蛋白 62(immediate early 62,IE62)是病毒皮层的主要成分,具有高度免疫原性,可激活几乎所有 VZV 基因的启动子,或使其自身基因的转录静止,也可调节其自身在细胞核中的浓度。1.2 VZV 的基因结构及变异:VZV 是最早完整测序的人类疱疹病毒。1986 年 Davison 等[ 2 ]用 M13 双脱氧核苷酸技术测定了 VZV Dumas 株的全基因组序列。VZV 基因组由线性双链 DNA 分子组成,长约 124,884bp,由共价连接的长片段(L)和短片段(S)组成,长片断(UL)长约 10,500bp,两端有小片段反向重复序列(TRL 和 IRL),短片断(US)长约 5,232bp,两端有大片断反向重复序列(TRS 和 IRS)。因此,VZV 基因组的结构模式为 5'TRL-UL-IRL-IRS-US-TRL3'[ 3 ](图 1)。
图 2 VZV 基因型命名法[ 3 ](2008 年 7 月 25 日在英国伦敦举行的 VZV 命名专题会议推荐。主要的 VZV 群命名为进化枝;命名体系中不包含地理含义;已建立的进化枝用阿拉伯数字表示,,临时进化枝用罗马数字表示。化枝 2 和 5 只有一株参考株,临时进化枝 VI 和 VII 尚无参考株。)由上述VZV基因分型方案可见,既往各实验室根据病毒各基因SNPs或SNPs组合分析VZV基因型,因分型所依据的基因不同导致VZV基因型命名不统一,不利于相互交流为解决不同基因分型命名方案引起的混淆,2008年在英国伦敦举行的VZV基因型命名题会议上规范了VZV分型方案和基因型命名规则,即根据VZV全基因组序列差异将其为五个进化枝(即进化枝1、2、3、4和5)和两个临时进化枝(进化枝VI和VII)[ 3 ]。利用测序技术分析ORF22联合ORF21或ORF50的SNPs,可区分出五个主要基因型(E1J、E2、M2和M1)和两个次要基因型(M4和M3),并分别对应于VZV基因型通用名中的进化枝1、2、3、4、5、VI和VII[ 3, 33 ]。且规范后的通用VZV基因分型方案与旧方案
【学位授予单位】:福建医科大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2012
【分类号】:R752.12
本文编号:2539211
【图文】:
水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus, VZV)又称人类疱疹病毒 3 型(HHV-3),由 Weller 等于 1952 年通过细胞培养获得[ 1 ],是水痘和带状疱疹的病原体,属人类疱疹病毒 α 亚科。VZV 颗粒呈砖形,直径 150 ~ 200nm,有立体对称的衣壳,外包以类脂和蛋白质组成的球状囊膜,在细胞核内繁殖。VZV 即刻早期蛋白 62(immediate early 62,IE62)是病毒皮层的主要成分,具有高度免疫原性,可激活几乎所有 VZV 基因的启动子,或使其自身基因的转录静止,也可调节其自身在细胞核中的浓度。1.2 VZV 的基因结构及变异:VZV 是最早完整测序的人类疱疹病毒。1986 年 Davison 等[ 2 ]用 M13 双脱氧核苷酸技术测定了 VZV Dumas 株的全基因组序列。VZV 基因组由线性双链 DNA 分子组成,长约 124,884bp,由共价连接的长片段(L)和短片段(S)组成,长片断(UL)长约 10,500bp,两端有小片段反向重复序列(TRL 和 IRL),短片断(US)长约 5,232bp,两端有大片断反向重复序列(TRS 和 IRS)。因此,VZV 基因组的结构模式为 5'TRL-UL-IRL-IRS-US-TRL3'[ 3 ](图 1)。
图 2 VZV 基因型命名法[ 3 ](2008 年 7 月 25 日在英国伦敦举行的 VZV 命名专题会议推荐。主要的 VZV 群命名为进化枝;命名体系中不包含地理含义;已建立的进化枝用阿拉伯数字表示,,临时进化枝用罗马数字表示。化枝 2 和 5 只有一株参考株,临时进化枝 VI 和 VII 尚无参考株。)由上述VZV基因分型方案可见,既往各实验室根据病毒各基因SNPs或SNPs组合分析VZV基因型,因分型所依据的基因不同导致VZV基因型命名不统一,不利于相互交流为解决不同基因分型命名方案引起的混淆,2008年在英国伦敦举行的VZV基因型命名题会议上规范了VZV分型方案和基因型命名规则,即根据VZV全基因组序列差异将其为五个进化枝(即进化枝1、2、3、4和5)和两个临时进化枝(进化枝VI和VII)[ 3 ]。利用测序技术分析ORF22联合ORF21或ORF50的SNPs,可区分出五个主要基因型(E1J、E2、M2和M1)和两个次要基因型(M4和M3),并分别对应于VZV基因型通用名中的进化枝1、2、3、4、5、VI和VII[ 3, 33 ]。且规范后的通用VZV基因分型方案与旧方案
【学位授予单位】:福建医科大学
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2012
【分类号】:R752.12
【参考文献】
相关期刊论文 前2条
1 杜艳;蒋露芳;张莉萍;倪政;金宝芳;;上海市闵行区29起水痘爆发疫情分析及水痘-带状疱疹病毒流行株基因分型研究[J];中国疫苗和免疫;2009年04期
2 杨吉星;居丽雯;施强;李峰;吕锡宏;蒋露芳;;上海地区水痘带状疱疹病毒基因型研究[J];中国卫生检验杂志;2008年02期
本文编号:2539211
本文链接:https://www.wllwen.com/yixuelunwen/pifb/2539211.html
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