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特应性皮炎患者血浆中差异表达miRNA的筛选研究

发布时间:2020-07-16 10:49
【摘要】:背景与目的: miRNA(microRNA)是一类长度为20~25个核苷酸的非编码小分子RNA,通过影响其靶基因的稳定性或抑制其翻译转录水平来调控细胞的分化、增殖和凋亡。目前现有的研究资料已证明miRNA在某些皮肤病的发生、发展起着重要作用,但是对其在特应性皮炎发病机制中所起作用的研究很少。本课题采用Exiqon公司的miRCURYLNATM芯片技术筛选特应性皮炎(Atopic dermatitis,AD)患者和正常人血浆差异表达的miRNA;然后通过RT-qPCR验证芯片检测结果的准确性,寻找与AD相关的血浆中特异性miRNA,冀望作为AD疾病诊断的标志物,研究结果为探明miRNAs调控特应性皮炎发生的机制,及今后研究其临床诊断、病情评估、治疗评价提供理论指导和实验依据。 材料与方法: 收集9例AD患者及6例正常人外周静脉血5ml,无酶污染条件下提取总RNA,利用Exiqon公司的miRCUPY LNATM基因芯片对血浆中的miRNA进行筛查、分析。对特应性皮炎中的差异表达miRNA进行筛选,初步建立特应性皮炎患者miRNA异常表达谱,找出明显上调或下调表达的miRNA进行进一步的PCR验证和分析。 结果: 1.在特应性皮炎患者血浆中筛选出上调表达的miRNA基因105个,下调表达的miRNA基因225个。 2.其中Fold chang上调大于2倍的为61个,上调大于3倍小于5倍为17个,上调大于5倍的为5个; Fold chang下调小于0.5倍的为170个(P<0.05)。 结论: 1.初步建立特应性皮炎患者血浆中的miRNA基因的异常表达谱,与正常健康人比较,初步筛选出61个上调表达的miRNA基因和170个下调表达的miRNA基因。 2.通过查阅文献结合本研究实验,最后选取在特应性皮炎血浆中显著性差异表达的miR-142-5p、miR-1237-3p和miR-4275、miR-5047进行后续RT-qPCR验证、分析。
【学位授予单位】:泸州医学院
【学位级别】:硕士
【学位授予年份】:2013
【分类号】:R751
【图文】:

电泳图,电泳图,样品,质量


样品 1、2 的电泳图RNA electrophoresis of example1 anp ND-1000 验证的 RNA 质量与数量报告单le 1 sample quality control data260/230atioConc(ng/μl)Volum(μl)Quantity(ng)QCpas.65 40.35 10 403.50 pas.76 49.13 10 490.31 pas.84 41.07 10 410.70 pas.70 64.45 10 644.50 pas.65 32.66 10 326.60 pas.76 46.66 10 466.60 pas.68 47.28 10 472.80 pas

箱线图,修正值


45a1 1.78 1.77 43.28 10 432.80 pass47a1 1.82 1.81 45.09 10 450.90 pass2 miRNA 的数据分析首先我们选取一批次实验中在每张芯片上修正值都>=30 的非control 探针做标准化,以这部分探针中值(median)作为标准化因子对整张芯片的点做标准化处理,即各个 miRNA 修正值/median=Normalized Data(标准值)。

散点图,散点图,样品,样本


23图 3 样品散点图Fig 3 scatter-plots备注:scatter plot 以图形方式,表明了 2 样本之间 miRNA 表达差别。2 样本差异越大,其散点图距离 X=Y 这条直线越远,分散程度越大。

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