EFEMP1 rs3791679单核苷酸多态性与脑胶质瘤易感性的关联性研究

发布时间：2018-07-17 15:31

【摘要】：目的：脑胶质瘤约占全部恶性脑肿瘤的80%,大部分胶质瘤在确诊后平均生存期只有14个月,虽然经标准化的手术治疗、放射治疗及化疗,只有极少部分患者生存期超过5年。胶质瘤的患病的危险因子包括环境因子、生活方式、职业、电离辐射、手机、吸烟及饮食等,到目前为止,胶质瘤的病因尚不明确。然而,暴露于电离辐射或导致胶质瘤形成的其他危险因子下,并非所有的个体均发生胶质瘤,表明遗传因子可能有助于胶质瘤的形成。越来越多的证据表明,遗传因子在胶质瘤的发生发展中发挥重要作用,如EFEMP1是位于2号染色体上编码细胞外基质的纤维蛋白家族成员,一般表现抑癌和致癌两种功能。在胶质瘤中,EFEMP1通过调节EGFR和AKT通路抑制或通过Notch途径促进胶质瘤生长。但是,到目前为止,只有一个研究报道EFEMP1单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与胶质瘤患病风险的关联研究,因此,本研究拟采用PCR-FRLP方法,检测EFEMP1基因中四个常见SNPs(rs379-1679,rs1346786,rs1344733和rs727878)与胶质瘤患病风险的关联。本研究拟采用病例对照研究,收集病例组159例病理确诊为胶质瘤患者作为病例和364名在我院同期门诊或健康体检的病人作为对照。方法：1.对于EFEMP1基因研究中：病例组为159例汉族脑胶质瘤患者静脉血液样本；对照组为364例无胶质瘤及无各种原因接受过放射治疗和/或化疗药物治疗的病史的同期门诊或体检患者静脉血液样本,脑胶质瘤患病危险因素选择性别、年龄、饮酒、吸烟、肿瘤家族史因素等。所有病例均来自南方医院,住院时间从2012年7月至2014年6月。2.采用病例-对照研究方法,用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检钡EFEMP1四个常见SNPs(rs3791679,rs1346786,rs1344733和rs727878)位点基因型。病例组和对照组的人口统计学和临床特征用均数±标准差或频率和百分比表示,群体之间的差异用t检验和卡方检验(χ2)。利用卡方检验分析对照组rs3791679、rs1346786、rs1344733和rs727878基因型和等位基因频率,以评估基因型和等位基因频率的Hardy-Weinberg平衡。将rs3791679,rs1346786,rsl344733和rs727878四个位点主要纯合子基因型作为参照,非条件单因素logistic回归分析估计比值比(OR)及其95%可信区间(CI)分析四个SNPs与脑胶质瘤患病风险间的关联,用多因素logistic回归分析基因多态性与与胶质瘤患病环境因子的关联,P值0.05表示有显著统计学意义。3结果1、病例组对照组的临床资料学特征病例组和对照组的平均年57.32±11.70和55.14±12.10,两组在年龄和性别上完全匹配,无统计学差异。病例组和对照组间饮酒、吸烟、肿瘤家族史等危险因子无统计学意义。病理分型显示,Ⅳ级(胶质母细胞瘤,GBM)52例(38.7%,52/159)；星形细胞瘤；少突胶质细胞和混合胶质瘤107例(67.3%,107/159)。WHO Ⅲ-Ⅳ级胶质瘤93(58.49%,93/159),WHO Ⅰ-Ⅱ级胶质瘤66例(41.51%,107/159)2、脑胶质瘤组与对照组中4个SNPs的分布特点及与胶质瘤患病风险的关联EFEMP1基因中四个常见SNPs(rs3791679,rs1346786,rs1344733和rs727878)被选为标签SNPs,在对照组中,rs3791679,rs1346786,rs1344733及rs727878四个SNPs位点的基因型频率分布进行Hardy—Weinberg平衡吻合度检验,p值分别为0.94,0.83,0.79,0.66,结果显示各基因型的分布频率符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),说明人群具有代表性。病例/对照组中各位点少见等位基因分布频率分别为rs3791679 A=40.6/31.9、rs1346786 G=44/41.5、rs1344733 G=41.7/39.8、rs727878 G=43.4/41.2。四个位点基因频变和基因分型及与胶质瘤患病的关联在rs3791679位点,病例组A和G等位基因频率为40.6%和59.4%,而对照组分别为31.9%和68.1%。病例组中GA基因型频率(45.9%)高于对照组中的频率(42.3%),病例组中AA基因型频率(17.6%)高于对照组中的频率(10.7%),统计学上差异有显著性,P值为0.006。单因素非条件Logistic回归分析提示,与GG基因型相比,携带AA基因型(P=0.01：OR=2.13,95%CI=1.15-3.90)或GA+AA基因型(P=0.02,OR=1.15,95%CI=1.04-2.32)能显著增加胶质瘤的患病风险,而GA基因型(P=0.11,OR=1.41,95% CI=0.92-2.16),增加胶质瘤的患病风险不显著：在rs1346786位点,病例组A和G等位基因频率为56.0%和44.0%,而对照组分别为58.5%和41.5%。对照组和胶质瘤组中AA、AG和GG基因型分别占35.5%、46.2%、1 8.4%和32.1%、47.8%、20.1%,两组间基因型分布差异无显著性(P=0.76)。单因素非条件Logistic回归分析提示,与AA基因型相比,AG基因型(P=0.56：OR=1.14,95% CI=0.73-1.78)、GG基因型(P=0.50,OR=1.20,95 %CI=0.68-2.10)或AG+GG基因型(P=0.48,OR=1.15,95%CI=0.76-1.75),增加胶质瘤的患病风险不显著；在rs1344733位点,病例组A和G等位基因频率为58.3%和41.7%,而对照组分别为60.2%和39.8%。对照组和胶质瘤组中AA、AG和GG基因型分别占37.4%、45.6%、17.0%和34.6%、47.2%、18.2%,两组间基因型分布差异无显著性(P=0.83)。单因素非条件Logistic回归分析提示,与AA基因型相比,AG基因型(P=0.60,OR=1.18：95%CI=0.72-1.73)、GG基因型(P=0.60,OR=1.16,95%CI=0.65-2.05)或AG+GG基因型(P=0.54：OR=1.12,95%CI=0.75-1.70),增加胶质瘤的患病风险不显著；在rs727878位点,病例组A和G等位基因频率为58.3%和41.7%,而对照组分别为58.8%和31.2%。对照组和胶质瘤组中AA、AG和GG基因型分别占36.3%、45.1%、17%和33.3%、46.6%、20.1%,两组间基因型分布差异无显著性(P=0.80),单因素非条件Logistic回归分析提示,与AA基因型相比,AG基因型(P=0.59：OR=1.12,95%CI=0.72-1.75)、GG基因型(P=0.56,OR=1.17,95%CI=0.67-2.05)或或AG+GG基因型(P=0.52,OR=1.14,95%CI=0.76-1.70),增加胶质瘤的患病风险不显著。3、EFEMP1rs3791679与胶质瘤患病危险因子间的关联(1)吸烟与胶质瘤易感性分析胶质瘤组不吸烟患者GG、GA+AA分别为38、62,对照组不吸烟患者GG、GA+AA分别为112、126；胶质瘤组吸烟患者GG、GA+AA分别为20、39,对照组吸烟患者GG、GA+AA分别为59、67,两组间条件Logistic回归分析,不吸烟(p=0.13,OR=1.45,95%CI=0.88-2.42)与吸烟(p=0.08,OR=1.77,95%CI=0.89-3.57),GG、GA+AA基因型吸烟与否均不增加胶质瘤的患病风险。(2)饮酒与胶质瘤易感性分析胶质瘤组不饮酒患者GG、GA+AA分别为37、64,对照组不饮酒患者GG、GA+AA分别为114、133；胶质瘤组饮酒患者GG、GA+AA分别为21、37,对照组饮酒患者GG、GA+AA分别为57、60,两组间条件Logistic回归分析,不饮酒(p=0.1,OR=1.48,95%CI=0.90-2.46)与饮酒(p=0.09,OR=1.73,95%CI=0.87-3.50),GG、GA+AA基因型饮酒与否均不增加胶质瘤的患病风险。(3)肿瘤家族史与胶质瘤易感性分析胶质瘤组无肿瘤家族史患者GG、GA+AA分别为59、90,对照组无肿瘤家族史患者GG、GA+AA分别为159、185；胶质瘤组肿瘤家族史患者GG、GA+AA分别为3、11,对照组肿瘤家族史患者GG、GA+AA分别为12、8,两组间条件Logistic回归分析,无肿瘤家族史(p=0.09,OR=1.41,95%CI=0.93-2.14)与有肿瘤家族史(p=0.01,OR=6.81,95%CI=1.17-48.06),说明携带GG、GA+AA基因型个体,有肿瘤家族史增加胶质瘤的患病风险。4、结论我们的研究表明,在中国汉族人群中,EFEMP1 rs3791679多态性与脑胶质瘤患病风险有关：携带GG、GA+AA基因型且有肿瘤家族史明显增加胶质瘤的患病风险(p=0.01,or=6.81,95%CI=1.17-48.06),而吸烟及饮酒不增加胶质瘤的患病风险。
[Abstract]:Objective : To investigate the association between the risk factors including environmental factors , lifestyle , occupation , ionizing radiation , cell phone , smoking and cancer .
In the control group , four SNPs ( rs3791679 , rs1346786 , rs1344733 and rs727878 ) were analyzed by using polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism ( PCR - RFLP ) .
Astroglioma ;
There were 107 cases ( 67.3 % , 107 / 159 ) of microglia and glioma . In the control group , the frequencies of genotype frequencies of rs3791679 , rs1346786 , rs1344733 and rs727878 were significantly higher than those in the control group ( P = 0.02 , OR = 1.15 , 95 % CI = 1.04 - 2.32 ) . There was no significant difference between AG and GG genotype ( P = 0 . 56 : OR = 1.14 , 95 % CI = 0.73 - 1.78 ) , GG genotype ( P = 0 . 50 , OR = 1.20 , 95 % CI = 0.76 - 1.75 ) .
The frequencies of AA , AG and GG in the control group and glioma group were 37.4 % , 45.6 % , 17.0 % and 38.6 % , 47.2 % and 18.2 % , respectively .
There was no significant difference in genotype distribution between the two groups ( P = 0.59 : OR = 1.12 , 95 % CI = 0.72 - 1.75 ) , GG genotype ( P = 0.56 , OR = 1.17 , 95 % CI = 0.67 - 2.05 ) or AG + GG genotype ( P = 0.52 , OR = 1.14 , 95 % CI = 0.76 - 1.70 ) .
GG and GA + AA in patients with smoking in glioma group were 20,39 respectively . The results showed that GG , GA + AA in the control group were 59 , 67 , OR = 1.45 , 95 % CI = 0.88 - 2.42 ) and smoking ( p = 0.08 , OR = 1.77 , 95 % CI = 0.89 - 3.57 ) .
GG , GA + AA in patients with glioma group were 21 , 37 and control group respectively , GG and GA + AA were 57 and 60 respectively . There was no increase in the risk of glioma . ( 3 ) GG , GA + AA genotype of GG and GA + AA in glioma group were 59 , 90 respectively .
The results showed that the polymorphism of EFEMP1 rs3791679 was associated with the risk of glioma disease ( p = 0.01 , OR = 6.81 , 95 % CI = 1.17 - 48.06 ) , while smoking and alcohol consumption did not increase the risk of glioma .
【学位授予单位】：南方医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R739.41

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