MiR-17-92基因簇及其部分miRNAs在椎管内神经鞘瘤中的表达和生物信息学分析

发布时间：2020-03-29 23:09

【摘要】：背景:椎管内神经鞘瘤(interspinal Schwannoma,IS)是椎管内脊髓外的良性肿瘤,发生机制不明。研究表明microRNA(miRNA)能结合其下游靶基因的mRNA调控基因表达,亦能被其上游转录因子(transcriptionfactors,TFs)所调节。Hsa-miR-17-92基因簇是多顺反子miRNA基因簇,编码miR-17、miR-18a、miR-19a、miR-19b、miR-20a和miR-92a,参与多种生物过程,但是其在IS中的表达、作用和可能的调控通路尚不明确。目的:初步探究IS和下肢神经(lower extremity nerve,LN)中miR-17-92基因簇及其编码的 7 个miRNAs(miR-17-5p、miR-17-3p、miR-18a-5p、miR-19a-3p、miR-19b-3p、miR-20a-5p 和 miR-92a-3p)的表达,构建 miR-17-5p、miR-18a-5p、miR-20a-5p 和 miR-92a-3p 的 TFs-miRNA-mRNAs 网络,同时分析其预测的下游靶基因的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interactions,PPIs)、基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路。方法.:无菌收集20例IS和10例LN标本,RT-qPCR检测miR-17-92基因簇及其编码的 7 个 miRNAs(miR-17-5p、miR-17-3p、miR-18a-5p、miR-19a-3p、miR-19b-3p、miR-20a-5p 和 miR-92a-3p)的表达。miRBase、PROMO 和 Targetscan预测 miR-17-5p、miR-18a-5p、miR-20a-5p 和 miR-92a-3p 的上游 TFs 和下游靶基因,STRING v1O 分析 PPIs,Cytoscape 软件构建 TFs-miRNA-mRNAs 网络,ClusterProfiler R 和 KOBAS3.0 软件分析 GO 和 KEGG 通路。结果:相较于LN,除miR-17-3p(P=8.664E-02)外,miR-17-92基因簇和其余的6个miRNAs在IS中均低表达(P0.05),尤其是miR-18a-5p及miR-20a-3p。多条TFs-miRNAs-mRNAs网络得以构建,GO显示靶基因多富集于神经元和突起内含氮复合物代谢的正向调节过程,涉及丝/苏氨酸蛋白激酶和TFs活性等方面。KEGG通路显示多个靶基因参与轴突导向(axonguidance,AG)调控。结论:根据本实验结果可认为①miR-17-92基因簇参与IS的发生可能是由其编码的 miR-17-5p、miR-18a-5p、miR-19a-3p、miR-19b-3p、miR-20a-5p 和 miR-92a-3p所介导;②miR-17-3p可能不参与IS发生,或者不是IS发生的主要因素;③miR-17-3p、miR-18a-5p、miR-20a-5p 和 miR-92a-3p 及其各自形成的 TFs-miRNA-mRNAs网络能通过包括丝/苏氨酸蛋白激酶信号通路参与突触导向过程,可为IS的诊治提供重要的研究方向和潜在的靶点。
【图文】：

椎管内神经鞘瘤

２．１．２实验标本处理逡逑无菌条件下收集ＩＳ和ＬＮ，剔除ＩＳ包膜和ＬＮ表面结缔组织，，标本标记后逡逑立即至于液氮灌中，待本院病理（图２．１）证实后进行后续实验。本研究经厦门逡逑大学附属福州第二医院伦理委员会的批准，患者或法定监护人签署知情同意书。逡逑图２．１椎管内神经鞘瘤及术后病理逡逑Ｆｉｇ．２．１邋Ｉｎｔｅｒｓｐｉｎａｌ邋ｓｃｈｗａｎｎｏｍａ邋ａｎｄ邋ｐｏｓｔ－ｏｐｅｒａｔｉｏｎ邋ｐａｔｈｏｌｏｇｙ逡逑４逡逑

完整性

图３．１－２邋１％琼脂糖凝胶电泳检测ＲＮＡ完整性逡逑Ｆｉｇ．邋３．１－２邋Ｉｎｔｅｇｒｉｔｙ邋ｏｆ邋ＲＮＡ邋ｄｅｔｅｃｔｅｄ邋ｂｙ邋１％邋ａｇａｒｏｓｅ邋ｇｅｌ邋ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ１２逡逑
【学位授予单位】：厦门大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R739.4

【参考文献】