同型半胱氨酸代谢通路基因多态性与新疆维吾尔族人群缺血性脑卒中关联研究
发布时间：2020-06-22 20:17
【摘要】：目的:探索同型半胱氨酸甲基化反应基因单核苷酸多态性与新疆维吾尔族人群缺血性脑卒中(Ischemic Stroke,IS)的关系。方法:病例组为2014年9月-2016年5月新疆医科大学第一附属医院神经内科住院的维吾尔族缺血性脑卒中患者367例,对照组为经过体检确定为健康的1202例维吾尔族个体。选取MTHFR基因C677T和A1298C,MTR基因A2756G,MTRR基因A1130G、A66G和C1324T,BHMT基因R239Q等7个非同义突变,探索它们同IS的关联。结果:MTHFR基因A1298C位点的CC、AC基因型及C等位基因在病例组中的分布频率(7.5%,44.8%及29.9%)显著高于对照组(6.1%,36.4%及24.3%)(P0.05)。显性遗传模型发现C等位基因携带者发生缺血性脑卒中的风险升高(OR:1.485,95%CI:1.17-1.88,P0.05)。调整年龄、性别、吸烟、饮酒、肥胖、高血压、高胆固醇、高甘油三酯等混杂因素后差异仍显著。未发现其余6个位点与维吾尔族人群缺血性脑卒中相关。结论:MTHFR基因位点A1298C多态性影响维吾尔族人群缺血性脑卒中的发生,C等位基因可能是维吾尔族发生缺血性卒中的的危险因素。
【学位授予单位】：新疆医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R743.3
【图文】：
图 1 Hcy 代谢通路基因的 PCR 扩增电泳结果Fig.1 PCR amplification results of Hcy metabolism gene2.5.4 Solexa 测序技术将纯化后的 PCR 产物于 Ion torrent PGM 测序仪（Thermo Fisher Scientific ,美国）上测序，操作流程按照标准说明书进行。首先，纯化后的 PCR 产物在 OneTouch 2仪器上进行乳液 PCR 扩增，通过乳液 PCR 将测序片段富集在微珠上；乳液 PCR 后的微珠由 OneTouch 2 ES。富集的微珠结合 318 芯片（Thermo Fisher Scientific ,美国）和 Ion PGM TM Sequencing 200 Kit v2 测序试剂盒在 Ion torrent PGM 仪器上测序，测序流程严格按照说明书进行，测序步骤如下：a.清洗仪器中残留的杂质以进行油包水PCR。b.安装 Ion OneTouch 2 仪器。c.配制油包水 PCR 的反应 mix。d.将反应 mix加样至 OT2 仪器的反应器中。e.设置仪器进行油包水 PCR。f.OT2 的日常维护及监控。g.将 ISP 溶液进行浓缩并重选悬。h.配制富集试剂以备上机。i.将配制好的富集试剂加样至 ES 的配套富集管中。j.设置仪器进行 ISP 珠子的富集。k.测序仪的环境条件确定。l.清洗测序仪以备测序反应。m.仪器初始化设置。n.测序将引物结合至 ISP 珠子上。o.检测测序芯片以备测序。p.将测序芯片内的液体吸除以备加样。q.将引物退
图 2 Hcy 代谢通路基因测序报告Fig.2 Hcy metabolism gene Sequencing repor2.5.5 测序数据分析与 SNP 分型经过 base calling 的原始数据通常包含三个部分：index 序列、接头序列和特异序列.基于样本 index 序列的差异，利用 FASTX-Toolkit 软件比对 index 序列，根据 index序列差异将原始数据中每个样本的数据区分，在比对 index 序列时最多允许一个碱基的错配；匹配到每个样本的数据利用 Cutadapt 软件将接头序列去掉.运用序列比对软件 BWA（v0.7.12）将去接头后的序列与 SNP 位点参考序列（NCBI，dbSNP build 142）比对，利用 samtools（v0.1.19）软件将每一条测序 reads 进行 SNP 判定。针对 SNP分型阈值，针对测序深度<15x 的扩增子被舍弃（测序深度不足）。对有足够测序深度的扩增子判定基因型：杂合子等位基因比率在 20-80%，在此范围之外的为纯合子[39]。2.5.6 基因分型根据测序所得数据中 A/T/G/C 四种碱基的 reads 数确定最终的基因型。3 统计方法
本文编号：2726186
【学位授予单位】：新疆医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R743.3
【图文】：
图 1 Hcy 代谢通路基因的 PCR 扩增电泳结果Fig.1 PCR amplification results of Hcy metabolism gene2.5.4 Solexa 测序技术将纯化后的 PCR 产物于 Ion torrent PGM 测序仪（Thermo Fisher Scientific ,美国）上测序，操作流程按照标准说明书进行。首先，纯化后的 PCR 产物在 OneTouch 2仪器上进行乳液 PCR 扩增，通过乳液 PCR 将测序片段富集在微珠上；乳液 PCR 后的微珠由 OneTouch 2 ES。富集的微珠结合 318 芯片（Thermo Fisher Scientific ,美国）和 Ion PGM TM Sequencing 200 Kit v2 测序试剂盒在 Ion torrent PGM 仪器上测序，测序流程严格按照说明书进行，测序步骤如下：a.清洗仪器中残留的杂质以进行油包水PCR。b.安装 Ion OneTouch 2 仪器。c.配制油包水 PCR 的反应 mix。d.将反应 mix加样至 OT2 仪器的反应器中。e.设置仪器进行油包水 PCR。f.OT2 的日常维护及监控。g.将 ISP 溶液进行浓缩并重选悬。h.配制富集试剂以备上机。i.将配制好的富集试剂加样至 ES 的配套富集管中。j.设置仪器进行 ISP 珠子的富集。k.测序仪的环境条件确定。l.清洗测序仪以备测序反应。m.仪器初始化设置。n.测序将引物结合至 ISP 珠子上。o.检测测序芯片以备测序。p.将测序芯片内的液体吸除以备加样。q.将引物退
图 2 Hcy 代谢通路基因测序报告Fig.2 Hcy metabolism gene Sequencing repor2.5.5 测序数据分析与 SNP 分型经过 base calling 的原始数据通常包含三个部分：index 序列、接头序列和特异序列.基于样本 index 序列的差异，利用 FASTX-Toolkit 软件比对 index 序列，根据 index序列差异将原始数据中每个样本的数据区分，在比对 index 序列时最多允许一个碱基的错配；匹配到每个样本的数据利用 Cutadapt 软件将接头序列去掉.运用序列比对软件 BWA（v0.7.12）将去接头后的序列与 SNP 位点参考序列（NCBI，dbSNP build 142）比对，利用 samtools（v0.1.19）软件将每一条测序 reads 进行 SNP 判定。针对 SNP分型阈值，针对测序深度<15x 的扩增子被舍弃（测序深度不足）。对有足够测序深度的扩增子判定基因型：杂合子等位基因比率在 20-80%，在此范围之外的为纯合子[39]。2.5.6 基因分型根据测序所得数据中 A/T/G/C 四种碱基的 reads 数确定最终的基因型。3 统计方法
【参考文献】
相关期刊论文 前6条
1 ;Plasma Homocysteine and Gene Polymorphisms Associated with the Risk of Hyperlipidemia in Northern Chinese Subjects[J];Biomedical and Environmental Sciences;2008年06期
2 周靖;董文敏;崔德华;;同型半胱氨酸与脑疾病[J];神经疾病与精神卫生;2007年05期
3 王薇;赵冬;刘静;曾哲淳;孙佳艺;刘军;秦兰萍;吴兆苏;;中国35～64岁人群胆固醇水平与10年心血管病发病危险的前瞻性研究[J];中华心血管病杂志;2006年02期
4 马冠生,朱丹红,胡小琪,栾德春,孔灵芝,杨晓光;中国居民饮酒行为现况[J];营养学报;2005年05期
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6 高聪,蒲蜀湘,朱德仪;早期康复治疗对脑卒中偏瘫患者肢体功能及日常生活能力的影响[J];中国康复医学杂志;2001年01期
本文编号：2726186
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