一个良性家族性婴儿癫痫家系的候选基因的突变分析及致病基因定位研究

发布时间：2020-11-20 14:24

　　 目的:本研究目的在于定位一个就诊于兰大二院癫痫中心的良性家族性婴儿癫痫家系的致病基因,通过对临床表型及生物样本的提取,应用连锁分析、全外显子测序的方法,发现家系的致病基因及遗传多态性,从而定位该家系的致病基因,提示病理生理分子机制,为基因组治疗和新药的开发提供理论依据,提高治疗的靶向性。方法:本课题收集了1个良性家族性婴儿癫痫家系,家系成员共12人,其中,患者5人,非患者7人。对上述家系成员分别采外周血5 ml,提取gDNA,基于常见551个癫痫致病基因的癫痫基因包结果进行初步筛选,筛选出2个基因,PRRT2基因和RHAG基因,再次进行一代测序验证,引物序列来自NCBI,PCR反应总体积50 ul。扩增结果的大小应用琼脂糖凝胶电泳来判断。连锁分析采用LINKAGE软件,在常染色体显性遗传模式下,根据LOD值判断是否连锁。应用Agilent的液相芯片捕获系统,对全外显子区域DNA进行富集,然后在Illumina HiSeq2500/4000测序平台上进行高通量测序。再应用dbSNP数据库、1000dGenome数据库、SIFT和PolyPhen2软件进行基因的筛选。结果:PRRT2基因及RHAG基因的Sanger测序结果不符合孟德尔遗传定律,家系连锁分析结果LOD值在1-1.5之间,全外显子测序结果筛出29个候选基因。结论:PRRT2基因不是该BFIE家系的致病基因;RHAG基因不是良性家族性婴儿癫痫的致病基因;家系连锁分析未标记出LOD值大于3的染色体区域。全外显子测序结果筛出29个候选基因。
【学位单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R742.1
【部分图文】：

即所观察到的连锁不是偶然发生的）。使用软件 merlin（v1.1.2）对 LOD值较高的区域进行单倍型分析，使用软件 HaploPainter 进行单倍型图形的绘制。2.2.10 全外显子测序：原理：外显子测序（exome sequencing）是指利用特定的探针对蛋白编码区域内的 DNA 或某段特定序列进行富集，随后通过高通量测序技术（"Next-generation" sequencing technology）对该目标区域测序，从而发现特定遗传信息，该技术可用于研究孟德尔疾病致病基因和易感基因。本研究应用 IlluminaHiseq 2000 高通量测序技术对 4 名家系成员（II7、II9、III5、IV1）进行分别测序。实验流程：（1）样本检测：DNA 样本要求>1.5ug(Qubit 定量值)，琼脂糖凝胶电泳质检合格。DNA 纯度（OD260/280=1.8~2.0）。（2）构建文库：基因组 DNA 被随机打断成片段（大小为 150-300bp 之间），通过末端修复、加 polyA 尾制备 DNA 文库。

兰州大学硕士学位论文 一个良性家族性基因的突变分析表 3-1 PRRT2 基因RT2（NM_001256442）苷酸变化 氨基酸变化 变异类型 家父亲 640_641insC p.Arg217ProfsTer8 杂合 未发现变异个家系进行 PRRT2 基因的一代测序验证：

父亲 母亲c.640_641insC p.Arg217ProfsTer8 杂合 未发现变异杂合整个家系进行 PRRT2 基因的一代测序验证：图 3-5 II2 验证结果未发现变异
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本文编号：2891548