基于SAH（蛛网膜下腔出血）的早期预警模型和相关细胞信号通路研究
发布时间：2021-01-27 09:43
蛛网膜下腔出血（Subarachnoid Hemorrhage,SAH）是指血液流入蛛网膜下腔（即蛛网膜与大脑周围软脑膜之间的区域）。SAH是一种临床综合症,具有发病范围广、死亡率高、致残率高、临床预后不良等特点,一直以来是基础和临床医学的研究重点和难点。为了降低SAH的发病率和死亡率,人们对SAH的发病机制展开了大量研究。近年来有研究发现早期脑损伤（EBI）可能是导致SAH患者预后不良的主要原因,寻找能够减轻SAH后EBI及相关并发症的治疗药物、有效靶点,预测和预防SAH是目前研究的重点方向。由于当前针对SAH药物的研究主要是从临床实验的层面选择药物,并未考虑从细胞信号通路层面讨论相关药物的作用,因此本研究的第一个科学问题在于,LCN2在细胞信号通路层面是否可以有效地干预或治疗SAH。由于以往研究主要通过临床医学实验在小范围的分子层面寻找能够预测或治疗SAH的有效靶点,为此本研究的第二个科学问题在于,是否可以通过考虑SAH疾病和LCN2药效因素,在全基因组层面分析和筛选有效的基因靶点。由于以往在SAH的早期预测主要依靠诊断影像或临床自动化数据,不仅准确率不高而且很少采用基因数据,因此...
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
信号通路研究及干预实验
西南大学硕士学位论文持续很长一段时间[60]，SAH 后脑白质损伤的研究可能是未来 S方向[61]。因此，本研究采用的实验样本为小鼠白质区脑细胞。原军陆军军医大学西南医院神经外科提供，样本基因芯片共 10 张组（共 5 张）和空白对照组 normal-1（共 5 张）；采用的芯x-GeneChip Mouse Gene 1.0 STArray。证实验结果的准确度，在对原始芯片进行预处理前，质量分析是对基因芯片样本的质量控制及评估，来筛除不合格的样本。利ctor 包对原始芯片（SAH 患病组和对照组 normal-1）进行质量控芯片样本的灰度图并进行观察。根据 2.1.1 节介绍的资料，各芯称和四个角花纹均很清晰，明暗适中，未发现其他问题。然后我本的 RLE 箱线图，如下图所示：
第 3 章 信号通路研究及干预实验因表达的实验主要是为了比较某物种的基因在不同条件下的表达是及差异是什么，这是研究基因调控网络的基础。该差异可以是统计可以是生物学上的差异，所以一般选择至少两个阈值（如基因表达著性量度）来计算差异表达基因，这是一种符合生物学意义的方法基因的方法一般是先计算基因表达量，然后利用统计学分析来寻找著性差异的基因。这里我们采用 e-Bayes 方法，它是目前在差异表的方法之一[49]，参数设置为Fold change 1.5，且p-value 0.05。其[62]表示实验组比上对照组的差异表达倍数，根据不同实验情况，常 倍[63]、1.5 倍[64,65]或 2.5 倍[66]等。通过计算得到差异表达基因共有结果见附件 1），占总基因数目（28944 个）的 10.16%，其中表达的基因有 1016 个，表现为下调的基因有 1926 个。根据差异筛选 change与p-value两个参数来绘制火山图，结果见图 3.3。
【参考文献】：
期刊论文
[1]蛛网膜下腔出血早期脑损伤后神经元细胞凋亡研究新进展[J]. 钱达,蒋传路,蔡金全. 转化医学电子杂志. 2018(08)
[2]Affymetrix基因芯片测序技术分析垂体对大鼠椎动脉型颈椎病模型的调控机制[J]. 宋敏,巩彦龙,刘涛,刘建鸿,董万涛,刘小钰,侯红艳. 西安交通大学学报(医学版). 2018(02)
[3]p38丝裂原活化蛋白激酶在实验性蛛网膜下腔出血后早期脑损伤中的作用[J]. 孙新刚,马乾,王改青,王荔,胡为民. 国际神经病学神经外科学杂志. 2017(01)
[4]动脉瘤性蛛网膜下腔出血致脑血管痉挛的治疗研究进展[J]. 曹辉,蒋正方. 西南军医. 2015(02)
[5]稀疏主成分简介[J]. 田双双,张海霞,赵俊琴,乔楠,王彤. 中国卫生统计. 2014(05)
[6]Toll样受体4拮抗剂防治兔蛛网膜下腔出血后迟发型血管痉挛[J]. 易帅,霍晓川,甄为,罗俊生. 解放军医学院学报. 2014(02)
[7]蛛网膜下腔出血后早期脑损伤及神经保护治疗的研究进展[J]. 宋锦宁,安吉洋. 西安交通大学学报(医学版). 2013(06)
[8]Logistic回归和T检验在基因特征提取中的应用[J]. 赵肖肖,朱宁,黄云腾. 桂林电子科技大学学报. 2012(01)
[9]MAPK信号通路研究进展[J]. 陈建勇,王聪,王娟,曹礼荣. 中国医药科学. 2011(08)
[10]蛛网膜下腔出血性脑损伤及其修复机制的研究现状与展望[J]. 宋锦宁. 西安交通大学学报(医学版). 2011(04)
本文编号：3002841
【文章来源】：西南大学重庆市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：67 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
信号通路研究及干预实验
西南大学硕士学位论文持续很长一段时间[60]，SAH 后脑白质损伤的研究可能是未来 S方向[61]。因此，本研究采用的实验样本为小鼠白质区脑细胞。原军陆军军医大学西南医院神经外科提供，样本基因芯片共 10 张组（共 5 张）和空白对照组 normal-1（共 5 张）；采用的芯x-GeneChip Mouse Gene 1.0 STArray。证实验结果的准确度，在对原始芯片进行预处理前，质量分析是对基因芯片样本的质量控制及评估，来筛除不合格的样本。利ctor 包对原始芯片（SAH 患病组和对照组 normal-1）进行质量控芯片样本的灰度图并进行观察。根据 2.1.1 节介绍的资料，各芯称和四个角花纹均很清晰，明暗适中，未发现其他问题。然后我本的 RLE 箱线图，如下图所示：
第 3 章 信号通路研究及干预实验因表达的实验主要是为了比较某物种的基因在不同条件下的表达是及差异是什么，这是研究基因调控网络的基础。该差异可以是统计可以是生物学上的差异，所以一般选择至少两个阈值（如基因表达著性量度）来计算差异表达基因，这是一种符合生物学意义的方法基因的方法一般是先计算基因表达量，然后利用统计学分析来寻找著性差异的基因。这里我们采用 e-Bayes 方法，它是目前在差异表的方法之一[49]，参数设置为Fold change 1.5，且p-value 0.05。其[62]表示实验组比上对照组的差异表达倍数，根据不同实验情况，常 倍[63]、1.5 倍[64,65]或 2.5 倍[66]等。通过计算得到差异表达基因共有结果见附件 1），占总基因数目（28944 个）的 10.16%，其中表达的基因有 1016 个，表现为下调的基因有 1926 个。根据差异筛选 change与p-value两个参数来绘制火山图，结果见图 3.3。
【参考文献】：
期刊论文
[1]蛛网膜下腔出血早期脑损伤后神经元细胞凋亡研究新进展[J]. 钱达,蒋传路,蔡金全. 转化医学电子杂志. 2018(08)
[2]Affymetrix基因芯片测序技术分析垂体对大鼠椎动脉型颈椎病模型的调控机制[J]. 宋敏,巩彦龙,刘涛,刘建鸿,董万涛,刘小钰,侯红艳. 西安交通大学学报(医学版). 2018(02)
[3]p38丝裂原活化蛋白激酶在实验性蛛网膜下腔出血后早期脑损伤中的作用[J]. 孙新刚,马乾,王改青,王荔,胡为民. 国际神经病学神经外科学杂志. 2017(01)
[4]动脉瘤性蛛网膜下腔出血致脑血管痉挛的治疗研究进展[J]. 曹辉,蒋正方. 西南军医. 2015(02)
[5]稀疏主成分简介[J]. 田双双,张海霞,赵俊琴,乔楠,王彤. 中国卫生统计. 2014(05)
[6]Toll样受体4拮抗剂防治兔蛛网膜下腔出血后迟发型血管痉挛[J]. 易帅,霍晓川,甄为,罗俊生. 解放军医学院学报. 2014(02)
[7]蛛网膜下腔出血后早期脑损伤及神经保护治疗的研究进展[J]. 宋锦宁,安吉洋. 西安交通大学学报(医学版). 2013(06)
[8]Logistic回归和T检验在基因特征提取中的应用[J]. 赵肖肖,朱宁,黄云腾. 桂林电子科技大学学报. 2012(01)
[9]MAPK信号通路研究进展[J]. 陈建勇,王聪,王娟,曹礼荣. 中国医药科学. 2011(08)
[10]蛛网膜下腔出血性脑损伤及其修复机制的研究现状与展望[J]. 宋锦宁. 西安交通大学学报(医学版). 2011(04)
本文编号：3002841
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