基于RNA高通量测序的烟雾病mRNA-miRNA-circRNA差异表达及关联分析

发布时间：2021-03-25 04:54

　　目的:烟雾病（moyamoya disease,MMD）,又称脑基底异常网状血管病,是一种病因不明的慢性脑血管闭塞性疾病。为了解烟雾病环状RNA（circular RNA,circRNA）表达谱特征,我们应用lllumina-Seq技术对烟雾病患者的全血进行转录组深度测序。通过对烟雾病患者及健康对照之间差异表达的circRNA筛选、验证及对高通量结果生物信息学分析,并进一步对联合转录组测序数据结果进行关联分析,构建差异表达circRNA可能的ceRNA调控网络。为深入认识circRNA在烟雾病中的分子生物学机制奠定基础。方法:1、对5例烟雾病患者及5例健康对照者的全血样本应用lllumina-Seq技术进行sRNA及转录组深度测序,分析并筛选circRNA差异表达谱;2、选择circRNA进行进一步扩大样本量的验证。在8例烟雾病患者及7例正常对照中,应用实时荧光定量PCR的方法检测筛选出的六条circRNA在扩大样本中的表达水平;3、使用软件对高通量的结果进行生物信息学分析,对差异表达的circRNA来源基因进行GO富集和KEGG功能富集分析;4、联合转录组测序数据,对差异表达的cir... 

【文章来源】：中国医科大学辽宁省

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

各样品所有circRNA的概率密度分布图

中国医科大学硕士学位论文16图1各样品所有circRNA的概率密度分布图注：横坐标为log10(count)，log10（count）越高，表示RNA表达量越高；纵坐标为circRNA的密度，即为横轴表达量所对应的circRNA的数目占全部circRNA总量的比值；图中每种颜色表示一个样本，所有概率的总和为1，即每个区域的面积均为1；密度曲线的峰值表示整个样本circRNA表达量最集中的区域3.3.2.3差异circRNA表达火山图图2差异circRNA表达火山图注：①蓝色的点代表表达无差异基因，红色的点代表上调的基因，绿色的点代表下调的基因。

中国医科大学硕士学位论文 ②纵坐标为校正后的 p 值的-log10，纵坐标越靠上 p 值的-log10（padj）越大，p 值本身越小，表示差异越显著。因此，左上角的点表示表达水平差异非常显著的下调基因，右上角的点表示表达水平差异非常显著的上调基因。 3.3.2.4 差异 circRNA 表达热图 我们对筛选出的具有差异表达 circRNA 的来源基因进行了层次聚类分析，就是指将具有相同或相似表达行为的 circRNA 进行聚类，结果如下图。


本文编号：3099066