一个多巴反应性肌张力障碍家系基因突变筛查研究

发布时间：2017-04-19 08:44

  本文关键词：一个多巴反应性肌张力障碍家系基因突变筛查研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：背景与目的:多巴反应性肌张力障碍(DRD)是一种以肌张力障碍或步态异常为首发症状的遗传性运动障碍疾病。好发于儿童或青少年,病症具有明显的昼间波动性,经小剂量多巴制剂治疗后效果明显,是一种可治疗疾病。但由于DRD患者临床症状复杂,易与其他疾病混淆,致使许多患者被误诊。因此,早期的诊断与治疗对DRD患者意义重大。通过对DRD家系患者突变基因的鉴定有助于掌握患者的基因突变信息,深入地探讨DRD临床症状复杂性的遗传基础。目前关于DRD疾病的候选基因主要有3个,即GCH1、TH、SPR基因,但也有相关研究报道,对DRD患者进行3个候选基因检测时并未发现突变位点,表明DRD患者还存在其他致病基因。随着人类基因组测序计划的完成及新一代测序技术的迅速发展,为探寻新的DRD致病基因提供了相关的技术方法。方法:本研究首先以1个中国DRD家系(2名患者和2名未患病家属)为基础,采用PCR产物直接测序法对GCH1、TH、SPR基因进行突变筛查研究;若未发现基因突变,拟采用该家系10个个体(6位患病者与4位未患病家属)为基础,应用单核苷酸多态性检测分析结合全外显子测序技术探寻该DRD家系致病基因。结果:(1)对该家系4个个体进行GCH1、TH、SPR基因检测结果进行分析,未发现致病基因;(2)将DRD家系10个个体的SNP芯片检测数据采用生物信息学方法处理分析后共筛选出552个与人类疾病有关联的SNP,这些SNP可能与DRD致病基因有关;(3)该DRD家系中3个患病者的全外显子测序数据通过genom-estudio软件分析处理及后续筛选,共获得1005个低频位点,这些低频位点可能与DRD致病基因相关;(4)将552个SNP与1005个低频位点经过关联分析后共筛选出9个可能与DRD致病基因相关的候选基因,再经DRD家系内扩增测序验证,初步确定了SLC18A1基因可能是该DRD家系的致病基因;此外,测序验证结果表明外显子测序数据质量可靠,准确性高达96.3%。结论:(1)该DRD家系的致病基因不是GCH1、TH、SPR基因;(2)SLC18A1基因可能是该DRD家系的致病基因,需要采集此DRD家系更多样本进行验证。
【关键词】：多巴反应性肌张力障碍 单核苷酸多态性检测分析 全外显子测序技术
【学位授予单位】：华南理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R746
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstact6-13
• 第一章 绪论13-25
• 1.1 多巴反应性肌张力障碍疾病研究13-17
• 1.1.1 DRD分子遗传学研究进展13-15
• 1.1.2 多巴反应性肌张力障碍的发病机制15-16
• 1.1.3 多巴反应性肌张力障碍的临床表现及诊断16-17
• 1.2 基因芯片技术与单核苷酸多态性分析17-21
• 1.2.1 基因芯片技术研究进展17-18
• 1.2.2 单核苷酸多态性分析研究18-19
• 1.2.3 基因芯片与SNP检测技术19-21
• 1.3 全外显子测序技术21-22
• 1.3.1 全外显子测序研究进展21
• 1.3.2 全外显子测序技术研究进展21-22
• 1.4 研究内容及意义22-25
• 第二章 多巴反应性肌张力障碍疾病的GCH1、TH、SPR基因突变研究25-41
• 2.1 引言25-27
• 2.1.1 DRD致病基因的研究进展25-26
• 2.1.2 聚合酶链式反应（PCR）技术简介26-27
• 2.2 研究对象27-28
• 2.3 实验材料与仪器28-29
• 2.3.1 实验设备28
• 2.3.2 主要试剂和耗材28-29
• 2.3.3 主要试剂的配制29
• 2.4 实验方法与过程29-37
• 2.4.1 血液样品采集29
• 2.4.2 全基因组DNA提取29-31
• 2.4.3 基因组DNA样本质量检测31
• 2.4.4 引物设计31-34
• 2.4.5 聚合酶链式反应34-36
• 2.4.6 琼脂糖凝胶电泳检测36-37
• 2.4.7 PCR扩增产物测序及结果分析37
• 2.5 结果与分析37-40
• 2.5.1 全基因组DNA提取结果37-38
• 2.5.2 PCR扩增产物电泳结果38-39
• 2.5.3 测序分析结果39
• 2.5.4 结果与讨论39-40
• 2.6 本章小结40-41
• 第三章 应用单核苷酸多态性芯片对DRD家系基因突变的研究41-52
• 3.1 引言41-43
• 3.1.1 Illumina Human Zhonghua-8 Bead-Chips简述41-42
• 3.1.2 生物信息学简述42-43
• 3.2 研究对象43-44
• 3.3 实验材料与仪器44-45
• 3.3.1 实验设备44
• 3.3.2 主要试剂和耗材44-45
• 3.4 实验流程及分析方法45-47
• 3.4.1 芯片检测的前期样本准备45
• 3.4.2 中华 8 SNP分型实验流程45-46
• 3.4.3 SNP分型数据分析方法46-47
• 3.5 结果与分析47-51
• 3.5.1 DNA样本质检结果47-48
• 3.5.2 SNP芯片检测结果与分析48-49
• 3.5.3 SNP分型数据分析结果49-51
• 3.6 本章小结51-52
• 第四章 应用全外显子测序技术对DRD家系基因突变研究52-64
• 4.1 引言52-55
• 4.1.1 高通量测序技术简述52
• 4.1.2 Illumina Hiseq2500 系统简介52-55
• 4.2 研究对象55
• 4.3 实验材料与仪器55
• 4.3.1 实验设备55
• 4.3.2 主要试剂和耗材55
• 4.4 实验流程及分析方法55-58
• 4.4.1 前期样本准备55-56
• 4.4.2 外显子测序流程及分析方法56-57
• 4.4.3 测序结果筛选方法57-58
• 4.5 结果与分析58-63
• 4.5.1 外显子测序基因组样本质检结果58
• 4.5.2 文库构建质检结果58-59
• 4.5.3 测序数据质控结果59-60
• 4.5.4 序列比对结果60-61
• 4.5.5 测序数据分析结果61-62
• 4.5.6 测序数据筛选结果62-63
• 4.6 本章小结63-64
• 第五章 候选SNP与DRD疾病的关联性研究64-76
• 5.1 研究对象64
• 5.2 实验材料与仪器64-65
• 5.2.1 主要实验设备64
• 5.2.2 主要试剂和耗材64-65
• 5.3 实验方法与过程65-68
• 5.3.1 DRD家系的候选SNP筛查65
• 5.3.2 血液样品采集65
• 5.3.3 全基因组DNA提取65
• 5.3.4 引物设计及合成65-66
• 5.3.5 PCR扩增反应66-67
• 5.3.6 琼脂糖凝胶电泳检测67
• 5.3.7 PCR扩增产物测序及结果分析67
• 5.3.8 SNP位点相关基因的功能性分析67-68
• 5.4 实验结果与分析68-75
• 5.4.1 候选SNP筛查结果68
• 5.4.2 候选SNP引物设计结果68-69
• 5.4.3 个体基因组PCR扩增的电泳检测结果69-70
• 5.4.4 PCR扩增产物的测序结果及分析70-72
• 5.4.5 候选SNP突变位点的测序验证结果72-73
• 5.4.6 候选SNP验证结果与分析73-74
• 5.4.7 SNP176 相关基因的功能性分析结果74-75
• 5.5 本章小结75-76
• 结论与展望76-78
• 结论76
• 本研究创新性评价76
• 展望76-78
• 参考文献78-87
• 攻读硕士学位期间取得的研究成果87-88
• 致谢88-89
• 附件89

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 黄代新,张林,吴梅筠;单核苷酸多态性研究进展[J];法医学杂志;2001年02期

2 谢卉;吴志英;;多巴反应性肌张力障碍发病机制的研究进展[J];国际儿科学杂志;2006年05期

3 郭刚;DNA芯片技术与SNP分析[J];国外医学(卫生学分册);2004年01期

4 曹秉振;多巴反应性肌张力障碍[J];山东医药;2005年19期

5 张春霆;生物信息学的现状与展望[J];世界科技研究与发展;2000年06期

6 高威,吴庆余;生物芯片技术[J];生命科学;2000年05期

7 张小燕,左明雪,张占军,王忠,李瑶;用基因芯片检测单核苷酸多态性反应原理[J];中国生物工程杂志;2005年11期

8 张鑫;李敏;张学军;;全基因组外显子测序及其应用[J];遗传;2011年08期

9 吴昕彦,张庆华,陈竺;单核苷酸多态性研究及应用[J];中华医学遗传学杂志;2000年01期

10 陈枝楠,卢泽,高卢俭;PCR应用技术进展简介[J];植物病理学报;1997年03期

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1 张建园;多巴反应性肌张力障碍12例临床及基因分析[D];山东大学;2013年

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