circRNAs及mRNAs在小鼠蛛网膜下腔出血后大脑皮层中的差异表达谱研究
发布时间：2021-06-27 19:01
背景及目的:蛛网膜下腔出血（Subarachnoid hemorrhage,SAH）是一种致命的神经血管性重症,具有高致残率及致死率。在哺乳动物脑中,环状RNA（Circular RNA,circRNA）表达量丰富,序列保守,与各种神经系统疾病相关。本研究,运用高通量测序（High-throughput Sequencing）的方法,分析小鼠SAH后早期大脑皮层circRNAs及mRNAs的表达谱,探寻circRNAs在SAH后早期脑损伤（Early brain injury,EBI）中的潜在作用,为进一步探索差异性表达的circRNAs作为SAH的生物标志物及调控机制研究奠定基础。方法:18只C57BL/6J雄性小鼠被随机分为对照组及SAH组（n=9只/组）。采用改进的血管内穿刺法构建SAH模型,SAH后24小时提取皮层总RNA,对质量检测合格的RNA提取物进行PCR扩增,构建cDNA文库,采用Illumina HiSeqTM2500平台进行测序。运用Bowite2将所有转录本比对到小鼠基因组,并计算circRNAs及mRNAs的相对表达量,分别得到circRN...
【文章来源】：西南医科大学四川省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
环状RNA形成机制模型
图 2. 环状 RNA 的主要类型[16]Fig2. Three major subclasses of circRNAs.2 高通量测序技术高通量测序技术可以对数百万个 DNA 分子同时进行测序，该技术序技术发展历程的一个重要里程碑。这使得对一个物种的基因组及转进行细致而全面的分析成为可能，因此也被称为下一代测序技术（Neneration sequencing, NGS）或深度测序技术（Deep sequencing）[20, 21高通量测序技术相较传统的 Sanger 测序法具有三大优点。第一，可
图 3. 测序流程及分析步骤Fig.3 Process of RNA-Seq and bioinformatics analysis2.6.3 筛选 circRNAs使用 Bowtie2 将 Unmappedreads 再次比对到小鼠全基因组上，得到部对齐的读段，根据不同的部分对齐方式，筛选出逆序两端对齐的读段作候选环形连接。使用 MaxEntScan 软件计算出环形连接数（Candidatercular junctions）的剪接力值（Splicing strength score）. 根据计算出来的接力值筛选出比较可信的环形连接，同时确定准确的连接位点。筛选条为环形连接的读长数≥2 和剪接力值≥10. 根据已有的注释文件，注释出
【参考文献】：
期刊论文
[1]Blood microRNAs as potential diagnostic markers for hemorrhagic stroke[J]. Bridget Martinez,Philip V.Peplow. Neural Regeneration Research. 2017(01)
[2]载脂蛋白E短肽COG1410对蛛网膜下腔出血后早期脑水肿的影响[J]. 贺杰,庞金伟,吴越,彭建华,曹芳,秦兴虎,郐莉,陈礼刚,孙晓川,江涌. 第三军医大学学报. 2016(04)
[3]蛛网膜下腔出血后早期脑损伤机制研究进展[J]. 郝小可,史继新. 医学研究生学报. 2015(07)
[4]高通量测序技术及其应用[J]. 王兴春,杨致荣,王敏,李玮,李生才. 中国生物工程杂志. 2012(01)
本文编号：3253422
【文章来源】：西南医科大学四川省
【文章页数】：75 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
环状RNA形成机制模型
图 2. 环状 RNA 的主要类型[16]Fig2. Three major subclasses of circRNAs.2 高通量测序技术高通量测序技术可以对数百万个 DNA 分子同时进行测序，该技术序技术发展历程的一个重要里程碑。这使得对一个物种的基因组及转进行细致而全面的分析成为可能，因此也被称为下一代测序技术（Neneration sequencing, NGS）或深度测序技术（Deep sequencing）[20, 21高通量测序技术相较传统的 Sanger 测序法具有三大优点。第一，可
图 3. 测序流程及分析步骤Fig.3 Process of RNA-Seq and bioinformatics analysis2.6.3 筛选 circRNAs使用 Bowtie2 将 Unmappedreads 再次比对到小鼠全基因组上，得到部对齐的读段，根据不同的部分对齐方式，筛选出逆序两端对齐的读段作候选环形连接。使用 MaxEntScan 软件计算出环形连接数（Candidatercular junctions）的剪接力值（Splicing strength score）. 根据计算出来的接力值筛选出比较可信的环形连接，同时确定准确的连接位点。筛选条为环形连接的读长数≥2 和剪接力值≥10. 根据已有的注释文件，注释出
【参考文献】：
期刊论文
[1]Blood microRNAs as potential diagnostic markers for hemorrhagic stroke[J]. Bridget Martinez,Philip V.Peplow. Neural Regeneration Research. 2017(01)
[2]载脂蛋白E短肽COG1410对蛛网膜下腔出血后早期脑水肿的影响[J]. 贺杰,庞金伟,吴越,彭建华,曹芳,秦兴虎,郐莉,陈礼刚,孙晓川,江涌. 第三军医大学学报. 2016(04)
[3]蛛网膜下腔出血后早期脑损伤机制研究进展[J]. 郝小可,史继新. 医学研究生学报. 2015(07)
[4]高通量测序技术及其应用[J]. 王兴春,杨致荣,王敏,李玮,李生才. 中国生物工程杂志. 2012(01)
本文编号：3253422
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/shenjingyixue/3253422.html
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