人神经胶质瘤细胞全基因组拷贝数变异的单核苷酸多态性芯片分析

发布时间：2021-08-13 22:49

　　拷贝数变异（copy number variations，CNVs）是指人类基因组中存在的长度为1kb-100kb的DNA片段插入、缺失或扩增，及其互相组合形成的复杂结构变异的现象。CNVs广泛存在于基因组DNA，其变化和复杂疾病及疾病的易感性相关。CNVs可通过改变基因结构和影响基因的表达或者远距离调控其它基因的表达来影响疾病的发生。从人基因组CNVs的角度来研究人脑胶质瘤的发病机理是很好的切入点。采用美国Illumina公司CNV检测用Illumina370SNP芯片，对采集到的18位中国汉族人脑胶质瘤及患者的外周血标本进行了全基因组CNV分析。结果表明：1、脑胶质瘤患者的胶质瘤和外周血基因组中有一致性的CNV遗传改变；2、高分化人脑胶质瘤基因组中有非遗传性CNV的一致性变化；3、脑胶质瘤细胞的分化级别与发生了CNV的基因的种类和数量相关；4、CNV也可发生在脑胶质瘤细胞基因组的非编码区；5、脑胶质瘤发生CNV的基因所涉及的细胞信号传导通路及这些基因所涉及的重要细胞生命过程与其分化级别相关。该工作提示：1、人脑胶质瘤基因组遗传性的UGT2B17基因纯合性缺失可能与脑胶质瘤易感性有关... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：123 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
提要
中文摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1.1 发病率
    1.2 生存率
    1.3 危险因素
        1.3.1 物理因素
        1.3.2 化学因素
        1.3.3 生物学因素
        1.3.4 其他因素
    1.4 临床表现
    1.5 诊断
    1.6 治疗和预后
    1.7 脑胶质瘤的遗传因素
        1.7.1 研究脑胶质瘤遗传变异采用的方法
        1.7.2 脑胶质瘤基因组中的遗传变异现象
        1.7.3 研究拷贝数变异的方法
        1.7.4 检测 CNVs 的数据处理
第二章 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 脑胶质瘤患者的 CNVs 检测样本收集
        2.1.2 脑胶质瘤患者的诊断及病理分级
        2.1.3 脑胶质瘤患者的临床生化检查
    2.2 实验仪器
    2.3 试剂及耗材
        2.3.1 全基因组 SNP 芯片及配套试剂
        2.3.2 DNA 实验试剂和耗材
        2.3.3 实验所用特殊试剂
        2.3.4 实验中所用分析软件
    2.4 实验方法
        2.4.1 外周血基因组 DNA 提取
        2.4.2 胶质瘤组织基因组 DNA 提取
        2.4.3 脑胶质瘤细胞及外周血基因组的 DNA 定量及 DNA 浓度的调整
        2.4.4 美国 Illumina 公司 370 SNP 芯片标准实验流程(Fig.5)
        2.4.5 实验质量控制
        2.4.6 数据处理
第三章 实验结果
    3.1 脑胶质瘤患者病例、脑胶质瘤组织样本和自体外周血样本的采集
    3.2 脑胶质瘤患者的胶质瘤细胞及外周血的基因组 DNA 提取和定量结果
    3.3 全基因组 SNP 芯片技术对脑胶质瘤和外周血的基因组 CNV 检测结果的质量控制
    3.4 全基因组 SNP 芯片实验数据分析结果
        3.4.1 脑胶质瘤基因组和自体外周血 PBMC 基因组 CNV 的比较：
        3.4.2 高、低分化脑胶质瘤基因组非遗传 CNV 的比较
        3.4.3 脑胶质瘤基因组发生 CNV 的基因及其所涉及的细胞信号传导通路
        3.4.4 脑胶质瘤发生 CNV 的基因所涉及的细胞生命过程
第四章 讨论
第五章 结论
参考文献
攻读学位期间发表的学术论文及取得的科研成果
个人简历
致谢



本文编号：3341268