运用芯片技术对CMT2L转基因小鼠进行全基因组差异表达分析

发布时间：2021-11-19 04:10

　　目的：运用MouseRef-8v2.0Expression BeadChip （Illumina）芯片,对pCAGGS-HA-K141NHSPB8转基因小鼠、CAGGS-HA-wtHSPB8转基因小鼠和正常C57BL小鼠的坐骨神经组织在不同时期（3月龄,6月龄和18月龄）的基因表达进行对比分析,通过生物信息学分析筛选差异表达基因,并对其中差异较大的基因,采用荧光定量RT-PCR进行mRNA水平的表达验证,以期明确K141NHSPB8突变在CMT2L病程不同时期（发病前、发病时和发病后期）受调控基因表达谱的变化和可能的内在分子通路,探讨K141NHSPB8突变在CMT2L的可能发病机制。方法：1. pCAGGS-HA-wtHSPB8和pCAGGS-HA-K141N HSPB8的转基因小鼠已经在前期工作中构建和鉴定成功。以月龄为3个月（发病前）、6个月（发病时）、18个月（病程后期）的pCAGGS-HA-K141NHSPB8转基因小鼠为研究对象,以月龄匹配的pCAGGS-HA-wtHSPB8转基因小鼠、C57BL小鼠为对比。2.运用全基因组表达芯片技术筛选差异表达的基因：提取3月龄、6月龄... 

【文章来源】：中南大学湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略词简表
1 前言
2 材料与方法
    2.1 主要仪器及试剂
        2.1.1 基因芯片主要仪器及试剂
        2.1.2 荧光定量RT-PCR主要仪器及试剂
    2.2 实验动物来源及分组
        2.2.1 实验动物来源
        2.2.2 动物实验分组
    2.3 实验步骤
        2.3.1 小鼠坐骨神经组织标本采集
        2.3.2 小鼠坐骨神经组织RNA提取
    2.4 基因芯片分析流程
        2.4.1 RNA纯化
        2.4.2 RNA质量检测
        2.4.3 RNA扩增
        2.4.4 Total RNA的去磷酸化、标记和杂交
        2.4.5 芯片清洗及扫描
    2.5 实时荧光定量RT-PCR实验流程
        2.5.1 小鼠坐骨神1经组织RNA提取(同2.3.2)
        2.5.2 反转录
        2.5.3 syber green实时荧光定量PCR检测myh4,fbp2,pck1,pgam2,ppp1r3c,rbp4,neb,mfn2,hspb1,nefl,rab7的表达
        2.5.4 引物设计
        2.5.5 荧光定量PCR检测
    2.6 统计学处理
        2.6.1 基因芯片的数据提取及分析
        2.6.2 qRT-PCR数据提取及分析
3 结果
    3.1 RNA提取结果(如下表3-1)
    3.2 筛选差异基因
        3.2.1 差异基因蛋白相关聚类
        3.2.2 差异基因功能相关聚类
    3.3 qRT-PCR实验结果
        3.3.1 扩增曲线和溶解曲线如下
    3.4 real time RT-PCR实验结果
4 讨论
    4.1 CMT2与CMT2L转基因小鼠
    4.2 基因芯片技术与实时荧光定量PCR技术对本研究的意义
    4.3 差异基因的结构及功能分析
    4.4 差异基因阳性结果分析
    4.5 CMT2L与CMT2相关致病基因的关系
5 结论
参考文献
综述
    参考文献
致谢
攻读学位期间主要研究成果


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于脉象Hilbert-Huang变换和样本熵的动脉硬化症检测研究[J]. 杨成,王学民,孙涛,郁洪强,李想,周鹏.  生物医学工程学杂志. 2012(06)
[2]轴突型腓骨肌萎缩症2L型致病基因HSPB8突变导致细胞内聚集物形成的机理研究[J]. 张如旭,唐北沙,资晓宏,夏昆,潘乾,张付峰,李书剑,赵国华,郭科.  中华医学遗传学杂志. 2006(06)
[3]中国人腓骨肌萎缩症小热休克蛋白27基因突变分析[J]. 刘小民,唐北沙,赵国华,夏昆,张付峰,潘乾,蔡芳,胡正茂,张成,陈彪,沈璐,张如旭,江泓.  中华医学遗传学杂志. 2005(05)



本文编号：3504259