基于生物信息学分析间质型相关长链非编码RNA在胶质瘤恶性表型中的作用

发布时间：2023-10-26 20:27

　　1.背景胶质瘤是世界范围内难治性恶性肿瘤之一,也是颅内最常见的恶性肿瘤,严重威胁人类的健康。尽管针对胶质瘤的手术、放疗及化疗等治疗方案已获得较大进展,但胶质母细胞瘤患者的中位生存时间依然很低,仅到达14个月左右。为了探索更有效的治疗方案,基于大样本基因组数据分析识别在胶质母细胞瘤中与预后相关的分子亚型。目前,胶质母细胞瘤已被分为四个分子亚型,分别是前神经(PN),神经(NL),经典(CL)和间质(MES)。与前神经型相比,间质型更具有侵略性,并且与不良预后密切相关。此外,放疗和化疗后的胶质瘤可发生前神经-间质转变。因此,研究前神经-间质转变相关机制对于改善胶质瘤患者治疗方案和预后至关重要。近期,针对于人类不同恶性肿瘤的分子靶向治疗已得到迅速的发展,长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)被认为具有潜在的分子治疗靶点。lncRNA是长度大于200个核苷酸的非编码RNA。根据编码lncRNA序列在染色体上位置与邻近基因的关系将lncRNA分为反义、内含子、重叠、基因间及未分类lncRNA。随着测序技术的不断进步,越来越多的lncRNA被发现,并在肿瘤中异常表...

【文章页数】：105 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文缩略语
第一部分 :前神经-间质转化相关长链非编码RNA标签对胶质瘤恶性表型及预后的影响
    1 前言
    2 材料和方法
        2.1 实验材料
            2.1.1 胶质瘤公共数据集
        2.2 实验分析方法
            2.2.1 相关评分及免疫细胞亚群评分
            2.2.2 GO分析
            2.2.3 基因集富集分析(GSEA)分析
            2.2.4 WGCNA和模块识别
            2.2.5 筛选核心基因
            2.2.6 PMT相关lncRNA标签的构建
        2.3 统计分析方法
    3 实验结果
        3.1 PMT评分与胶质瘤恶性程度相关
        3.2 通过WGCNA分析识别PMT相关的lncRNAs
        3.3 建立PMT相关lncRNA的预后风险标签
        3.4 PMT相关的lncRNA风险标签与胶质瘤患者的临床和分子特点密切相关
        3.5 PMT相关的lncRNA标签在高级别胶质瘤不同分组队列中的预后价值
        3.6 PMT相关的lncRNA标签相关功能分析
        3.7 高风险评分的胶质母细胞瘤具有更强的免疫抑制
        3.8 构建PMT相关lncRNA-miRNA-mRNA网络
    4 讨论
    5 结论
第二部分 :长链非编码LINC01503对胶质瘤恶性表型影响及机制研究
    1 前言
    2 材料和方法
        2.1 实验材料
            2.1.1 胶质瘤样本测序数据
            2.1.3 试剂
            2.1.4 细胞系
        2.2 实验分析方法
            2.2.1 生物信息学分析方法
            2.2.2 细胞转染
            2.2.3 实时定量聚合酶链锁反应(qRT-PCR)
            2.2.4 蛋白免疫印记
            2.2.5 细胞增殖、迁移和侵袭分析
            2.2.6 巨噬细胞迁移
        2.3 统计分析方法
    3 结果
        3.1 LINC01503在胶质瘤恶性表型中高表达
        3.2 LINC01503 表达下调可抑制GBM细胞的恶性行为
        3.3 LINC01503相关的生物功能及通路
        3.4 LINC01503 参与胶质瘤细胞PMT进程
        3.5 LINC01053 影响GBM微环境中免疫细胞分布
        3.6 LINC01053 增强GBM免疫抑制状态
    4 讨论
    5 结论
第三部分 :长链非编码RNA HOTAIRM1 对胶质瘤恶性表型影响及机制研究
    1 前言
    2 材料和方法
        2.1 实验材料
            2.1.1 病人样本
            2.1.2 胶质瘤公共数据集
            2.1.3 试剂
            2.1.4 细胞系
        2.2 实验分析方法
            2.2.1 生物信息学分析方法
            2.2.2 细胞转染
            2.2.3 实时定量聚合酶链锁反应(qRT-PCR)
            2.2.4 蛋白免疫印记
            2.2.5 细胞增殖、迁移和侵袭分析
            2.2.6 替莫唑胺敏感性试验
            2.2.7 lncRNA–miRNA–mRNA网络的构建
            2.2.8 双荧光素酶报告基因检测
        2.3 统计分析方法
    3 结果
        3.1 HOTAIRM1 表达与胶质瘤患者临床及分子特征的关系
        3.2 HOTAIRM1 在胶质瘤恶性亚型富集高表达
        3.3 HOTAIRM1 高表达预示胶质瘤患者生存预后差
        3.4 HOTAIRM1 在胶质瘤中的功能分析
        3.5 HOTAIRM1 可促进胶质瘤细胞增殖和侵袭
        3.6 HOTAIRM1 促进胶质瘤细胞上皮-间质转化,诱导替莫唑胺耐药
        3.7 建立HOTAIRM1–miRNA–mRNA网络
        3.8 HOTAIRM1 高表达与胶质瘤独特的免疫和炎症表型有关
    4 讨论
    5 结论
本研究创新性的自我评价
参考文献
综述
    参考文献
攻读学位期间取得的研究成果
致谢
个人简历



本文编号：3856922