脑胶质瘤中MGMT基因启动子甲基化与表达的关联分析及与SNP的相关探究

发布时间：2017-09-16 23:10

  本文关键词：脑胶质瘤中MGMT基因启动子甲基化与表达的关联分析及与SNP的相关探究

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【摘要】：脑胶质瘤(Glioma)是成年人中最常见的原发性脑肿瘤。临床研究表明06-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(06-methylguanine-DNA methyltransferese,MGMT)表达水平和基因甲基化与术后接受替莫唑胺(Temozolomid,TMZ)治疗的脑胶质瘤病人存活时间的长短存在着密切的关系。MGMT基因启动子区域中SNP的基因型、CpG位点的甲基化程度与基因的表达存在着紧密的关联.MGMT基因启动子区域甲基化程度已经成为TMZ治疗的脑胶质瘤患者的一个独立的预测因素.MGMT基因启动子区域98个CpG位点的甲基化程度存在着很大的异质性,目前临床上对MGMT基因的检测仅仅集中在9个CpG位点之内,这些位点能否准确反应基因甲基化水平仍然存在争议。本研究收集了60多例中国脑胶质瘤患者的新鲜脑组织样本,用直接测序法检测了MGMT基因启动子区域的7个SNP位点的基因型,焦磷酸测序法对MGMT基因启动子区域98个CpG位点进行了全部扫描,并用qRT-PCR法检测了样本的mRNA表达水平。试图寻找与MGMT基因表达最密切相关的SNP位点,以及CpG位点与CpG区域。结果发现：SNP位点rs11016798的TT基因型与MGMT的低表达具有显著的相关性(p0.05)；在不同脑胶质瘤患者中,MGMT基因甲基化存在着显著差异；高甲基化组包括14例样本,平均甲基化水平为37.4%,低甲基化组包含28例样本,平均甲基化水平为12.9%,样本内MGMT基因表达水平与甲基化程度存在着密切的相关性(p0.001)；位于启动子-436到-374,-342到-249,-228到-172,95到153这四个区域中的共38个CpG位点的高甲基化显著抑制了MGMT基因的表达(p0.0001)；脑胶质瘤预后相关基因IDH1的突变与MGMT基因的高甲基化存在着显著的相关性(p0.05).总之,在脑胶质瘤患者MGMT基因的相关性探究中,我们分析得到了一些与基因表达密切相关的SNP位点和CpG位点,为将来中国脑胶质瘤患者个体化化疗用药提供依据。
【关键词】：脑胶质瘤 MGMT基因 SNP 甲基化 焦磷酸测序
【学位授予单位】：西北大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R739.4
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 前言7-9
• 第一章 绪论9-20
• 1.1 脑胶质瘤概述9-10
• 1.2 MGMT基因检测与脑胶质瘤病人的个体化用药10-14
• 1.2.1 替莫唑胺介绍10-11
• 1.2.2 MGMT基因结构11-12
• 1.2.3 MGMT基因检测与TMZ用药与脑胶质瘤的相关性12-14
• 1.3 MGMT基因的检测方法与研究进展14-18
• 1.3.1 MGMT基因启动子区域甲基化检测方法及研究进展14-18
• 1.3.2 MGMT基因启动子区域SNP检测方法及研究进展18
• 1.4 立题背景与意义18-20
• 第二章 实验方法的建立20-28
• 2.1 实验整体设计思路20
• 2.2 实验材料20-21
• 2.2.1 实验仪器和软件20
• 2.2.2 实验试剂和材料20-21
• 2.3 实验方法的建立21-27
• 2.3.1 引物的设计与制备21-24
• 2.3.2 新鲜组织中总DNA的提取24-25
• 2.3.3 DNA样本的重亚硫酸盐转化25-26
• 2.3.4 新鲜组织中总RNA的提取26-27
• 2.3.5 实验结果与分析27
• 2.4 本章小结27-28
• 第三章 MGMT基因启动子区域SNP与甲基化的检测28-44
• 3.1 MGMT启动子区域SNP检测28-33
• 3.1.1 SNP检测方法与原理28
• 3.1.2 实验仪器和试剂28
• 3.1.3 实验具体过程28-30
• 3.1.4 实验结果与分析30-33
• 3.2 MGMT基因启动子区域甲基化的检测33-42
• 3.2.1 甲基化检测方法与原理33-34
• 3.2.2 实验仪器和试剂34
• 3.2.3 实验具体过程34-36
• 3.2.4 实验结果与分析36-42
• 3.3 本章小结42-44
• 第四章 MGMT基因表达的检测及结果的相关性分析44-56
• 4.1 检测方法与原理44-45
• 4.2 实验仪器和试剂45
• 4.3 实验具体过程45-46
• 4.4 实验结果46-49
• 4.5 数据分析49-54
• 4.5.1 与表达相关的MGMT基因甲基化位点分析49-52
• 4.5.2 SNP位点基因型与基因甲基化、表达的相关性分析52-53
• 4.5.3 IDH1突变与MGMT基因表达的相关性分析53-54
• 4.6 本章小结54-56
• 全文总结56-57
• 参考文献57-64
• 攻读硕士学位期间参加的主要科研项目64-65
• 致谢65-66

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前6条

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本文编号：865827