先天性小耳畸形microRNA表达谱及候选靶基因的研究

发布时间：2018-07-06 06:47

  本文选题：先天性小耳畸形 + miRNA　； 参考：《复旦大学》2012年硕士论文

【摘要】：目的：通过检测畸形小耳组织和正常耳组织中miRNA表达情况,预测差异性miRNA的候选靶基因并进行验证,研究miRNA及其靶基因在先天性小耳畸形发生过程中的分子作用机制。 方法：选取畸形小耳组织9例和正常耳组织3例,通过北京博奥公司Affymetrix GeneChip~(?)iRNA2.0Array对miRNA表达谱进行检测。对芯片结果采用poly(A)RT-PCR技术于58例畸形小耳组织和18例正常耳组织中进行扩大样本验证。预测差异性miRNA的候选靶基因并于组织mRNA水平进行验证。 结果：(1)通过芯片技术明确了畸形小耳组织的miRNA表达谱,发现11个miRNA在畸形小耳组织中具有差异性表达。表达上调的有6个,分别是miR-16, miR-140-3p, miR-126, miR-185, miR-451和miR-486-5p,表达下调的有5个,分别是miR-203, miR-205, miR-200c, miR-708和miR-1308。扩大样本后行poly(A)RT-PCR验证并发现miR-486-5p和miR-451在畸形小耳组织中表达上调,miR-200c表达下调(p0.05)。(2)通过生物信息学平台预测出一批差异性miRNA的候选靶基因并于组织mRNA水平进行验证,发现miR-451和miR-200c共同预测的靶基因OSR1在畸形小耳组织中表达上调(p0.01), miR-200c预测的靶基因TRPS1表达下调(p0.0001)。 结论：miR-486-5p, miR-451和miR-200c在畸形小耳组织中的差异性表达可能是小耳畸形发生的原因之一。OSR1和TRPS1基因作为差异性miRNA的候选靶基因在本病的发生过程中发挥了一定的作用。
[Abstract]:Aim: to study the molecular mechanism of miRNA and its target genes in the development of congenital microtia by detecting the expression of miRNA in deformed small ear tissue and normal ear tissue, predicting and verifying the candidate target genes of differential miRNA. Methods: miRNA expression profiles were detected in 9 cases of deformed small ear tissue and 3 cases of normal ear tissue by Affymetrix Gene Chip- iRNA 2.0Array of Beijing Boao Company. The microarray results were verified by poly (A) RT-PCR in 58 cases of malformed small ear tissue and 18 cases of normal ear tissue. Candidate target genes for differential miRNA were predicted and verified at tissue mRNA level. Results: (1) the microarray technique was used to identify the miRNA expression profile of the deformed small ear tissue, and 11 miRNAs were found to be differentially expressed in the deformed small ear tissue. The expression of miR-16, miR-140-3p, miR-126, miR-1855, miR-451 and miR-486-5pwere up-regulated, and the down-regulated ones were miR-203, miR-205, miR-200c, miR-708 and miR-1308. Poly (A) RT-PCR was performed to verify the expression of miR-486-5p and miR-451 in deformed small ear tissue. The down-regulated expression of miR-200c (p0.05). (2) was predicted by bioinformatics platform and verified at the tissue level. It was found that the target gene OSR1 of miR-451 and miR-200c was up-regulated (p0.01) and the target gene TRPS1 of miR-200c was down-regulated (p0.0001). Conclusion the differential expression of miR-486-5p, miR-451 and miR-200c may be one of the reasons for the development of microauricular malformation. OSR1 and TRPS1 genes may play a role in the pathogenesis of the disease as candidate genes for differential miRNA.
【学位授予单位】：复旦大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2012
【分类号】：R764

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本文编号：2101851