蒿属花粉过敏性鼻炎患者外周血有核细胞DNA甲基化相关位点的筛选

发布时间：2020-09-29 22:05

　　 目的:拟通过对蒿属花粉过敏性鼻炎患者外周血有核细胞进行全基因组甲基化测序分析,筛选与过敏性鼻炎相关的DNA甲基化差异位点,为研究过敏性鼻炎发生及发展机制提供依据,并为涉及过敏性猝死的法医学鉴定提供思路。方法:实验分为2组,蒿属花粉过敏性鼻炎组9例,健康对照组9例;采集外周静脉血血10ml。过敏性鼻炎患者及健康对照组各3例,进行全基因组甲基化测序分析,包括测序深度及覆盖率、比对到基因组、CG甲基化统计、差异甲基化区域(DMR)分析、差异甲基化区域注释。对测序分析得到的差异甲基化位点通过R语言进行随机森林分析,进一步筛选出显著差异位点。蒿属花粉过敏性鼻炎患者及健康对照组各6例对筛选获得DNA甲基化差异位点进行PCR验证。结果:(1)本次测序各样本平均测序覆盖度达91.71%,平均测序深度11.41;测序样本比对到基因组,各样本比对率平均约78.9%。(2)通过生物学信息分析及R语言随机森林包统计分析筛选出与蒿属花粉过敏相关DNA甲基化差异位点62个。(3)进一步设限筛选获得与蒿属花粉过敏相关DNA甲基化差异位点3个。结论:(1)蒿属花粉过敏性鼻炎患者与健康人群外周血有核细胞DNA甲基化存在差异。(2)SEC63、RUNX1T1、SMARCA2甲基化异常参与了过敏性鼻炎的发病过程。
【学位单位】：山西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R765.21
【部分图文】：

测序深度是指原始数据经过滤后生成的高质量序列总量与基因组大小的比值，它可以用作评估测序质量的指标，测序深度越深，测序错误率及假阳性出现概率越小。1.2.6.2 比对到基因组(Mapping)参照基因组：GRCh38ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/fasta/homo_sapiens/dna/参照基因组注释：Ensembl89ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/genbank/homo_sapiens/分析软件：Bismark0.19.0http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/Bowtie22.2.3http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtmlBismark【10】通过 Bowtie2【11-12】将 reads 比对到基因组，并识别碱基颠换事件，最后分类、统计，原理如图 1 所示：

山西医科大学硕士学位论文1.2.6.3 基因区域甲基化分布统计参照基因组注释：Ensembl89ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/genbank/homo_sapiens/分析软件： RSeQC 2.5 http://rseqc.sourceforge.net 通过 RSeQC【13】统计甲基化分布在基因不同区域的情况1.2.6.4 甲基化事件检测及测序覆盖度、深度统计Bismark 检测识别甲基化事件的原理如图 2 所示：

11图 3.测序数据单碱基质量分布图Figure3.Single base mass distribution map of sequencing data注：X 轴是 reads 中碱基的位置（5’>3’），Y 轴是该位点的碱基 Q 值统计。红色的线为中位数，蓝色的线为平均数，黄色的长方形为 25%-75%区间，触须为 10%-90%区间。通常来说，reads 两端的碱基质量较低，中间部分的碱基质量较高。本次测序大部分序列的 Q值＞ 20 ，说明测序质量较好。2.1.2 Base content 分布检验测序数据是否存在 GC、 AT 分离的情况，可用 Base content 分布来判断。一般这种现象在建库和测序过程中引入，对之后的生物信息分析结果产生干扰。本次测序的 Base

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 卢碧章;何益琼;柯希振;;观察三伏贴治疗过敏性鼻炎100例临床效果[J];临床医药文献电子杂志;2019年41期

2 刘敬春;;过敏性鼻炎治疗体会[J];中国水电医学;2008年02期

3 王兆宽;卢俊;;微波治疗过敏性鼻炎43例[J];中国水电医学;2001年06期

4 吴向文;;肥胖与儿童过敏性鼻炎发生的相关性分析[J];山西大同大学学报(自然科学版);2019年01期

5 孟建华;;过敏性鼻炎的诊断与治疗新进展[J];中国处方药;2019年03期

6 于少丽;;过敏性鼻炎验案一则[J];内蒙古中医药;2018年02期

7 徐文颉;;过敏性鼻炎的治疗进展[J];临床医药文献电子杂志;2018年13期

8 徐文颉;;过敏性鼻炎的治疗进展[J];影像研究与医学应用;2018年10期

9 宋昱;;应对过敏性鼻炎 记住4个字[J];江苏卫生保健;2018年08期

10 于连政;尚德高;叶茜雯;佟爽;秦怡;阎佳宁;褚发君;赵希全;程蕾;张勇;吴明;;辽宁省40岁以上城乡居民自报过敏性鼻炎患病率及影响因素分析[J];环境与健康杂志;2018年05期

相关会议论文 前10条

1 范业忠;赵哲;张晓臣;;过敏性鼻炎飞行人员在疗养中的干预措施[A];第八次全国中西医结合变态反应学术会议暨首届深圳市中西医结合变态反应学术会议暨第十届深圳呼吸论坛论文汇编[C];2016年

2 戎姣;李镜;张建英;;督灸治疗过敏性鼻炎38例[A];中国中医药研究促进会针灸康复分会第二届学术年会暨山东针灸学会第九届学术年会论文集[C];2017年

3 沈子策;孙海波;;鼻炎贴穴位贴敷治疗过敏性鼻炎100例临床观察[A];中华中医药学会耳鼻喉科分会第二十三次学术年会、世界中联耳鼻喉口腔科专业委员会第九次学术年会论文集[C];2017年

4 曾曾;;中医论治过敏性鼻炎[A];中华中医药学会耳鼻喉科分会第二十三次学术年会、世界中联耳鼻喉口腔科专业委员会第九次学术年会论文集[C];2017年

5 周燕青;曹兰芳;郭茹茹;励乐萍;方慧芬;;过敏性鼻炎对儿童系统性红斑狼疮病情的影响与干预的研究[A];第十三届江浙沪儿科学术会议暨2016年浙江省医学会儿科学学术年会论文汇编[C];2016年

6 范业忠;赵哲;张晓臣;;过敏性鼻炎飞行人员在疗养中的干预措施[A];第七次全国中西医结合变态反应学术会议、辽宁省首届中西医结合变态反应学术会议、沈阳军区首届免疫学及变态反应学术会议论文汇编[C];2015年

7 程雷;;过敏性鼻炎的临床诊治[A];第七次全国中西医结合变态反应学术会议、辽宁省首届中西医结合变态反应学术会议、沈阳军区首届免疫学及变态反应学术会议论文汇编[C];2015年

8 梁德法;;中西医结合治疗小儿过敏性鼻炎68例疗效分析[A];第四届中国中西医结合变态反应学术会议论文汇编[C];2009年

9 周颖;侯军华;赵淑萍;刘珂芳;;过敏性鼻炎患者致敏因素调查分析及干预对策[A];中华护理学会2009全国五官科护理学术交流暨专题讲座会议论文汇编[C];2009年

10 刘畅;李建国;杨炯;李清泉;黄毅;;骨桥蛋白在人过敏性鼻炎粘膜炎症中的表达[A];第三届重症医学大会论文汇编[C];2009年

相关重要报纸文章 前10条

1 本报见习记者 刘秀清;我市治疗过敏性鼻炎可医保报销[N];榆林日报;2019年

2 上海中医药大学附属龙华医院耳鼻喉科 兰家辉 郑荣华;预防过敏性鼻炎[N];上海中医药报;2019年

3 王建国 付涛;过敏性鼻炎的5个认识误区[N];中国医药报;2019年

4 王碧辉 山东省济宁市中医院;如何远离过敏性鼻炎[N];中国中医药报;2018年

5 记者 王潇雨;我国过敏性鼻炎患者6年增1亿[N];健康报;2018年

6 北京中医药大学东方医院儿科主任医师 郝宏文;儿童过敏性鼻炎该如何用药[N];健康报;2018年

7 本报记者 于娟;如何应对过敏性鼻炎[N];中国医药报;2018年

8 江西主任医师 周仲藩;别把感冒和过敏性鼻炎混淆[N];家庭医生报;2016年

9 北京大学第一医院耳鼻咽喉头颈外科副主任医师 丛铁川;春天到 过敏性鼻炎来了[N];健康报;2017年

10 唐山市中医医院针灸推拿科副主任中医师 黄玮宏;春季怎么缓解过敏性鼻炎[N];健康报;2017年

相关博士学位论文 前10条

1 陈晟;“疏肝调神”针刺法治疗过敏性鼻炎的综合疗效评价[D];北京中医药大学;2014年

2 杨一兵;PM_(2.5)暴露与过敏性鼻炎患者JAK/STAT通路活化及相关炎性因子表达水平的关联性研究[D];中国疾病预防控制中心;2018年

3 周登棋;低功率氦氖激光照射内迎香穴治疗过敏性鼻炎的临床研究[D];广州中医药大学;2017年

4 杨笔强;激光照射治疗过敏性鼻炎的临床研究[D];广州中医药大学;2017年

5 王静云;电针对过敏性鼻炎动物模型的干预作用及其免疫学机制研究[D];广州中医药大学;2005年

6 陈R

本文编号：2830327