分离自手足口病和疱疹性咽峡炎患者的柯萨奇病毒A组10型病毒的基因特征及差异分析
发布时间:2020-12-25 15:42
目的比较2株分离自手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)和疱疹性咽峡炎(herpangina,HA)患者粪便样品中的柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CA10)全基因组差异及基因特征,探讨基因突变可能导致的临床症状差异。方法收集昆明市儿童医院经实时荧光定量PCR检测结果为CA10阳性的HFMD及HA患者粪便样品,在敏感细胞人横纹肌瘤细胞(rhabdomyoma,RD)上培养并分离出CA10。设计特异性引物扩增获得CA10全基因序列,通过BioEdit软件比较分离自HFMD及HA患者的CA10基因序列核苷酸与编码氨基酸之间的差异。从NCBI基因库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)中下载CA10 VP1基因序列作为参考序列,系统进化树分析分离获得的昆明CA10流行株的进化情况及来源。结果分离自HFMD和HA患者的CA10-HFMD和CA10-HA的VP1区域核苷酸同源性为99. 1%,氨基酸同源性为99. 8%,且存在2个非同义突变位点;全基因序列核苷酸同源性为98. 9%,编码区氨基酸同源性为99....
【文章来源】:中国生物制品学杂志. 2020年08期
【文章页数】:7 页
【部分图文】:
CA10感染RD细胞后的CPE观察(×10)
CA10基因PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳鉴定,在738 bp处可见特异性扩增条带,见图2,经测序和BLAST比对分析确认为CA10。利用设计好的全基因引物,经PCR扩增,成功获得CA10全基因片段,见图3,经双向测序和拼接获得来自HFMD和HA患者的CA10全基因序列CA10-HFMD和CA10-HA。2.3 CA10-HFMD与CA10-HA基因序列及特征分析
图3 CA10全基因序列的PCR扩增产物电泳图Fig 3.Electrophoretic profile of PCR product of whole CA10 genome图4 CA10原型株(AY421767)及2株昆明CA10分离株的编码区(CDS)氨基酸序列比较
本文编号:2937943
【文章来源】:中国生物制品学杂志. 2020年08期
【文章页数】:7 页
【部分图文】:
CA10感染RD细胞后的CPE观察(×10)
CA10基因PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳鉴定,在738 bp处可见特异性扩增条带,见图2,经测序和BLAST比对分析确认为CA10。利用设计好的全基因引物,经PCR扩增,成功获得CA10全基因片段,见图3,经双向测序和拼接获得来自HFMD和HA患者的CA10全基因序列CA10-HFMD和CA10-HA。2.3 CA10-HFMD与CA10-HA基因序列及特征分析
图3 CA10全基因序列的PCR扩增产物电泳图Fig 3.Electrophoretic profile of PCR product of whole CA10 genome图4 CA10原型株(AY421767)及2株昆明CA10分离株的编码区(CDS)氨基酸序列比较
本文编号:2937943
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