全外显子组测序和目标序列靶向捕获测序在遗传性视网膜变性基因诊断中的差异

发布时间：2021-08-04 23:48

　　目的:对比外显子组测序（whole exome sequencing,WES）和目标序列靶向捕获测序检测中国遗传性视网膜变性（inherited retinal dystrophies,IRDs）患者致病基因变异的差异。方法:收集182例IRDs家系,所有先证者均接受系统的眼科检查和必要的全身检查,采集患者及家属血样并提取基因组DNA。按照就诊的时间顺序将患者平均分为两组,一组91例接受WES,另一组91例应用本课题组设计并定制的"遗传性眼病基因诊断芯片"（hereditary eye disease enrichment panel,HEDEP）进行IRDs致病基因外显子区域靶向捕获测序。对候选致病基因用Sanger测序进行验证,并对家系成员进行共分离分析,使用多重连接依赖的探针扩增技术对拷贝数变异进行验证,针对二代测序捕获效率低的区域如RPGR ORF15区,应用Sanger测序补充检测。根据美国医学遗传学与基因组学学会和分子病理学协会（American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for... 

【文章来源】：北京大学学报(医学版). 2020,52(05)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

182例IRDs家系的临床资料

检测到81例家系携带了29个IRDs基因的致病或可能致病的基因突变

在HEDEP诊断阳性的51例IRDs家系中，携带复合杂合突变的家系有32例，携带纯合突变和半合子突变的各8例，携带杂合突变的3例。此次共检测到20个IRDs致病基因上的83个致病的及可能致病的突变，最常见的3个致病基因为ABCA4(11例)、USH2A(8例)和RPGR(7例)。由HEDEP初次发现的致病突变共29个(34.94%)。值得一提的是，HEDEP检测到ABCA4基因的一个CNV，提示HEDEP具有更优越地检测CNVs的潜力。患者1，女性，11岁，临床诊断为Stargard病，HEDEP发现患者携带ABCA4基因杂合突变c.2909C>T(p.T970I)，同时患者在外显子38～44(E 38～44)靶向捕获测序覆盖度较其他样本明显增加，怀疑存在E 38～44大片段插入突变。Sanger测序验证发现患者携带父源ABCA4基因c.2909C>T杂合突变;MLPA验证显示患者携带母源ABCA4基因E 38～44 dup突变(图3);HEDEP制备的目标基因捕获探针可准确捕获并富集基因，覆盖441个遗传性眼病基因的全部外显子区(包含291个IRDs致病基因)，获得的测序数据更具有针对性。目标区域平均测序深度(91例先证者)为414.60;99.44%目标区域≥10×覆盖度，99.04%目标区域≥20×覆盖度，97.90%目标区域≥50×覆盖度(图4)。2.3.2 WES检测


本文编号：3322630