单细胞RNA测序揭示和鉴定小鼠眼睛主要细胞类型标志物

发布时间：2021-08-13 20:41

　　眼睛是视觉系统的器官,具有接收和处理视觉细节的能力。它们检测到光信号后将其转换为神经元中的电化学脉冲,然后传递给大脑。先前的一些研究已经揭示了视网膜内的细胞类型,但是,并没有研究聚焦于眼球中的细胞类型以及它们在视觉系统中的作用。此外,还存在着许多遗传性眼睛疾病,对于这些疾病的研究与认知尚需加深。在本文中,我们使用单细胞RNA测序的手段来处理实验小鼠,通过剥取所需的实验小鼠巩膜以内眼睛组织,将其制备成单细胞悬液,进行单细胞RNA测序。获得实验数据后,我们对实验组中表达量较高的基因进行了分析,并查阅相关文献,找出了眼睛组织里不同的细胞类型已经被报道过的标记基因和富集表达的基因。此外,我们将对照组小鼠巩膜以内眼睛组织进行冰冻切片来做抗体验证实验,并重复相关验证实验,来了解不同的标记基因在眼睛组织各部位的表达情况,以期找到巩膜以内眼睛组织的新标记基因,综合探讨小鼠巩膜以内眼睛组织的主要细胞类型及阐明与眼睛疾病相关的视觉生物学和基因表达模式。通过单细胞RNA测序,我们从实验组中获得了巩膜以内眼睛组织的1831个单细胞以及18237个表达的基因。在数据分析中通过t分布随机邻域嵌入发现了14个不同的... 

【文章来源】：电子科技大学四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：42 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

通过t-SNE识别的14个细胞簇以及鉴定出的细胞类型利用LoupeCellBrowser软件，我们分析了每个细胞的差异表达基因，并得到了显著差异表达基因的heatmap(热图，热图可以展现数据的差异性，特别是面对

电子科技大学硕士学位论文4细胞的数量之和最高，约占细胞总数的58%。RGCs和αRGCs数量之和约占细胞总数的18%，是第二大的细胞簇。VECs数量最少，仅占细胞总数的1.2%。图2-214种细胞类型中显著差异表达基因的热图图2-314种细胞类型中的一些新标志物和已知标志物本文的研究还证实了眼球中14种细胞类型的细胞标记（如图2-3所示），例如文献中报道过的视锥细胞标志物Opn1mw[1]、Arr3[2]和Pde6c[10]，此外，笔者发现候选标记基因Gnat2，Kcne2和Pgc在视锥细胞中也有特异性表达。在本研究中还可以证实RGCs的标记基因Thy1[5]，并发现候选标记基因Clec3b在RGCs中富集表达。对于晶状体细胞标志物，除了Bfsp1[11]、Crygn[12]和其他已报道过的晶体蛋白家族基因外，还筛选出了候选标记基因Lctl。此外，笔者利用测序获得的数据结果证实了αRGCs的标记基因Spp1[13]和Kcng4[13]，并发现候选标记基因Edn3在

电子科技大学硕士学位论文4细胞的数量之和最高，约占细胞总数的58%。RGCs和αRGCs数量之和约占细胞总数的18%，是第二大的细胞簇。VECs数量最少，仅占细胞总数的1.2%。图2-214种细胞类型中显著差异表达基因的热图图2-314种细胞类型中的一些新标志物和已知标志物本文的研究还证实了眼球中14种细胞类型的细胞标记（如图2-3所示），例如文献中报道过的视锥细胞标志物Opn1mw[1]、Arr3[2]和Pde6c[10]，此外，笔者发现候选标记基因Gnat2，Kcne2和Pgc在视锥细胞中也有特异性表达。在本研究中还可以证实RGCs的标记基因Thy1[5]，并发现候选标记基因Clec3b在RGCs中富集表达。对于晶状体细胞标志物，除了Bfsp1[11]、Crygn[12]和其他已报道过的晶体蛋白家族基因外，还筛选出了候选标记基因Lctl。此外，笔者利用测序获得的数据结果证实了αRGCs的标记基因Spp1[13]和Kcng4[13]，并发现候选标记基因Edn3在


本文编号：3341102