基于蚁群算法的基因位点组合与眼压数据的相关性分析

发布时间：2022-01-27 05:25

　　设计了一种蚁群算法,用于进行基因多位点组合与连续型表型的关联分析。在欧洲生物信息学研究所发布的一项基因及眼压的数据集上,评估了本文设计方法的性能,实验结果表明,利用本文设计的蚁群算法能够发现与眼压显著相关的基因双位点组合,这为研究青光眼的发病机制提供了新的线索。另外,对于研究其他疾病的多位点组合和连续型表型的关联,本文设计的蚁群算法提供了一种新的思路。 

【文章来源】：北京化工大学学报(自然科学版). 2020,47(04)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

覆盖前750个组合次数随迭代次数增加的变化

图2(a)展示了秩和检验P值小于1×10-2的结果在染色体上分布的热图,图中色块的灰度深浅代表位点对的多少。横纵坐标为位点所在染色体位置编号(1～21),组成位点分别位于横纵坐标标示的染色体上。图2(b)是将图2(a)的内容反映在点和边上的分布图,图中节点度数代表两位点在同一染色体的结果个数,有2对双位点组合的组成位点都在2号染色体上;3号和11号染色体各有1对双位点组合的组成位点都在同一染色体上;其余染色体不包含双位点组合的组成位点都位于同一染色体的情况。图2(b)中连接各节点的边的粗细代表组成双位点组合的各位点分别位于两不同染色体的组合个数。如图2(b)所示,最粗的一条边(染色体之间双位点组合最多)在1号染色体和3号染色体之间,包含8对双位点组合;其次为2号染色体和6号染色体之间的边,包含6对双位点组合。图2表明,137对显著双位点组合涉及2号染色体的个数最多,因此对涉及到2号染色体位点的所有结果进行了分析,发现2号染色体基因LOC107985962上的位点与其他11个染色体上的位点组成了显著性较高的组合。其中包括位点rs7742590,该位点与基因FOXC1都位于6号染色体,且距离基因FOXC1大约1 600万个碱基。据文献[12]报道,6号染色体上基因FOXC1被怀疑与POAG发病高度相关。

【参考文献】：
期刊论文
[1]非编码区单核苷酸多态性与眼部疾病关系的研究进展[J]. 戎晗,顾珊珊,张国伟,康丽华,管怀进.  眼科新进展. 2016(04)
[2]原发性先天性青光眼的遗传学研究进展[J]. 陈宇虹,孙兴怀.  国际眼科纵览. 2006(02)
[3]北京农村及城市特定人群原发性开角型青光眼的患病率调查及其筛查方法评价[J]. 徐亮,陈建华,李建军,杨桦,张蓉秀,孙秀英,郑远远,宋维贤,施玉英,张士元,孙葆忱,赵家良,马斌荣,罗灵.  中华眼科杂志. 2004(11)
[4]青光眼住院病人的构成及变化[J]. 林明楷,葛坚,陈慧怡,余克明.  中国实用眼科杂志. 2003(12)
[5]青光眼防治工作中面临的问题与挑战[J]. 葛坚.  中华眼科杂志. 2002(06)
[6]青光眼的研究进展与发展趋势[J]. 葛坚.  中华眼科杂志. 2000(03)



本文编号：3611853