SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省特有少数民族非综合征型耳聋患者常见聋病基因及高危新生儿聋病基因的对比分析研

发布时间：2017-06-06 10:23

  本文关键词：SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省特有少数民族非综合征型耳聋患者常见聋病基因及高危新生儿聋病基因的对比分析研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的：比较SNPscan法与Sanger测序法对甘肃省特有少数民族非综合征型耳聋患者进行常见聋病基因检测的优缺点。方法：本课题选取甘肃省东乡族(122例)、裕固族(11例)、保安族(18例)三个特有少数民族151例中度至极重度感音神经性聋患者为研究对象,在知情同意的前提下,抽取静脉血,用磁珠法提取基因组DNA,应用SNPscan法对GJB2、SLC26A4和mtDNA常见115个突变位点进行筛查。结果：1、SNPscan法对甘肃省特有少数民族151例非综合征型耳聋患者进行GJB2基因、mtDNA A1555G和mtDNA C1494T、SLC26A4基因常见115个突变位点筛查,上述三个基因总检出率为23.18%(35/151),其中东乡族、裕固族、保安族的检出率分别为21.31%(26/122)、54.54%(6/11)、16.67%(3/18)。2、东乡族122例患者的致病突变率为11.48%(14/122),等位基因频率为17.21%(42/244),其中c.299_300delAT的等位基因频率最高,为4.51%(11/244)。裕固族11例患者的致病突变率为45.45%(5/11),等位基因频率为59.09%(13/22),其中c.35de1G的等位基因频率最高,为18.18%(4/22)。保安族18例患者的致病突变率为5.56%(1/18),等位基因频率为11.11%(4/36),其中c.109GA的等位基因频率最高,为5.56%。3、东乡族122例非综合征型耳聋患者GJB2基因的致病突变率为9.83%(12/122),等位基因频率为13.11%(11/244),其中c.299_300delAT的等位基因频率最高,为4.51%(11/244)。裕固族11例非综合征型耳聋患者GJB2基因的致病突变率为36.36%(4/11),等位基因频率为40.91%(9/22),其中c.35de1G的等位基因频率最高,为18.18%(4/22)。保安族18例非综合征型耳聋患者GJB2基因的致病突变率为5.56%(1/18),等位基因频率为11.11%(4/36),其中c.109GA的等位基因频率最高,为5.56%(2/36)。结论：1、本研究应用SNPcan方法对甘肃省东乡族、裕固族、保安族151例非综合征型耳聋患者进行GJB2、SLC26A4、mtDNA三个聋病基因的常见115个突变位点进行检测,证实了该方法在基因检测中具有低成本、高通量、高准确性的优势,是一种适合甘肃特有少数民族非综合征型耳聋患者常见聋病基因筛查的方法。2、甘肃省特有少数民族非综合征型耳聋患者的热点突变存在差异,在GJB2基因的筛查中,东乡族突变频率最高,裕固族次之,保安族最低,差异具有统计学意义；对SLC26A4基因筛查,只在东乡族检测出有突变；mtDNA基因突变在裕固族中检测出有1例突变。3、SNPscan法与传统的只检测GJB2基因的第二个外显子Sanger测序法相比较,工作量较轻,耗费时间短,通量较高,成本较低,具有更高的检出率,得到更多的有意义的突变位点,降低了假阴性率,因此在进行全部外显子测序前先进行SNPscan法筛查显得更有意义。4、SNPscan法能够检测出单核苷酸的拷贝数变异,而传统的Sanger测序法则不能,拷贝数变异可能会导致耳聋,相对于传统的Sanger测序提高了疾病诊断的阳性率。目的：比较SNPscan法与Sanger测序法在甘肃省部分高危新生儿聋病基因筛查中的优缺点。方法：本课题选取甘肃省兰大二院、省人民医院、省妇幼保健医院、天水市妇幼保健医院四所医院重症监护室100新生儿为研究对象,在签署知情同意书的前提下,对新生儿进行听力筛查,并抽取静脉血,用磁珠法提取基因组DNA,应用SNPscan方法对GJB2、SLC26A4和mtDNA常见115个突变位点进行筛查。结果：1、本研究用SNPscan方法对甘肃省重症监护室100例新生儿进行GJB2基因、mtDNA A1555G和mtDNA C1494T、SLC26A4基因常见115个突变位点筛查,上述三个基因总检出率为14%。本研究共明确了2例新生儿携带有A1555 G均质性突变,还检测出了6例c.109GA、1例c.919-2AG、1例同时携带有c.235delC与c.919-2AG、1例c.1174AT、1例c.2027TA、1例c.299_300delAT、1例c.571TC单杂合突变。2、重症监护室的100例新生儿致病突变阳性率为2%,突变等位基因检出率为8.5%,其中c.109GA等位基因频率最高,为3%,其次为A1555G,等位基因频率为2%,再次为c.919-2AG,最后为c.235de1C、c.1174AT、c.2027TA、 c.299_300delAT、c.571TC,等位基因频率分别为1%、0.5%、0.5%、0.5%(1/200)、0.5%、0.5%。结论：1.本次研究采用SNPscan法对甘肃省重症监护室100例新生儿针对GJB2、SLC26A4、mtDNA三个常见聋病基因的常见115个突变位点进行检测,最终明确了2例新生儿存在A1555G均质性突变,还检测出了6例c.109GA、1例c.919-2AG、1例同时携带有c235de1C与c.919-2AG、1例c.1174AT、1例c.2027TA、1例c.299_300delAT、1例c.571TC单杂合突变,三个常见聋病基因的致病突变检出率为2%,等位基因检出率为8.5%。2.相对于课题组以往采用的Sanger测序法,SNPscan法在降低测序成本的同时,速度、通量都得到了巨大提高,而且其操作简便,大大提高了对聋病基因的筛查效率,是一种适合甘肃省新生儿的大规模聋病基因筛查的方法。
【关键词】：SNPscan Sanger GJB2 mtDNA A1555G mtDNA C1494T SLC东乡族 裕固族 保安族 突变 耳聋 SNPscan Sanger 耳聋 重症监护室 高危因素 新生儿 GJB2 SLC26A4 mtDNA C1494T mtDNAA1555G
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R764.43
【目录】：

• 第一部分 中文摘要3-5
• The First Part Abstract5-7
• 第二部分 中文摘要7-8
• The Second Part Abstract8-10
• 英文缩略河表10-15
• 第一部分15-51
• 第一章 前言15-17
• 第二章 材料及方法17-30
• 2.1 研究对象17
• 2.1.1 入选标准17
• 2.1.2 排除标准17
• 2.2 研究对象资料采集17-19
• 2.2.1 病史资料采集17-18
• 2.2.2 耳鼻咽喉及全身检查18
• 2.2.3 听力学检查18
• 2.2.4 血样采集18-19
• 2.3 检测和评估标准19-20
• 2.3.1 仪器19
• 2.3.2 听力学检测标准19
• 2.3.3 听力学评估19-20
• 2.4 实验材料20-21
• 2.4.1 试剂及仪器20-21
• 2.5 相关互联网网站和软件21
• 2.6 实验方法21-30
• 2.6.1 磁珠法提取基因组DNA21-22
• 2.6.2 基因组DNA的检测分析22-23
• 2.6.3 SNPscan法针对GJB2、mtDNA、SLC26A4基因进行检测23-24
• 2.6.4 Sanger测序法针对GJB2、mtDNA、SLC26A4基因进行检测24-29
• 2.6.5 统计学分析29-30
• 第三章 结果30-41
• 3.1 临床资料结果30-31
• 3.1.1 研究对象性别、年龄分布30
• 3.1.2 各民族听力损失分级情况30-31
• 3.2 GJB2、SLC26A4和mtDNA基因突变检测结果31-41
• 3.2.1 应用SNPscan法对各族进行常见聋病基因检测的结果31-32
• 3.2.2 Sanger测序法对各民族进行常见聋病基因检测的结果32-33
• 3.2.3 Sanger测序法各族基因突变等位基因数检测结果33-34
• 3.2.4 应用SNPscan法对各民族进行GJB2基因检测的结果34-35
• 3.2.5 应用Sanger测序法对各民族进行GJB2基因检测的结果35
• 3.2.6 应用SNPscan法对各民族进行SLC26A4基因检测的结果35-36
• 3.2.7 应用Sanger测序法对各民族进行SLC26A4基因检测的结果36
• 3.2.8 应用SNPscan法对各民族进行mtDNA基因检测的结果36
• 3.2.9 应用Sanger测序法对各民族进行mtDNA基因检测的结果36-37
• 3.2.10 SNPscan法对各民族基因突变位点检测截图37-38
• 3.2.11 Sanger测序法SNPscan法对各民族基因突变位点检测截图38-39
• 3.2.12 统计学分析39-41
• 第四章 讨论41-46
• 4.1 SNPscan法在甘肃特有少数民族常见聋病基因筛查的流行病学分析41-42
• 4.2 SNPscan法与Sanger测序法在甘肃特有少数民族常见聋病基因筛查的对比研究42-46
• 第五章 结论46-47
• 第一部分 参考文献47-51
• 第二部分51-68
• 第一章 前言51-54
• 第二章 材料及方法54-58
• 2.1 研究对象54
• 2.1.1 入选标准54
• 2.1.2 排除标准54
• 2.2 研究对象资料采集54-55
• 2.2.1 病史资料采集54-55
• 2.2.2 耳鼻咽喉及全身检查55
• 2.2.3 血样采集55
• 2.3 检测和评估标准55
• 2.4 实验材料55-56
• 2.4.1 仪器及试剂55-56
• 2.5 相关互联网网站及软件56
• 2.6 实验方法56-58
• 2.6.1 磁珠法提取基因组DNA56
• 2.6.2 基因组DNA的检测分析56-57
• 2.6.3 SNPsacn法针对GJB2,mtDNA、SLC26A4基因进行检测57
• 2.6.4 Sanger测序针对GJB2、mtDNA、SLC26A4基因进行检测57
• 2.6.5 统计学分析57-58
• 第三章 结果58-61
• 3.1 临床资料结果58
• 3.1.1 研究对象性别、年龄分布58
• 3.2 GJB2、mtDNA、SLC26A4基因突变检测结果58-59
• 3.2.1 SNPscan法在甘肃省重症监护室100例新生儿聋病基因筛查结果58-59
• 3.2.2 Sanger测序法对重症监护室1306例新生儿进行聋病基因筛查结果59
• 3.3 致病突变位点截图59-60
• 3.3.1 SNPscan法100例重症监护室新生儿mtDNA A1555G突变位点截图59-60
• 3.3.2 Sanger测序法对甘肃省1306例新生儿聋病基因筛查致病突变位点截图60
• 3.4 统计学分析结果60-61
• 第四章 讨论61-65
• 4.1 甘肃省重症监护室100例新生儿聋病基因筛查结果分析61-62
• 4.2 SNPscan法与Sanger测序法用于高危新生儿聋病基因检测的对比分析研究62-65
• 第五章 结论65-66
• 第二部分 参考文献66-68
• 个人简历68-69
• 致谢69

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 王秋菊;;新生儿听力及基因联合筛查——中国模式与未来发展[J];临床耳鼻咽喉头颈外科杂志;2014年22期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 张哲文;甘肃省10043例新生儿听力联合聋病易感基因筛查的分子流行病学研究[D];兰州大学;2012年

  本文关键词：SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省特有少数民族非综合征型耳聋患者常见聋病基因及高危新生儿聋病基因的对比分析研究，由笔耕文化传播整理发布。

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本文编号：426107