通过表达数量性状座位分析确定我国溃疡性结肠炎易感基因及其功能

发布时间：2019-07-26 10:48

【摘要】：溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)是一种反复发作的、肠道慢性炎症性疾病。其确切的发病机制目前还不清楚,考虑可能是由于环境、遗传、感染和免疫等多种因素共同作用导致。流行病学研究发现,西方白种人的发病率较高,而亚洲人的发病率较低;在犹太人群中,其发病率较非犹太人高2-4倍。UC病人一级亲属的发病风险增加:5.7-15.5%的溃结病人他们的一级亲属也同为此病人;双生子研究显示同卵双生子UC的患病一致率高于异卵双生子,达到了6-13%。这些均提示遗传因素在UC的发病中起重要作用。近年来,通过全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)发现IBD易感座位分布于13条染色体上。由于遗传异质性的存在,在东西方人群中存在很大差异。西方人群的易感位点多数与日本、韩国、中国等亚洲人群疾病易感性无关。文献报道,CARD15(也称为NOD2),IL23R和ATG16L1三个基因与欧洲和北美洲人克罗恩病的发病有关,而在日本人群中并无关系。日本进行一项GWAS研究确定了多个与日本人群UC有关的的易感位点,而这些位点在西方人群中未见报道。因此,寻找我国人群UC的易感位点成为了目前需要解决的问题。目前UC的GWAS研究已有9项,这些GWAS研究和最近的一项荟萃分析确定了47个UC易感位点,但是这些易感位点要么位于基因中的内含子区,要么位于基因间区或者为同义变异,其功能也是通过对基因注释推测得出的,在UC发病中的作用尚未确定。表达数量性状座位(expression quantitative trait loci,eQTL)即调节基因表达的染色体座位。eQTL分析是将基因表达水平当做一种数量性状,进而对影响基因表达的染色体座位进行分析和确定,从而确定影响基因表达水平的位点。eQTL分析可以确定与易感位点相关的基因表达差异,从而确定易感基因,为进一步的功能研究奠定基础。本研究以此为出发点,寻找我国UC人群的易感基因。目的:1.建立我国UC人群差异基因表达谱,为后续的功能学研究奠定基础。2.通过eQTL分析方法,验证后续试验的可行性。方法:1.收集24例UC患者病变部位结肠粘膜组织及24例健康对照者的正常结肠粘膜组织,应用Agilent公司人类全基因组表达谱芯片检测两样品间的mRNA,通过进一步的统计学分析找出两者间的差异表达基因,并对差异基因进行基因本体功能富集分析和通路分析,寻找与UC相关的基因。2.通过下载Hapmap数据库提供的北京汉族人表达谱数据和SNP数据,利用R软件提供的eQTL数据包,对这两组数据进行eQTL作图分析,验证此方法的可行性。结果:1.通过人类全基因组表达谱芯片我们共筛查出差异表达基因4132条,其中表达上调的基因2004条,表达下调的基因2128条。2.通过R软件提供的eQTL数据包,结合Hapmap数据库提供的汉族人SNP数据及表达谱数据进行分析验证。结论:表达数量性状位点分析方法用于易感基因的的筛选是可行的。为我们下一步的实验提供了一条新思路。
【学位授予单位】：第四军医大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R574.62

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本文编号：2519519