新疆回族、柯尔克孜族HBV基因型分布特点与基因组变异规律的相关性研究

发布时间：2019-08-05 17:53

【摘要】：研究目的：研究乙型肝炎病毒（HBV）在新疆地区回族和柯尔克孜族人群中的基因型分布情况并进行DNA定量分析，并探讨回族和柯尔克孜族人群中HBV基因型与C区变异相关性。 研究方法：1、收集新疆地区回族、柯尔克孜族HBV感染者血清，提取病毒DNA，应用荧光分型PCR（GQ-PCR）法与二代测序（NGS）技术进行HBV基因型分型检测，同时以实时荧光定量PCR法对其HBV DNA载量进行定量检测。2、探讨HBV基因型在两民族人群中的基因型分布特点，通过生物信息学手段将HBV C区的测序结果与GeneBank中的HBV参考株进行核苷酸同源性比对，绘制系统发生树，确定HBV C区的变异规律。3、分析各基因型及c区变异与慢性乙型肝炎病情的相关性。 研究结果：1、共收集了211例慢性HBV感染者，其中回族100例，包括男54例，女46例；柯尔克孜族111例，其中男56例，女55例，所有样本均以双抗体夹心ELISA法筛检证实HBsAg为阳性。2、HBV基因分型结果：成功分型94例回族样本中，B型7例，占7.44%；C型62例，占65.95%；D型20例，占21.27%；混合型5例，占5.32%。柯尔克孜族样本成功分型99例，其中B型10例，占10.10%；C型6例，占6.06%；D型75例，占75.76%；混合型8例，占8.08%。研究结果表明回族人群以C型为优势型，而柯尔克孜族人群则D型为优势型。3、HBV-DNA定量检测结果显示：HBV-DNA载量在3~10log10copies/ml之间，回族平均6.511.13log10copies/ml，柯尔克孜族平均5.67 1.04log10copies/ml。高、中、低拷贝组在两个人群中的分布有显著差异。4、基因变异分析结果显示：B、C、D三种基因型在BCP区和BP区的突变形式与突变频率不同，回族中A1762T和G1764A以C基因型突变率最高（45%和46%），D型次之（28%），B型最少（14%）；而G1896A、G1899A以D基因型突变率最高（66%和19%）。柯尔克孜族与回族在D基因型的突变频率表现相似。 结论：新疆地区回族和柯尔克孜族群体乙型肝炎病毒的基因型分布具有本民族的自身特点，其各基因型与C区变异的相关性也具有显著差异，研究结果提示在新疆多民族地区进行乙肝防治时，应该根据不同民族群体HBV所具有的基因型和基因变异特点与规律，采取不同的防治策略，有针对性的制定防控措施，有效降低新疆各族民众乙型肝炎的感染率和发病率，提高新疆各族人民的健康水平和卫生质量。
【图文】：

（9）弃去收集管，将离心柱放入一个干净的 2ml 收集管中；（10）小心的打开离心柱，加入 500μl 缓冲液 AW1， 8000rpm 离心 1 min；（11）弃去收集管及液体，将离心柱放入另一干净 2ml 收集管中，加入 500μl 缓液 AW2，14,000rpm 离心 3 min；（12）将离心柱放入干净的 1.5ml 离心管中，加入 200μl 缓冲液 AE，常温下放置min；（13）8000rpm 离心 1min，弃去离心柱，收集 DNA，-20℃保存备用。5 HBV 基因型检测5.1 实时定量 PCR 法检测 HBV 基因型本实验以 HBV 基因组中型特异性碱基的聚集区域为靶区域，在此区域内设计特的引物或探针扩增以区分不同的型别（所谓型特异性碱基是指各型在同一位置上各自对于其他型而异的碱基）。特异性引物和探针，配以热启动 DNA 聚合酶等成份组成酸扩增试剂, 使用荧光 PCR 仪进行 PCR 扩增，并检测荧光信号，，实现对未知样本的别检测。

新疆回族、柯尔克孜族 HBV 基因型分布特点与基因组变异规律的相关性研究一栏中设置样本名称；探针检测模式设置为：Reporter Dye1：FAM，Quencher Dye1：NONReporter Dye2：VIC ，Quencher Dye2：NONE，Reporter Dye3：CY5，Quencher DyNONE，Reporter Dye4：TEXAS RED，Quencher Dye2：NONE，Passive Reference：NO打开 instrument 窗口，设置循环条件：50℃ 2 分钟（1 个循环）→95℃ 15 分钟（1环）→94℃ 15 秒→55℃ 45 秒（收集荧光，45 个循环）。设置完成后，保存文件行程序。5.1.5．结果分析反应结束后自动保存结果，根据分析后图像调节 Baseline 的 Start 值、End 值Threshold 值（可根据实际情况自行调整，Start 值可以在 3～15、End 值可设在 5～在 Log 图谱窗口设置 Threshold 的 Value 值，使阈值线位于扩增曲线指数期,阴性质的扩增曲线平直或低于阈值线），点击 Analysis 自动获得分析结果，在此基础上，阈值线位置使所得标准曲线的 R2值最大即可在 Report 窗口读取检测结果。
【学位授予单位】：石河子大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R512.62

【参考文献】

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本文编号：2523252