利用cFDR方法识别克罗恩病和溃疡性结肠炎的关联变异位点
发布时间：2021-10-24 08:29
全基因组关联研究（Genome-wide association studies,GWAS）已经被广泛的应用到识别炎症性肠病（Inflammatory Bowel Disease,IBD）相关的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）,与IBD相关的GWAS主要包括研究与溃疡性结肠炎（Ulcerative Colitis,UC）和克罗恩病（Crohn’s Disease,CD）关联的SNPs以及研究与这两个疾病都关联的SNPs。目前为止,GWAS已经识别了超过200个基因位点和这两个疾病相关联。但是这些位点却只能解释这两个疾病遗传度中很少的一部分。要想从遗传角度更好的了解这两个疾病,就必须识别出更多与这两个疾病相关联的遗传变异位点,这就需要利用更加高效的数据分析方法,从现有的GWAS数据中挖掘出更多的信息,帮助我们更好地去了解这两个疾病。研究目的:利用高效的统计分析方法对IBD相关的GWAS数据进行二次挖掘,识别更多与UC和CD想关联的遗传变异位点。研究方法:使用的数据集是从国际炎症性肠病遗传学联合会官网上下载的炎症性肠病（Inflam...
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：169 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
cFDR方法应用技术路线图
结果3. 结果3.1 多效性的评估在以 UC 为条件时研究与 CD 相关联位点的分层条件 Q-Q 图中（如图 3.1），可以看到随着与 UC 对应 p 值的减小，SNP 对应的散点向左偏离对角线的程度在逐渐增大，这表明和 UC 关联性越强的 SNPs 与 CD 的关联性也越大，即如果某个 SNP 与 UC 是相关联的那么它和 CD 也相关联的可能性也越大。也就是说明在 UC 和 CD 之间存在很强的多效性富集现象，可以利用 TDR 和对多效性富集程度进行衡量，可知在 0.0001 分层基因富集程度最强。
结果3.2 UC 相关联位点和相关基因分析结果利用条件曼哈顿图展示了在以 CD 为条件下，利用 cFDR 方法识别出的与UC 相关联的 SNP（s如图 3.2）。结果显示，总共有 130 个 SNPs 的 cFDR 小于 0.01，且这些 SNP 分别位于 21 条常染色体上（分别为 CHR1-7；CHR9-22）。其中有87 个 SNPs 在之前的 GWAS 中也被识别出和 UC 是相关联的[45-48]，有 43 个 SNPs在之前的研究中没有被发现，属于新发现的关联位点。
【参考文献】：
期刊论文
[1]炎症性肠病的发病机理与免疫治疗的研究进展[J]. 郭雪坤,胡小玉. 生命科学. 2017(09)
[2]粪菌移植与炎症性肠病[J]. 杨晓波,吴淼. 胃肠病学. 2016(08)
[3]Performance of the Montreal classification for inflammatory bowel diseases[J]. Lieke M Spekhorst,Marijn C Visschedijk,Rudi Alberts,Eleonora A Festen,Egbert-Jan van der Wouden,Gerard Dijkstra,Rinse K Weersma. World Journal of Gastroenterology. 2014(41)
[4]溃疡性结肠炎发病机制中免疫因素的研究进展[J]. 解春静,庄彦华,栾雨茏. 细胞与分子免疫学杂志. 2013(08)
[5]Changes of the cytokine profile in inflammatory bowel diseases[J]. Gyrgyi Mzes,Béla Molnár,Zsolt Tulassay,Ferenc Sipos. World Journal of Gastroenterology. 2012(41)
[6]错误发现率及其扩展和应用[J]. 王婷,曾平,黄水平,赵华硕. 重庆医科大学学报. 2011(12)
[7]Potential role of Th17 cells in the pathogenesis of inflammatory bowel disease[J]. Praveen K Yadav. World Journal of Gastroenterology. 2009(46)
[8]IBD与肠道菌群密切相关[J]. 钱家鸣. 医学研究杂志. 2008(09)
[9]Striking elevation in incidence and prevalence of inflammatory bowel disease in a province of western Hungary between 1977-2001[J]. Laszlo Lakatos,Gabor Mester,Zsuzsanna Erdelyi,Mihaly Balogh,Istvan Szipocs,Gyorgy Kamaras,Peter Laszlo Lakatos. World Journal of Gastroenterology. 2004(03)
硕士论文
[1]多重假设检验中错误率控制过程的分析[D]. 杨柳.黑龙江大学 2009
本文编号：3454946
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：169 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
cFDR方法应用技术路线图
结果3. 结果3.1 多效性的评估在以 UC 为条件时研究与 CD 相关联位点的分层条件 Q-Q 图中（如图 3.1），可以看到随着与 UC 对应 p 值的减小，SNP 对应的散点向左偏离对角线的程度在逐渐增大，这表明和 UC 关联性越强的 SNPs 与 CD 的关联性也越大，即如果某个 SNP 与 UC 是相关联的那么它和 CD 也相关联的可能性也越大。也就是说明在 UC 和 CD 之间存在很强的多效性富集现象，可以利用 TDR 和对多效性富集程度进行衡量，可知在 0.0001 分层基因富集程度最强。
结果3.2 UC 相关联位点和相关基因分析结果利用条件曼哈顿图展示了在以 CD 为条件下，利用 cFDR 方法识别出的与UC 相关联的 SNP（s如图 3.2）。结果显示，总共有 130 个 SNPs 的 cFDR 小于 0.01，且这些 SNP 分别位于 21 条常染色体上（分别为 CHR1-7；CHR9-22）。其中有87 个 SNPs 在之前的 GWAS 中也被识别出和 UC 是相关联的[45-48]，有 43 个 SNPs在之前的研究中没有被发现，属于新发现的关联位点。
【参考文献】：
期刊论文
[1]炎症性肠病的发病机理与免疫治疗的研究进展[J]. 郭雪坤,胡小玉. 生命科学. 2017(09)
[2]粪菌移植与炎症性肠病[J]. 杨晓波,吴淼. 胃肠病学. 2016(08)
[3]Performance of the Montreal classification for inflammatory bowel diseases[J]. Lieke M Spekhorst,Marijn C Visschedijk,Rudi Alberts,Eleonora A Festen,Egbert-Jan van der Wouden,Gerard Dijkstra,Rinse K Weersma. World Journal of Gastroenterology. 2014(41)
[4]溃疡性结肠炎发病机制中免疫因素的研究进展[J]. 解春静,庄彦华,栾雨茏. 细胞与分子免疫学杂志. 2013(08)
[5]Changes of the cytokine profile in inflammatory bowel diseases[J]. Gyrgyi Mzes,Béla Molnár,Zsolt Tulassay,Ferenc Sipos. World Journal of Gastroenterology. 2012(41)
[6]错误发现率及其扩展和应用[J]. 王婷,曾平,黄水平,赵华硕. 重庆医科大学学报. 2011(12)
[7]Potential role of Th17 cells in the pathogenesis of inflammatory bowel disease[J]. Praveen K Yadav. World Journal of Gastroenterology. 2009(46)
[8]IBD与肠道菌群密切相关[J]. 钱家鸣. 医学研究杂志. 2008(09)
[9]Striking elevation in incidence and prevalence of inflammatory bowel disease in a province of western Hungary between 1977-2001[J]. Laszlo Lakatos,Gabor Mester,Zsuzsanna Erdelyi,Mihaly Balogh,Istvan Szipocs,Gyorgy Kamaras,Peter Laszlo Lakatos. World Journal of Gastroenterology. 2004(03)
硕士论文
[1]多重假设检验中错误率控制过程的分析[D]. 杨柳.黑龙江大学 2009
本文编号：3454946
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/xiaohjib/3454946.html
最近更新
教材专著
