溃疡性结肠炎及其恶性并发症的生物信息学分析和潜在治疗药物筛选

发布时间：2023-07-24 21:37

　　目的·利用生物信息学分析探究溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)及其恶性并发症的致病相关基因及潜在的药物治疗靶点。方法·从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载4个基因表达数据集(GSE13367、GSE9452和GSE36807为UC组,GSE37283为UCN组),采用联合分析筛选差异基因。结合后续的免疫分析及基因相关性分析得到与UC及其恶性并发症相关的关键基因,并利用LINCS L1000数据库筛选若干具有潜在治疗效果的小分子药物。结果·通过对UC组及UCN组数据集的2次差异基因分析分别筛选出86个和253个显著差异表达基因。针对UC组差异基因的蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络进行的评分分析显示网络的核心基因为CXCL8(C-X-C motif chemokine ligand 8)。KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析表明CXCL8主要参与了IL-17信号通路中对中性粒细胞的招募作用。基于LINCS L1000数据库...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 基因表达数据集获取及数据预处理
    1.2 差异表达基因筛选
    1.3 基于GSEA的KEGG富集分析
    1.4 PPI网络构建及模块分析
    1.5 差异基因与免疫细胞浸润的相关性分析
    1.6 基于LINCS L1000数据库的药物筛选分析
    1.7 统计学分析
2 结果
    2.1 差异表达基因的筛选
    2.2 基于GSEA的KEGG富集分析结果
    2.3 差异表达基因的PPI网络模块分析
    2.4 TIMER数据库分析以及基因相关性分析
    2.5 小分子治疗药物筛选结果
3 讨论



本文编号：3836571