一种检测乙型肝炎病毒核心启动子区nt1758-1777缺失突变新方法的建立

发布时间：2017-08-16 00:28

  本文关键词：一种检测乙型肝炎病毒核心启动子区nt1758-1777缺失突变新方法的建立

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【摘要】：目的建立一种新的单管巢式实时荧光PCR熔解曲线法用于快速灵敏地筛检临床乙型肝炎病毒(HBV)样本核心启动子区nt1758-1777片段缺失突变。方法通过比对分析Gen Bank收录的HBV基因序列,设计通用巢式PCR引物,建立优化方法体系;对340例慢性乙型肝炎患者血清HBV CP区进行扩增,产物直接测序,并随机选择50例样本进行克隆测序,分析nt1758-1777缺失突变检出率。野生型和缺失型标准质粒来自于单克隆测序样本,并对两种标准质粒及克隆检测样本进行荧光定量PCR扩增,获得熔解曲线及熔解温度,得到熔解曲线的阳性标准。用新建立的方法对340份样本进行检测,并用焦磷酸测序加以验证。结果直接测序法检出16例(4.7%)阳性样本。标准质粒及克隆检测样本中缺失序列比例≥15%的样品,其熔解温度(Tm)≥88.3℃,遂将≥88.3℃作为新方法的阳性标准。用新方法检出47例(13.8%)阳性样本,其中用焦磷酸测序验证缺失突变比例≥1.0%的样本38例,1.0%的样本9例;15份阴性样本缺失突变比例均1.0%。用焦磷酸测序验证缺失突变比例1.0%作为阳性阈值,新方法对nt1758-1777缺失检测的阳性符合率为80.9%,阴性符合率为100%,两种方法的一致性Kappa值为0.671。结论与直接测序法相比,新方法可显著提高nt1758-1777缺失检出率,结合焦磷酸测序证实,可有效提高检测的准确性和经济性。该方法对建立HBV其他缺失突变的检测方法也可提供借鉴。
【作者单位】： 北京大学解放军302医院教学医院临床研究管理中心;解放军302医院临床研究管理中心;
【关键词】： 乙型肝炎病毒 核心启动子 基因缺失 熔解曲线 焦磷酸测序
【基金】：国家自然科学基金(81373136,81271847)~~
【分类号】：R512.62;R440
【正文快照】： 乙型肝炎慢性化与重症化的发生机制十分复杂,其中乙型肝炎病毒(HBV)基因突变导致的病毒生物学特性改变可能是重要因素之一[1-3]。HBV核心启动子(core promoter,CP)区是病毒的关键序列,可调控HBV前基因RNA(pg RNA)和Pre C/Cm RNA的表达。此外,HBV CP区与HBV X基因读码框3'端重

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 任晓强;许智慧;刘志国;梁兆玲;李晓东;李梵;毛远丽;王慧芬;徐东平;;958例乙型肝炎患者HBV前C/BCP区变异检测及其意义分析[J];解放军医学杂志;2009年06期

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前6条

1 徐秀鹏;李永奎;朱应;;乙型肝炎重症化进程中病毒学特点及其致病机制[J];传染病信息;2011年04期

2 徐东平;;乙型肝炎病毒的病毒学特点及其临床意义[J];解放军医学杂志;2009年06期

3 江玲;许智慧;刘妍;李晓东;姚伟明;李韦杰;戴久增;辛绍杰;徐东平;;HBV基因组A1846T变异对病毒复制力及核心启动子活性的上调作用研究[J];解放军医学杂志;2013年01期

4 向瑶;杨朝国;;乙型肝炎病毒前C/基本核心启动子区变异的生物学意义[J];检验医学与临床;2015年21期

5 李绍祥;张艳霞;张成平;姚鹏;李娟;胡大荣;;腺病毒/重组腺相关病毒杂合体病毒的构建[J];实用医学杂志;2010年08期

6 李春青;荀运浩;过建春;;HBV前C/BCP区变异与重型乙型肝炎相关性的研究进展[J];中西医结合肝病杂志;2010年05期

中国博士学位论文全文数据库 前3条

1 唐景峰;乙肝病毒耐药及致癌突变的高灵敏检测新技术研究[D];武汉大学;2011年

2 刘妍;乙型肝炎病毒基本核心启动子/前核心区和逆转录酶区变异的临床特点与意义研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2012年

3 徐航娣;与慢加急性肝衰竭（ACLF）相关的乙型肝炎病毒（HBV）突变位点的研究[D];浙江大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前1条

1 钟少华;慢性乙型肝炎患者肝细胞cccDNA变异与病毒学突破和复发关系的研究[D];广西医科大学;2013年

【二级参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 李梵;王慧芬;徐东平;;乙型肝炎病毒基因突变与重型肝炎/肝衰竭发生的关系[J];实用肝脏病杂志;2008年03期

2 徐东平;;乙型肝炎病毒的病毒学特点及其临床意义[J];解放军医学杂志;2009年06期

3 万学发,肖宏,任松,蔡枫,王冯宾;外周血T细胞亚群及sIL-2R水平与HBV前C区变异相关性研究[J];中西医结合肝病杂志;2004年03期

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 丁洁,郭顺华,俞礼霞,杨霁云;用PCR SSCP方法检测中国人Alport综合征COL4A5基因突变[J];中华儿科杂志;1999年08期

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本文编号：680665