幽门螺杆菌外膜蛋白oipA、babA、sabA、homB基因多态性与幽门螺杆菌相关疾病关系初探

发布时间：2017-08-23 16:48

  本文关键词：幽门螺杆菌外膜蛋白oipA、babA、sabA、homB基因多态性与幽门螺杆菌相关疾病关系初探

  更多相关文章： H.pylori oipA babA sabA hom B 基因多态性

【摘要】：研究背景与目的:幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)是一种持久定植于人体胃黏膜的革兰氏阴性菌。其定植会导致胃粘膜炎症的发生,并与消化性溃疡、胃癌和胃粘膜相关淋巴样组织(MALT)淋巴瘤的发生密切相关。全球有过半的人感染了H.pylori,其中60~70%无症状,15~25%有消化不良症状,15%发生消化性溃疡,1%发生胃恶性肿瘤。这些不同结局的发生主要受细菌因素、宿主因素和环境因素三者的影响,其中细菌基因的高度多态性在H.pylori感染临床转归的多样性中起重要作用,H.pylori的外膜蛋白与消化系疾病的关系也是最近研究的热点。幽门螺杆菌外膜蛋白B(HomB)、前炎性外膜蛋白A(OipA)、血型抗原结合黏附素(BabA)和唾液酸结合黏附素(SabA)与H.pylori的定植、胃黏膜的损伤、炎性介质的分泌和中性粒细胞的浸润等有着密切关系,在H.pylori的致病中起重要作用。本文选取了188株江西地区临床分离的H.pylori菌株,观察4个基因的基因序列特征,分析序列的高风险突变位点,以期分析这4个基因的基因多态性与消化系疾病之间的关系。方法:1.H.pylori菌株:来自2012年1月-2013年12月期间在江西地区南昌大学第一附属医院消化内镜中心行胃镜检查患者的胃黏膜内分离培养的H.pylori 188分离株。来自慢性胃炎51株,十二指肠溃疡79株,胃溃疡20株,胃癌38株。其中胃炎、胃溃疡和胃癌患者取胃黏膜进行了病理学检查,共105株H.pylori有患者的组织病理学结果,其中来自慢性浅表性胃炎42株、肠化和不典型增生25株、胃癌38株。2.H.pylori菌株的复苏与培养:对前期分离的188株临床H.pylori分离株进行复苏、培养和鉴定。3.基因全长测序:提取基因组DNA,并对H.pylori外膜蛋白oipA、babA、sabA及homB基因进行PCR扩增,并将阳性产物送于华大生物公司测序。4.生物信息学分析(1)对比校对4种基因DNA序列。(2)对单个基因在4种疾病分类和3种病理分型下使用mega5.0做了聚类分析。(3)拼接得出4个基因在4种疾病和3种病理分型中的一致性序列。(4)比较不同疾病及不同病理分型间一致性序列之间的差异。(5)不同疾病和病理分型之间平均突变率的分析。(6)找出每一种疾病群体序列中的高风险突变点。结果:1.测序pcr结果:前期分离的188株h.pylori已成功提取dna,经过pcr扩增、测序,成功获取oipa基因序列179株、baba基因序列166株、saba基因序列169株、homb基因序列175株。2.分析4个基因与临床疾病、病理之间的聚类联系发现4个基因与4种临床疾病以及4种基因与3种病理分型之间并不存在明显相关性。3.一致性序列的对比分析结果对于3种不同病理(胃癌、病理浅表型胃炎、肠化和不典型增生),发现在oipa基因里,胃癌的相对突变率最高,达14.46%;在saba基因里,胃癌、肠化和不典型增生的相对突变率也较高,分别为17.28%和9.87%。而对于homb和baba基因来说,在病理分型中,他们的突变率差别不大。对于4种不同的疾病(胃炎、胃癌、十二指肠溃疡、胃溃疡),在oipa基因里,胃癌的相对突变率最高,达13.11%;在saba基因,十二指肠溃疡、胃溃疡、胃癌均有相对高的突变率,分别为12.86%、11.25%和19.10%,但是胃癌与前两种疾病差别不大。而对于homb和baba基因来说,在疾病分类中,他们的突变率差别不大。综合来看,如果仅仅从一致性序列比较,只有oipa基因可以有效地区分胃癌和其他非参照疾病。4.平均突变率的分析结果对于3种病理分型(胃癌、病理浅表型胃炎、肠化和不典型增生),就病理分型来说,胃癌在4个基因中的平均突变率是3种病理分型中最高的。就4个基因来说,homb基因在3种病理分型中的平均突变率最高,oipa基因在3种病理分型中的平均突变率最低。对于4种疾病分类(胃炎、十二指肠溃疡、胃溃疡、胃癌),胃癌在oipa、saba、homb这3个基因中的平均突变率是4种疾病分类中最高的;而在baba基因中,十二指肠溃疡的平均突变率是4种疾病分类中最高的。5.分析每一种疾病群体序列中的高风险突变点(1)对于3个病理分型,①在oipa基因中,来自浅表性胃炎的前10个突变率最大的位点有部分非常集中在42-49位点之间;来自肠化和不典型增生的前10个突变率最大的位点较为分散;来自胃癌的前10个突变率最大的位点大多集中在1436-1477位点之间。②在baba基因中,来自浅表性胃炎、肠化和不典型增生的前10个突变率最大的位点较为分散;来自胃癌的前10个突变率最大的位点较为集中在1459-1638位点之间。③在saba基因中,来自浅表性胃炎、肠化和不典型增生的前10个突变率最大的位点较为分散;来自胃癌的前10个突变率最大的位点大多集中在2715-2806位点之间。④在homb基因中,来自浅表性胃炎的前10个突变率最大的位点大多集中在3196-3216位点之间;来自肠化和不典型增生的前10个突变率最大的位点较为分散;来自胃癌的前10个突变率最大的位点大多集中在3102-3215位点之间。(2)对于4个疾病分类,①在oipa基因中,来自胃炎和胃溃疡的前10个突变率最大的位点较为分散;来自十二指肠溃疡的前10个突变率最大的位点有部分大多集中在41-51位点之间;来自胃癌的前10个突变率最大的位点大多集中在50-55和1462-1505位点之间。②在baba基因中,来自胃炎的前10个突变率最大的位点较为集中在1315-1346位点之间;来自胃溃疡的前10个突变率最大的位点大多集中在1315-1345位点之间;来自十二指肠溃疡和胃癌的前10个突变率最大的位点较为分散。③在saba基因中,来自胃炎的前10个突变率最大的位点大多集中在2396-2431和2959-2986位点之间;来自胃溃疡的前10个突变率最大的位点大多集中在2401-2441位点之间;来自十二指肠溃疡的前10个突变率最大的位点较为分散;来自胃癌的前10个突变率最大的位点大多非常集中在2896-2985位点之间。④在homb基因中,来自胃炎的前10个突变率最大的位点大多集中在2121-2138位点之间;来自胃溃疡的前10个突变率最大的位点较为分散;来自十二指肠溃疡的前10个突变率最大的位点大多集中在255-510位点之间;来自胃癌的前10个突变率最大的位点非常集中在247-510位点之间。结论:虽然聚类分析表明H.pylori外膜蛋白oipA、babA、sabA及homB的基因多态性在4种不同临床疾病和3种不同病理组织学改变中不存在明显聚类关系,但每一基因的平均突变率和高风险突变位点在不同的疾病和不同的病理组织学改变中存在差异。提示oipA、babA、sabA及homB的基因多态性可能在H.pylori感染临床转归的多样性中起作用。
【关键词】：H.pylori oipA babA sabA hom B 基因多态性
【学位授予单位】：南昌大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R573
【目录】：

• 摘要3-7
• ABSTRACT7-14
• 第1章 前言14-18
• 第2章 材料与方法18-24
• 2.1 材料18-19
• 2.1.1 菌株来源18
• 2.1.2 主要试剂18-19
• 2.1.3 主要仪器19
• 2.2 方法19-24
• 2.2.1 主要溶液的配制19-20
• 2.2.2 H.pylori的复苏、培养与鉴定20
• 2.2.3 H.pylori基因组DNA的提取20-21
• 2.2.4 引物设计21
• 2.2.5 测序PCR反应21-22
• 2.2.6 序列比对与分析22-24
• 第3章 结果24-45
• 3.1 测序PCR结果24-26
• 3.1.1 oipA测序PCR结果24
• 3.1.2 babA测序PCR结果24-25
• 3.1.3 sabA测序PCR结果25
• 3.1.4 homB测序PCR结果25-26
• 3.2 生物信息学分析结果26-45
• 3.2.1 多态性及聚类分析26-34
• 3.2.2 一致性序列分析结果34-36
• 3.2.3 平均突变率的分析36
• 3.2.4 序列位点突变频率分析结果36-45
• 第4章 讨论45-48
• 第5章 结论48-49
• 第6章 不足和展望49-50
• 致谢50-51
• 参考文献51-55
• 综述55-62
• 参考文献59-62

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 Lino E Torres;Karelia Melián;Arlenis Moreno;Jordis Alonso;Carlos A Sabatier;Mayrín Hernández;Ludisleydis Bermúdez;Boris L Rodríguez;;Prevalence of vacA, cagA and babA2 genes in Cuban Helicobacter pylori isolates[J];World Journal of Gastroenterology;2009年02期

中国硕士学位论文全文数据库 前2条

1 王可;幽门螺杆菌CagA、VacA及外膜蛋白HomA、HomB多态性与疾病的关系[D];南昌大学;2014年

2 李冬宏;幽门螺杆菌sabA基因的克隆表达及江西地区幽门螺杆菌外膜蛋白的序列特征[D];南昌大学;2012年

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本文编号：726182