基于GEO数据库的高原性红细胞增多症Endocan、VEGF-A和HGF/SF因子表达研究

发布时间：2024-03-30 15:26

　　目的:利用生物信息学方法在尖端细胞中筛选与血管生成(angiogenesis)相关的上调基因,将该基因的蛋白表达产物作为候选分子,探究该蛋白在HAPC患者血浆中的表达水平,为HAPC的发病机制的研究和诊疗提供科学依据。方法:在GEO(the Gene Expression Omnibus)数据库中下载编号为GSE19284基因表达谱数据集,利用limma包筛选出尖端细胞与茎细胞之间的差异表达基因,表达差异用差异倍数(fold change,FC)表示,筛选标准为P<0.05,|log2FC|≥1。利用GO功能分析,对明显上调基因进行功能注释,选择和血管生成过程高度相关的基因作为候选分子。选取收治于青海大学附属医院明确诊断为HAPC的男性患者22例(HAPC组);选取青海大学附属医院体检中心健康男性22例(HC组)。酶联免疫吸附测定(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法检测所有研究对象血浆中候选分子蛋白表达水平并进行比较分析,同时收集HAPC患者临床相关资料。数据采用SPSS20.0软件分析,P<0.05说明差异有统计学意义。结果...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1GSE19284数据集箱线图

92.3实验结果2.3.1数据预处理基因芯片原始数据经过预处理后，利用箱线图可以方便快捷的形象化展示数据组的分布。获取数据预处理结果的方式有两种，第一种获取方法是采用R语言对原始数据进行预处理，本文数据集GSE19284采用Aligent公司出品的基因芯片，应该用limma进行数....

图2GSE19284基因表达谱芯片数据热图

10图2GSE19284基因表达谱芯片数据热图2.3.2差异基因表达分析结果在数据集GSE19284中比较4例茎细胞样本和6例尖端细胞样本基因表达谱差异，采用R语言的limma包进行基因差异表达分析，|log2FC|≥大于1，P<0.05为筛选标准，去除未确定名称的基因，总共筛选....

图3GSE19284差异基因火山图

10图2GSE19284基因表达谱芯片数据热图2.3.2差异基因表达分析结果在数据集GSE19284中比较4例茎细胞样本和6例尖端细胞样本基因表达谱差异，采用R语言的limma包进行基因差异表达分析，|log2FC|≥大于1，P<0.05为筛选标准，去除未确定名称的基因，总共筛选....

图4尖端细胞上调基因和下调基因

13图4尖端细胞上调基因和下调基因2.3.3差异基因涉及的生物过程采用GO分析对尖端细胞和茎细胞中上调的基因进行生物过程注释，选择有意义的GO类别（P值<0.05；FDR<0.05）（表4，图5）。本研究主要筛选在血管生成过程中尖端细胞上调的基因。挑选出涉及血管生成的生物过程，分....

本文编号：3942552